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- PDB-2q7z: Solution Structure of the 30 SCR domains of human Complement Rece... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2q7z
タイトルSolution Structure of the 30 SCR domains of human Complement Receptor 1
要素Complement receptor type 1
キーワードIMMUNE SYSTEM / Complement / SCR domain / Blood group antigen / Complement pathway / Glycoprotein / Immune response / Innate immunity / Membrane / Pyrrolidone carboxylic acid / Receptor / Sushi / Transmembrane
機能・相同性
機能・相同性情報


complement component C4b receptor activity / immune complex clearance by erythrocytes / complement component C3b receptor activity / positive regulation of serine-type endopeptidase activity / negative regulation of complement activation, alternative pathway / complement component C4b binding / negative regulation of immunoglobulin production / negative regulation of activation of membrane attack complex / negative regulation of complement activation, classical pathway / negative regulation of complement-dependent cytotoxicity ...complement component C4b receptor activity / immune complex clearance by erythrocytes / complement component C3b receptor activity / positive regulation of serine-type endopeptidase activity / negative regulation of complement activation, alternative pathway / complement component C4b binding / negative regulation of immunoglobulin production / negative regulation of activation of membrane attack complex / negative regulation of complement activation, classical pathway / negative regulation of complement-dependent cytotoxicity / negative regulation of complement activation / T cell mediated immunity / positive regulation of activation of membrane attack complex / plasma membrane organization / RUNX1 and FOXP3 control the development of regulatory T lymphocytes (Tregs) / complement component C3b binding / negative regulation of serine-type endopeptidase activity / ATP export / complement receptor mediated signaling pathway / negative regulation of plasma cell differentiation / complement activation, alternative pathway / positive regulation of regulatory T cell differentiation / negative regulation of interleukin-2 production / negative regulation of type II interferon production / ficolin-1-rich granule membrane / plasma membrane raft / complement activation, classical pathway / negative regulation of T cell proliferation / secretory granule membrane / Regulation of Complement cascade / virus receptor activity / cytoskeleton / positive regulation of cell population proliferation / Neutrophil degranulation / cell surface / extracellular space / extracellular exosome / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Sushi repeat (SCR repeat) / Domain abundant in complement control proteins; SUSHI repeat; short complement-like repeat (SCR) / Sushi/SCR/CCP domain / Sushi/CCP/SCR domain profile. / Sushi/SCR/CCP superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Complement receptor type 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液散乱
データ登録者Furtado, P.B. / Huang, C.Y. / Ihyembe, D. / Hammond, R.A. / Marsh, H.C. / Perkins, S.J.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: The Partly Folded Back Solution Structure Arrangement of the 30 SCR Domains in Human Complement Receptor Type 1 (CR1) Permits Access to its C3b and C4b Ligands
著者: Furtado, P.B. / Huang, C.Y. / Ihyembe, D. / Hammond, R.A. / Marsh, H.C. / Perkins, S.J.
履歴
登録2007年6月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Complement receptor type 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)212,3961
ポリマ－212,3961
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
モデル数5

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要素

#1: タンパク質 Complement receptor type 1 / C3b/C4b receptor / CD35 antigen / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 212395.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CR1, C3BR / 細胞株 (発現宿主): CHO
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P17927

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液散乱

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データ収集

検出器日付: 2005年12月1日
放射モノクロメーター: MIRROR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
Soln scatterタイプ: x-ray
Buffer name: 137 MM NACL 2.7 MM KCL 8.1 MM NA2HPO4 1.5 MM KH2PO4
Conc. range: 0.62-2.0 / Data analysis software list: SCTPL7, GNOM / Data reduction software list: MULTICCD / 検出器タイプ: FRELON CCD CAMERA / Max mean cross sectional radii gyration: 1.1 nm / Max mean cross sectional radii gyration esd: 0.1 nm / Mean guiner radius: 13.4 nm / Mean guiner radius esd: 1.1 nm / Min mean cross sectional radii gyration: 4.7 nm / Min mean cross sectional radii gyration esd: 0.2 nm / Num. of time frames: 10 / Protein length: 5 / Sample pH: 7.5 / Source beamline: IDO2 / Source class: Y / Source type: ESRF GRENOBLE / 温度: 296 K

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCTPL7モデル構築
GNOMモデル構築
Insight IIII 98モデル構築
SCTPL7位相決定
GNOM位相決定
精密化ステップサイクル: LAST
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1931 0 0 0 1931
Soln scatter model詳細: FIVE SOLUTION STRUCTURES ARE DEPOSITED. THE FIRST OF THESE CORRESPONDS TO THE BEST-FIT STRUCTURE IN THE PRIMARY CITATION, WHILE THE OTHER FOUR CORRESPOND TO THOSE SHOWN IN FIGURES 8(B-E) OF THE PRIMARY CITATION.
Num. of conformers submitted: 5 / 代表コンフォーマー: 1 / Software list: INSIGHT II, SCTPL7, GNOM

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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