PDB-2q5x: Crystal Structure of the C-terminal domain of hNup98

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2q5x

タイトル

Crystal Structure of the C-terminal domain of hNup98

要素

Nuclear pore complex protein Nup98

キーワード

PROTEIN TRANSPORT / Nup98 / nucleoporin / autoproteolysis / precursor

機能・相同性

機能・相同性情報

nuclear pore organization / nuclear pore outer ring / nuclear pore complex assembly / telomere tethering at nuclear periphery / post-transcriptional tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / nuclear pore cytoplasmic filaments / Nuclear Pore Complex (NPC) Disassembly / nuclear inclusion body / nuclear pore nuclear basket / Transport of Ribonucleoproteins into the Host Nucleus ...nuclear pore organization / nuclear pore outer ring / nuclear pore complex assembly / telomere tethering at nuclear periphery / post-transcriptional tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / nuclear pore cytoplasmic filaments / Nuclear Pore Complex (NPC) Disassembly / nuclear inclusion body / nuclear pore nuclear basket / Transport of Ribonucleoproteins into the Host Nucleus / Regulation of Glucokinase by Glucokinase Regulatory Protein / Defective TPR may confer susceptibility towards thyroid papillary carcinoma (TPC) / Transport of the SLBP independent Mature mRNA / Transport of the SLBP Dependant Mature mRNA / NS1 Mediated Effects on Host Pathways / SUMOylation of SUMOylation proteins / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / structural constituent of nuclear pore / Rev-mediated nuclear export of HIV RNA / SUMOylation of RNA binding proteins / Nuclear import of Rev protein / RNA export from nucleus / NEP/NS2 Interacts with the Cellular Export Machinery / tRNA processing in the nucleus / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / positive regulation of mRNA splicing, via spliceosome / nucleocytoplasmic transport / Viral Messenger RNA Synthesis / nuclear localization sequence binding / SUMOylation of ubiquitinylation proteins / Vpr-mediated nuclear import of PICs / SUMOylation of DNA replication proteins / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / mRNA transport / nuclear pore / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / serine-type peptidase activity / SUMOylation of chromatin organization proteins / nuclear periphery / HCMV Late Events / promoter-specific chromatin binding / RHO GTPases Activate Formins / molecular condensate scaffold activity / Transcriptional regulation by small RNAs / ISG15 antiviral mechanism / HCMV Early Events / protein import into nucleus / Separation of Sister Chromatids / nuclear envelope / snRNP Assembly / nuclear membrane / transcription coactivator activity / nuclear body / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / proteolysis / RNA binding / nucleoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Sun, Y. / Guo, H.C.

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2008
タイトル: Structural constraints on autoprocessing of the human nucleoporin Nup98.
著者: Sun, Y. / Guo, H.C.

履歴

登録	2007年6月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年10月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年10月18日	Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.3	2021年10月20日	Group: Advisory / Database references カテゴリ: database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2024年2月21日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb2q5x.ent.gz	30.7 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
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低分子干渉RNA (Small Interfering RNA)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (3)

登録構造単位

A: Nuclear pore complex protein Nup98

17.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.674, 69.674, 90.964
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	Nuclear pore complex protein Nup98 / Nucleoporin Nup98 / 98 kDa nucleoporin 分子量: 17543.842 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal domain, residues 733-887 / 変異: S881A / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Truncated 716-870, mutation S864A / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NUP98 / プラスミド: pET-21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P52948
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 97 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Nuclear pore complex protein Nup98 / Nucleoporin Nup98 / 98 kDa nucleoporin

分子量: 17543.842 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal domain, residues 733-887 / 変異: S881A / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Truncated 716-870, mutation S864A / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NUP98 / プラスミド: pET-21a / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P52948

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 97 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 3.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.89 %
結晶化	温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 4.5M sodium formate, pH 4.6, vapor diffusion, hanging drop, temperature 296K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1
3		1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	NSLS	X12C	1	1.10005
シンクロトロン	NSLS	X12C	2	0.94789, 0.9778, 0.97814

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
ADSC QUANTUM 210	1	CCD	2003年10月19日
ADSC QUANTUM 210	2	CCD

放射

ID	プロトコル	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SINGLE WAVELENGTH	x-ray	1
2	MAD	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1.10005	1
2	0.94789	1
3	0.9778	1
4	0.97814	1

Reflection

D res high: 2.4 Å / D res low: 100 Å / 冗長度: 3 %

ID	Av σ(I) over netI	数	R_merge(I) obs	Χ²	Num. obs	% possible obs
1	12.5	77719	0.066	0.94	9542	98.9
2	11.4	73767	0.076	1.01	9439	97.9
3	11.5	75576	0.071	0.94	9481	98.2

