PDB-2q0s: Structure of the Inhibitor bound form of M. Smegmatis Aryl Esterase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2q0s

タイトル

Structure of the Inhibitor bound form of M. Smegmatis Aryl Esterase

要素

Aryl esterase

キーワード

HYDROLASE / SGNH hydrolase / oligomeric enzyme / Acyl Transfer / Aryl Esterase / covalent inhibitor

機能・相同性

SGNH hydrolase / SGNH hydrolase-type esterase domain / GDSL-like Lipase/Acylhydrolase family / SGNH hydrolase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Lipolytic enzyme, G-D-S-L

機能・相同性情報

生物種

Mycobacterium smegmatis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Mathews, I.I. / Soltis, M. / Saldajeno, M. / Ganshaw, G. / Sala, R. / Weyler, W. / Cervin, M.A. / Whited, G. / Bott, R.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2007
タイトル: Structure of a novel enzyme that catalyzes acyl transfer to alcohols in aqueous conditions.
著者: Mathews, I. / Soltis, M. / Saldajeno, M. / Ganshaw, G. / Sala, R. / Weyler, W. / Cervin, M.A. / Whited, G. / Bott, R.

履歴

登録	2007年5月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年12月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2024年4月3日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2q0s.cif.gz	366.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2q0s.ent.gz	300.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2q0s.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q0/2q0s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q0/2q0s	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2q0qC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2q0q-1 2q0q-2 5hoe-1 2q0q-3 2q0q-4 5wi5-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Aryl esterase

B: Aryl esterase

C: Aryl esterase

D: Aryl esterase

E: Aryl esterase

F: Aryl esterase

G: Aryl esterase

H: Aryl esterase

ヘテロ分子

188 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.754, 80.096, 85.974
Angle α, β, γ (deg.)	104.10, 112.10, 97.40
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

詳細

The bilogical assembly is an octamer. The coordinate files contains a biological octamer.

#1: タンパク質	Aryl esterase 分子量: 23445.795 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis (バクテリア) 株: ATCC19686 / プラスミド: pET16b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0R5U7, arylesterase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2134 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.2 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 100mM Tris (pH 8.0), 2M ammonium sulfate, 2% PEG 400., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2004年7月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	相対比: 1
反射	解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 240647 / % possible obs: 95.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / R_merge(I) obs: 0.042 / R_sym value: 0.042 / Net I/σ(I): 30.8
反射シェル	最高解像度: 1.5 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
ADSC	Quantum	データ収集
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: Native enzyme

解像度: 1.5→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.97 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.96 / SU B: 0.795 / SU ML: 0.031 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.063 / ESU R Free: 0.064 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.15977	11930	5 %	RANDOM
R_work	0.13414	-	-	-
obs	0.1354	228596	95.36 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 10.475 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.25 Å²	0.53 Å²	0.45 Å²
2-	-	0.35 Å²	0.59 Å²
3-	-	-	0.16 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13144	0	5	2134	15283

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.022	13476
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	12528
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.627	1.982	18438
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.904	3	29056
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.61	5	1712
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.766	23.788	528
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.74	15	2016
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.786	15	80
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.109	0.2	2144
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	14984
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2632
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.229	0.2	2653
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.183	0.2	12775
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.182	0.2	6942
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.085	0.2	7288
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.114	0.2	1279
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.189	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.268	0.2	42
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.138	0.2	47
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.132	1.5	10949
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.255	1.5	3464
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.312	2	13936
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.273	3	5620
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.344	4.5	4502
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.164	906	-
R_work	0.111	16754	-
obs	-	-	94.59 %

精密化 TLS

L11: 0 °² / L12: 0 °² / L13: 0 °² / L22: 0 °² / L23: 0 °² / L33: 0 °² / S11: 0 Å ° / S12: 0 Å ° / S13: 0 Å ° / S21: 0 Å ° / S22: 0 Å ° / S23: 0 Å ° / S31: 0 Å ° / S32: 0 Å ° / S33: 0 Å ° / T11: 0 Å² / T12: 0 Å² / T13: 0 Å² / T22: 0 Å² / T23: 0 Å² / T33: 0 Å² / 手法: refined / Origin x: 0 Å / Origin y: 0 Å / Origin z: 0 Å / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID
1
2
3
4
5
6
7
8

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	2 - 216	2 - 216
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	2 - 216	2 - 216
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	C	2 - 216	2 - 216
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	D	2 - 216	2 - 216
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	E	2 - 216	2 - 216
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	F	2 - 216	2 - 216
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	G	2 - 216	2 - 216
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	H	2 - 216	2 - 216

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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