PDB-2q1k: Cyrstal Structure of AscE from Aeromonas hydrophilla

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2q1k

タイトル

Cyrstal Structure of AscE from Aeromonas hydrophilla

要素

AscE

キーワード

CHAPERONE / helix-turn-helix / TTSS

機能・相同性

Type III secretion system, secretion protein E / Type III secretion system, cytoplasmic E component of needle / Immunoglobulin FC, subunit C / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Mainly Alpha / AscE

機能・相同性情報

生物種

Aeromonas hydrophila (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Tan, Y.W. / Yu, H.B. / Leung, K.Y. / Sivaraman, J. / Mok, Y.K.

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2008
タイトル: Structure of AscE and induced burial regions in AscE and AscG upon formation of the chaperone needle-subunit complex of type III secretion system in Aeromonas hydrophila.
著者: Tan, Y.W. / Yu, H.B. / Leung, K.Y. / Sivaraman, J. / Mok, Y.K.

履歴

登録	2007年5月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年6月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.3	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2q1k.cif.gz	48.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2q1k.ent.gz	38.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2q1k.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2q1k_validation.pdf.gz	413.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2q1k_full_validation.pdf.gz	421.7 KB	表示
XML形式データ	2q1k_validation.xml.gz	7.2 KB	表示
CIF形式データ	2q1k_validation.cif.gz	9.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q1/2q1k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q1/2q1k	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3fxd-1 2qho-1 4ihb-6 3gn9-2 4ytl-2 3r4h-2 5wll-1 3oj3-1 3gn9-3 2ooc-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1)

登録構造単位

A: AscE

B: AscE

C: AscE

D: AscE

31.2 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: AscE

B: AscE

登録者が定義した集合体
15.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: AscE

D: AscE

登録者が定義した集合体
15.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.039, 69.039, 105.043
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	AscE 分子量: 7796.232 Da / 分子数: 4 / 変異: L9M, L58M / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Aeromonas hydrophila (バクテリア) 株: AH-1 / 遺伝子: ascE / プラスミド: Modified Pet-32a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q1EHA4

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.01 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.7 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 10% PEG 4000, 1.4M NaCl, 13mM TCEP hydrochloride, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	200	1
2		1
3		1

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X29A / 波長: 0.9790, 0.9792, 0.9600

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年9月26日

放射

モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.979	1
2	0.9792	1
3	0.96	1

Reflection

D res low: 50 Å

冗長度 (%)	ID	Av σ(I) over netI	数	R_merge(I) obs	Χ²	D res high (Å)	Num. obs	% possible obs
6.9	1	7.7	129855	0.096	0.89	2.4	18847	99.4
7.2	2	7.4	86058	0.102	0.86	2.8	12025	99.9
6.7	3	7.7	111902	0.091	0.83	2.5	16603	98.6

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
5.17	50	99.8	1	0.046	1.095	7.5
4.1	5.17	100	1	0.074	1.143	7.4
3.58	4.1	99.9	1	0.095	1.232	6.9
3.26	3.58	100	1	0.106	1.125	7.6
3.02	3.26	100	1	0.124	1.018	7.6
2.85	3.02	100	1	0.178	0.702	7.6
2.7	2.85	100	1	0.236	0.574	7.3
2.59	2.7	99.8	1	0.319	0.627	6.6
2.49	2.59	97.9	1	0.295	0.545	5.6
2.4	2.49	96.2	1	0.351	0.541	4.7
6.03	50	99.8	2	0.03	0.648	7.7
4.79	6.03	100	2	0.065	0.845	7.2
4.18	4.79	100	2	0.078	0.989	7.5
3.8	4.18	100	2	0.111	1.181	7.5
3.53	3.8	100	2	0.17	1.291	7.1
3.32	3.53	100	2	0.182	0.947	7.5
3.15	3.32	100	2	0.201	0.779	7.5
3.02	3.15	100	2	0.267	0.695	7.2
2.9	3.02	100	2	0.346	0.592	6.5
2.8	2.9	99.3	2	0.437	0.539	5.9
5.38	50	99.8	3	0.033	0.771	7.4
4.27	5.38	100	3	0.063	1.212	7.4
3.73	4.27	100	3	0.086	1.16	7.5
3.39	3.73	100	3	0.122	1.109	7.2
3.15	3.39	100	3	0.126	0.801	7.6
2.96	3.15	100	3	0.181	0.656	7.5
2.82	2.96	100	3	0.255	0.561	7.1
2.69	2.82	99.6	3	0.35	0.521	6.2
2.59	2.69	96.2	3	0.423	0.613	5
2.5	2.59	90.3	3	0.386	0.549	4.1

反射

解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 11024 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6.9 % / R_merge(I) obs: 0.096 / Χ²: 0.887 / Net I/σ(I): 7.7

反射シェル

解像度: 2.7→2.79 Å / 冗長度: 4.7 % / R_merge(I) obs: 0.351 / Num. unique all: 1841 / R_sym value: 0.236 / Χ²: 0.541 / % possible all: 96.2

-
位相決定

位相決定

手法:

多波長異常分散

Phasing dm shell

解像度 (Å)	Delta phi final	FOM	反射
5.39-8	0.854	0.632	1139
4.52-5.39	0.945	0.847	1142
4.03-4.52	0.969	0.923	1133
3.7-4.03	0.961	0.916	1103
3.46-3.7	0.939	0.877	1072
3.27-3.46	0.937	0.878	1099
3.12-3.27	0.943	0.873	1056
2.99-3.12	0.924	0.865	1025
2.88-2.99	0.902	0.847	1011
2.78-2.88	0.934	0.899	934
2.7-2.78	0.883	0.831	838

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SHELX		位相決定
CNS		精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
CBASS		データ収集
HKL-2000		データ削減
SHELXD		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.7→8 Å / FOM work R set: 0.759 / σ(F): 2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.288	549	4.3 %
R_work	0.243	-	-
obs	-	11024	86 %

溶媒の処理

B_sol: 68.259 Å²

原子変位パラメータ

B_iso mean: 45.412 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.81 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-2.81 Å²	0 Å²
3-	-	-	5.62 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1684	0	0	0	1684

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.009
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d	1.301

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection obs
2.7-2.79	0.334	55	0.301	738	793
2.79-2.9	0.366	43	0.284	870	913
2.9-3.02	0.241	53	0.21	998	1051
3.02-3.17	0.368	56	0.261	1013	1069
3.17-3.36	0.393	53	0.278	1091	1144
3.36-3.6	0.276	46	0.248	1115	1161
3.6-3.92	0.296	74	0.239	1075	1149
3.92-4.4	0.256	51	0.204	1193	1244
4.4-5.27	0.228	76	0.215	1178	1254
5.27-8	0.27	42	0.274	1204	1246

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file
X-RAY DIFFRACTION	1	protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION	2	water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION	3	ion.param

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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