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
5.17	100	99.5	1	0.035	0.926	2.8
4.1	5.17	100	1	0.034	0.834	2.9
3.59	4.1	100	1	0.045	0.916	3
3.26	3.59	100	1	0.059	0.928	3
3.02	3.26	100	1	0.094	0.968	3
2.85	3.02	100	1	0.138	0.979	3
2.7	2.85	99.9	1	0.187	1.031	3
2.59	2.7	99.8	1	0.218	0.959	3
2.49	2.59	98.9	1	0.256	0.953	3
2.4	2.49	90.9	1	0.241	0.988	3
5.17	100	99.4	2	0.04	1.029	2.8
4.1	5.17	100	2	0.04	0.96	2.9
3.59	4.1	100	2	0.052	1.012	3
3.26	3.59	100	2	0.072	1.01	3
3.02	3.26	100	2	0.113	1.002	3
2.85	3.02	100	2	0.17	1.018	3
2.7	2.85	99.8	2	0.224	1.045	3
2.59	2.7	98.5	2	0.246	1.023	3
2.49	2.59	95.5	2	0.279	0.982	3
2.4	2.49	84.8	2	0.262	1.071	3
5.17	100	99.4	3	0.036	0.876	2.8
4.1	5.17	100	3	0.037	0.836	2.9
3.59	4.1	99.9	3	0.047	0.883	3
3.26	3.59	100	3	0.067	0.922	3
3.02	3.26	100	3	0.107	0.97	3
2.85	3.02	100	3	0.158	0.967	3
2.7	2.85	99.9	3	0.218	1.054	3
2.59	2.7	99.4	3	0.236	0.957	3
2.49	2.59	96.4	3	0.272	0.962	3
2.4	2.49	86.1	3	0.264	0.974	3

反射

解像度: 1.9→100 Å / Num. obs: 18307 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 3 % / R_merge(I) obs: 0.053 / Χ²: 0.963 / Net I/σ(I): 11.1

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
1.9-1.97	3	0.285	1788	1.08	99.9
1.97-2.05	3	0.195	1811	1.032	99.8
2.05-2.14	3	0.15	1798	0.995	99.8
2.14-2.25	3	0.12	1822	0.976	99.7
2.25-2.39	3	0.096	1801	1.017	99.6
2.39-2.58	3	0.086	1823	0.967	99.8
2.58-2.84	3	0.068	1821	0.996	99.4
2.84-3.25	3	0.044	1847	0.887	99.6
3.25-4.09	2.9	0.029	1887	0.798	99.5
4.09-100	2.8	0.028	1909	0.879	94.6

-
位相決定

Phasing dm

手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 6467

Phasing dm shell

解像度 (Å)	Delta phi final	FOM	反射
6.53-100	57.5	0.755	505
5.14-6.53	45.3	0.866	506
4.47-5.14	51.5	0.877	503
4.05-4.47	48.6	0.847	504
3.74-4.05	53.5	0.745	503
3.51-3.74	66.2	0.706	505
3.33-3.51	66.3	0.716	504
3.18-3.33	70.3	0.735	503
3.05-3.18	73	0.705	504
2.94-3.05	76.3	0.621	512
2.85-2.94	76	0.541	506
2.7-2.85	83	0.576	912

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
直接法	4.2	位相決定
CNS		精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
CBASS		データ収集
SOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.9→6 Å / FOM work R set: 0.858 / σ(F): 0

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.229	1728	9.8 %
R_work	0.206	-	-
obs	-	17523	99.6 %

溶媒の処理

B_sol: 90.021 Å²

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.573 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.334 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-2.334 Å²	0 Å²
3-	-	-	4.668 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→6 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1203	0	0	97	1300

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.005
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d	1.208

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 34

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection obs
1.9-1.92	0.367	48	0.266	459	507
1.92-1.94	0.222	46	0.245	469	515
1.94-1.96	0.27	54	0.225	433	487
1.96-1.98	0.217	47	0.214	469	516
1.98-2	0.248	52	0.206	454	506
2-2.02	0.226	53	0.208	450	503
2.02-2.05	0.227	53	0.201	468	521
2.05-2.07	0.293	47	0.222	457	504
2.07-2.1	0.232	44	0.211	464	508
2.1-2.12	0.203	55	0.193	457	512
2.12-2.15	0.208	60	0.194	442	502
2.15-2.18	0.246	45	0.207	464	509
2.18-2.22	0.248	50	0.194	462	512
2.22-2.25	0.229	49	0.199	472	521
2.25-2.29	0.219	51	0.206	457	508
2.29-2.33	0.254	53	0.197	457	510
2.33-2.37	0.24	60	0.211	441	501
2.37-2.41	0.195	58	0.201	453	511
2.41-2.46	0.339	52	0.233	464	516
2.46-2.52	0.281	50	0.25	466	516
2.52-2.57	0.267	45	0.218	478	523
2.57-2.64	0.249	49	0.225	456	505
2.64-2.71	0.232	54	0.227	464	518
2.71-2.79	0.269	54	0.237	473	527
2.79-2.88	0.274	60	0.239	445	505
2.88-2.98	0.27	49	0.231	474	523
2.98-3.1	0.219	44	0.226	476	520
3.1-3.23	0.228	43	0.201	472	515
3.23-3.4	0.237	53	0.227	483	536
3.4-3.61	0.208	51	0.183	474	525
3.61-3.88	0.205	60	0.186	467	527
3.88-4.26	0.183	49	0.184	488	537
4.26-4.85	0.194	49	0.165	487	536
4.85-6	0.168	41	0.19	500	541

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file
X-RAY DIFFRACTION	1	CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION	2	CNS_TOPPAR:water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION	3	cis_peptide.param

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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