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- PDB-2q0q: Structure of the Native M. Smegmatis Aryl Esterase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2q0q
タイトルStructure of the Native M. Smegmatis Aryl Esterase
要素aryl esterase
キーワードHYDROLASE / SGNH hydrolase / oligomeric enzyme / Acyl Transfer / Aryl Esterase
機能・相同性SGNH hydrolase / SGNH hydrolase-type esterase domain / GDSL-like Lipase/Acylhydrolase family / SGNH hydrolase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Lipolytic enzyme, G-D-S-L
機能・相同性情報
生物種Mycobacterium smegmatis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Mathews, I.I. / Soltis, M. / Saldajeno, M. / Ganshaw, G. / Sala, R. / Weyler, W. / Cervin, M.A. / Whited, G. / Bott, R.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2007
タイトル: Structure of a novel enzyme that catalyzes acyl transfer to alcohols in aqueous conditions.
著者: Mathews, I. / Soltis, M. / Saldajeno, M. / Ganshaw, G. / Sala, R. / Weyler, W. / Cervin, M.A. / Whited, G. / Bott, R.
履歴
登録2007年5月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: aryl esterase
B: aryl esterase
C: aryl esterase
D: aryl esterase
E: aryl esterase
F: aryl esterase
G: aryl esterase
H: aryl esterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)189,55524
ポリマ－188,0508
非ポリマー1,50516
水28,9681608
1
G: aryl esterase
H: aryl esterase
ヘテロ分子

G: aryl esterase
H: aryl esterase
ヘテロ分子

G: aryl esterase
H: aryl esterase
ヘテロ分子

G: aryl esterase
H: aryl esterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)189,55524
ポリマ－188,0508
非ポリマー1,50516
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_455y-1,-x,z1
crystal symmetry operation3_565-y,x+1,z1
crystal symmetry operation2_465-x-1,-y+1,z1
Buried area25227 Å2
手法PISA
2
A: aryl esterase
B: aryl esterase
ヘテロ分子

A: aryl esterase
B: aryl esterase
ヘテロ分子

A: aryl esterase
B: aryl esterase
ヘテロ分子

A: aryl esterase
B: aryl esterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)189,55524
ポリマ－188,0508
非ポリマー1,50516
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area25073 Å2
手法PISA
3
D: aryl esterase
F: aryl esterase
ヘテロ分子

D: aryl esterase
F: aryl esterase
ヘテロ分子

D: aryl esterase
F: aryl esterase
ヘテロ分子

D: aryl esterase
F: aryl esterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)189,55524
ポリマ－188,0508
非ポリマー1,50516
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_565y,-x+1,z1
crystal symmetry operation3_655-y+1,x,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
Buried area25006.1 Å2
手法PISA
4
C: aryl esterase
E: aryl esterase
ヘテロ分子

C: aryl esterase
E: aryl esterase
ヘテロ分子

C: aryl esterase
E: aryl esterase
ヘテロ分子

C: aryl esterase
E: aryl esterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)189,55524
ポリマ－188,0508
非ポリマー1,50516
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
Buried area24984.9 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.163, 98.163, 229.896
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number75
Space group name H-MP4
詳細The biological assembly is a octamer.

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要素

#1: タンパク質
aryl esterase


分子量: 23506.191 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis (バクテリア)
株: ATCC19686 / プラスミド: pMSATNcoI / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0R5U7, arylesterase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1608 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.2 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 100mM TRIS.HCl (pH 8), 2M Ammonium Sulphate, 2% PEG 400, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 0.9795, 0.9796, 1.000
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2003年8月30日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97951
20.97961
311
反射解像度: 1.5→30 Å / Num. obs: 327138 / % possible obs: 94.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Rsym value: 0.087 / Net I/σ(I): 14.9
反射 シェル最高解像度: 1.5 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
ADSCQuantumデータ収集
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.5→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 2.096 / SU ML: 0.041 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.066 / ESU R Free: 0.066 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19612 16328 5 %RANDOM
Rwork0.17466 ---
obs0.17572 310810 94.69 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 12.015 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.31 Å20 Å20 Å2
2--0.31 Å20 Å2
3----0.63 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13072 0 88 1608 14768
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.02213472
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0212464
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5251.98118440
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.855328904
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.62951712
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.38423.788528
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.268152024
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.5931580
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.22144
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0214952
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022632
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2270.22702
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1760.212586
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1780.26907
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0830.27249
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.120.21049
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2140.270
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2140.2336
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1230.258
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9891.510335
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2581.53464
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.144213936
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.0835506
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.0624.54504
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.259 838 -
Rwork0.214 15195 -
obs--62.71 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.17790.0124-0.02350.06410.03270.0743-0.02690.01560.0171-0.03450.01050.0075-0.02530.02380.0163-0.02690.00560.0083-0.0226-0.00410.024918.6781-19.889436.5678
20.09440.08720.02760.08750.06740.2590.0125-0.0728-0.04820.1096-0.00210.01210.10310.0131-0.01040.01230.0206-0.0035-0.00830.00420.015614.6699-23.12964.5391
30.3542-0.0527-0.00890.1025-0.18990.692-0.075-0.13050.00180.15450.0191-0.0697-0.35840.09880.05580.1831-0.0185-0.0289-0.0114-0.0381-0.08013.425127.104527.1045
40.05590.0781-0.01960.3424-0.13390.08980.00520.1188-0.0392-0.1330.02660.0870.0497-0.0214-0.0318-0.0054-0.0001-0.0360.00470.00620.009921.828646.6497-14.2666
50.3341-0.08180.10890.09060.09620.55690.02860.0425-0.0340.0078-0.0113-0.00070.22750.0495-0.01730.10570.0063-0.0005-0.02220.0096-0.03481.3051-27.3198100.7238
60.27970.03350.07630.07770.00740.0306-0.0041-0.0576-0.05720.03520.01710.0158-0.0102-0.0409-0.013-0.0351-0.0038-0.0061-0.0250.01050.037946.459121.859713.8432
70.1826-0.0009-0.14580.05820.02250.3063-0.0340.0950.0915-0.0788-0.01180.02880.08170.10070.04580.12560.04260.04960.1195-0.0474-0.1321-30.001229.6443-78.396
80.1920.16520.11390.21860.0260.50750.02820.0592-0.0416-0.00510.0025-0.01840.1620.0637-0.03070.09360.03980.02360.0602-0.0468-0.0706-33.746626.4444-50.4217
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA2 - 2162 - 216
2X-RAY DIFFRACTION2BB2 - 2162 - 216
3X-RAY DIFFRACTION3CC2 - 2162 - 216
4X-RAY DIFFRACTION4DD2 - 2162 - 216
5X-RAY DIFFRACTION5EE2 - 2162 - 216
6X-RAY DIFFRACTION6FF2 - 2162 - 216
7X-RAY DIFFRACTION7GG2 - 2162 - 216
8X-RAY DIFFRACTION8HH2 - 2162 - 216

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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