PDB-2q2w: Structure of D-3-Hydroxybutyrate Dehydrogenase from Pseudomonas putida

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2q2w

タイトル

Structure of D-3-Hydroxybutyrate Dehydrogenase from Pseudomonas putida

要素

Beta-D-hydroxybutyrate dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Pseudomonas putida / D-3-Hydroxybutyrate Dehydrogenase

機能・相同性

機能・相同性情報

3-hydroxybutyrate dehydrogenase / 3-hydroxybutyrate dehydrogenase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas putida (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.12 Å

データ登録者

Paithankar, K.S. / Feller, C. / Kuettner, E.B. / Keim, A. / Grunow, M. / Strater, N.

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2007
タイトル: Cosubstrate-induced dynamics of D-3-hydroxybutyrate dehydrogenase from Pseudomonas putida.
著者: Paithankar, K.S. / Feller, C. / Kuettner, E.B. / Keim, A. / Grunow, M. / Strater, N.

履歴

登録	2007年5月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年10月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2q2w.cif.gz	195.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2q2w.ent.gz	157 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2q2w.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q2/2q2w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q2/2q2w	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2q2qSC 2q2vC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2q2v-1 5yss-d 3vdq-d 4e4y-2 2q2q-1 4trr-1 5b4t-1 4trr-2 3w8f-1 5ics-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#188 - 2015年8月テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis) 類似性 (3) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (3) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (2) #90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Beta-D-hydroxybutyrate dehydrogenase

B: Beta-D-hydroxybutyrate dehydrogenase

C: Beta-D-hydroxybutyrate dehydrogenase

D: Beta-D-hydroxybutyrate dehydrogenase

106 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	117.684, 58.814, 119.462
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 93.720, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Beta-D-hydroxybutyrate dehydrogenase 分子量: 26507.275 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (バクテリア) / 遺伝子: bdhA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9AE70, 3-hydroxybutyrate dehydrogenase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 320 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.94 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.75 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.1 詳細: 20 % PEG1500, 0.2 mM calcium chloride, 10mM acetoacetate, pH 7.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5419 Å

検出器

タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年3月10日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5419 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.12→30 Å / Num. all: 1202 / Num. obs: 46410 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 9.9 % / B_iso Wilson estimate: 34.4 Å² / R_merge(I) obs: 0.067 / Χ²: 0.867 / Net I/σ(I): 17.2

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.12-2.2	7.6	0.369	4368	1.217	1	94.4
2.2-2.28	9.5	0.303	4598	1.132	1	98.9
2.28-2.39	10	0.24	4588	1.053	1	99.1
2.39-2.51	10.2	0.206	4648	0.994	1	99.3
2.51-2.67	10.2	0.158	4653	0.897	1	99.6
2.67-2.88	10.2	0.117	4647	0.843	1	99.8
2.88-3.17	10.2	0.085	4676	0.769	1	100
3.17-3.62	10.3	0.058	4698	0.691	1	100
3.62-4.56	10.3	0.042	4721	0.645	1	100
4.56-30	10.1	0.037	4813	0.587	1	99.8

-
位相決定

Phasing MR

R_factor: 0.563 / Cor.coef. F_o:F_c: 0.379

	最高解像度	最低解像度
Rotation	3 Å	29.8 Å
Translation	3 Å	29.8 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.2.0005	精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
MAR345dtb		データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2Q2Q

2q2q

解像度: 2.12→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.93 / SU B: 12.059 / SU ML: 0.165 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.299 / ESU R Free: 0.224 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.247	2340	5.1 %	RANDOM
R_work	0.181	-	-	-
obs	0.184	46306	98.95 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.852 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.57 Å²	0 Å²	0.47 Å²
2-	-	1.79 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.16 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.12→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7392	0	0	320	7712

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.028	0.022	7537
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.027	1.948	10278
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.583	5	1000
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	41.506	24.639	291
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.487	15	1151
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.192	15	34
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.16	0.2	1213
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	5682
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.216	0.2	3642
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.302	0.2	4994
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.185	0.2	378
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.26	0.2	73
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.192	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.106	1.5	5172
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.587	2	7895
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.931	3	2783
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.048	4.5	2383

LS精密化シェル

解像度: 2.12→2.171 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.405	144	-
R_work	0.271	3070	-
obs	-	3214	93.95 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1295	0.3889	0.4828	0.981	-0.23	1.4895	-0.0715	0.0392	0.1083	-0.2634	0.0617	0.1446	-0.1771	-0.1375	0.0098	-0.0506	-0.0043	-0.0123	-0.1592	0.0049	-0.1117	16.723	1.235	11.42
2	1.1902	0.5346	-0.4098	1.0542	0.0728	1.5542	-0.014	-0.0792	-0.1429	-0.1292	0.0104	-0.242	-0.0691	0.4137	0.0036	-0.1166	-0.0259	0.0428	-0.0709	-0.0058	-0.0615	45.962	-0.493	19.326
3	1.3399	0.3097	-0.0106	1.0927	0.1406	1.2047	0.0981	-0.3252	0.0379	0.2201	-0.1173	0.2462	-0.0123	-0.3108	0.0191	-0.0813	-0.0272	0.052	0.0235	-0.0126	-0.0908	8.582	-3.096	41.075
4	1.3822	0.2781	0.2198	1.0565	-0.2117	1.518	0.1716	-0.4374	-0.038	0.3215	-0.1732	-0.1299	-0.1891	0.2523	0.0016	-0.012	-0.0966	-0.0268	0.0682	0.0185	-0.109	37.586	1.232	49.372
5	4.898	-3.926	1.766	25.0431	-5.6059	9.2908	0.1982	0.3509	1.1372	-0.73	-0.3289	1.5353	-1.2823	-0.9443	0.1307	0.3259	0.188	0.0188	0.1433	0.0343	0.32	20.514	25.815	14.182
6	6.7192	-3.2389	-3.762	8.767	3.8069	2.9948	-0.0729	-0.28	-0.2785	0.4541	0.1006	-0.5495	0.5088	0.5091	-0.0277	0.1312	0.0827	-0.0586	0.021	0.0358	0.0247	41.922	-25.659	18.327
7	5.8956	7.5082	-3.1528	26.2641	-7.6775	6.1267	0.1641	0.8408	-0.9003	-0.7618	0.2675	1.4729	0.8956	-0.8857	-0.4316	0.1931	-0.0729	-0.1434	0.1744	-0.023	0.3048	14.304	-26.194	40.557
8	3.5031	5.9338	0.4473	22.7451	-5.5505	3.192	0.3314	-0.4182	0.7576	1.5654	-0.674	-0.3565	-1.0588	0.0989	0.3426	0.3689	-0.0988	0.0351	0.1681	-0.1285	0.2505	31.768	23.51	48.084

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	2 - 185	1 - 184
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	213 - 256	212 - 255
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	2 - 185	1 - 184
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	213 - 256	212 - 255
5	X-RAY DIFFRACTION	3	C	C	2 - 185	1 - 184
6	X-RAY DIFFRACTION	3	C	C	213 - 256	212 - 255
7	X-RAY DIFFRACTION	4	D	D	2 - 185	1 - 184
8	X-RAY DIFFRACTION	4	D	D	213 - 256	212 - 255
9	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	186 - 212	185 - 211
10	X-RAY DIFFRACTION	6	B	B	186 - 212	185 - 211
11	X-RAY DIFFRACTION	7	C	C	186 - 212	185 - 211
12	X-RAY DIFFRACTION	8	D	D	186 - 212	185 - 211

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関連情報:EMDBヘッダ

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