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万見
- PDB-2q08: Crystal structure of the protein BH0493 from Bacillus halodurans ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2q08
タイトルCrystal structure of the protein BH0493 from Bacillus halodurans C-125 complexed with ZN
要素BH0493 protein
キーワードISOMERASE / Structural Genomics / NYSGXRC / target 9247a / Glucoronate isomerase / PSI-2 / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics
機能・相同性uronate isomerase, domain 2, chain A / uronate isomerase, domain 2, chain A / Metal-dependent hydrolase / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / metal ion binding / BH0493 protein
機能・相同性情報
生物種Bacillus halodurans C-125 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Patskovsky, Y. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Raushel, F. / Almo, S.C. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of Glucoronate Isomerase from Bacillus halodurans.
著者: Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Patskovsky, Y. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Raushel, F.M. / Almo, S.C.
履歴
登録2007年5月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年11月14日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.identifier_ORCID
改定 1.42021年2月3日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年2月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BH0493 protein
B: BH0493 protein
C: BH0493 protein
D: BH0493 protein
E: BH0493 protein
F: BH0493 protein
G: BH0493 protein
H: BH0493 protein
I: BH0493 protein
J: BH0493 protein
K: BH0493 protein
L: BH0493 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)601,12928
ポリマ－600,08212
非ポリマー1,04716
水17,348963
1
A: BH0493 protein
B: BH0493 protein
C: BH0493 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)150,2827
ポリマ－150,0213
非ポリマー2624
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12220 Å2
ΔGint-176 kcal/mol
Surface area41330 Å2
手法PISA
2
D: BH0493 protein
E: BH0493 protein
F: BH0493 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)150,2827
ポリマ－150,0213
非ポリマー2624
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12190 Å2
ΔGint-176 kcal/mol
Surface area41330 Å2
手法PISA
3
G: BH0493 protein
H: BH0493 protein
I: BH0493 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)150,2827
ポリマ－150,0213
非ポリマー2624
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12200 Å2
ΔGint-177 kcal/mol
Surface area41280 Å2
手法PISA
4
J: BH0493 protein
K: BH0493 protein
L: BH0493 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)150,2827
ポリマ－150,0213
非ポリマー2624
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12200 Å2
ΔGint-176 kcal/mol
Surface area41410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)121.274, 120.967, 126.241
Angle α, β, γ (deg.)78.82, 78.67, 80.42
Int Tables number1
Space group name H-MP1
詳細The biological assembly is the trimer ABC, or DEF, or GHI or JKL.

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要素

#1: タンパク質
BH0493 protein


分子量: 50006.852 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus halodurans C-125 (バクテリア)
生物種: Bacillus halodurans / 株: C-125, DSM 18197, FERM 7344, JCM 9153 / 遺伝子: BH0493 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9KFI6
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 963 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.18 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 45% Polypropylene glycol P400, 0.1M Bis-tris, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2007年5月2日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→25 Å / Num. all: 415887 / Num. obs: 415887 / % possible obs: 90.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 16 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.088

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
ADSCQuantumデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→24.93 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Data cutoff high absF: 261226.34 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.239 20660 5 %RANDOM
Rwork0.226 ---
all0.226 415887 --
obs0.226 415887 90.1 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 46.5021 Å2 / ksol: 0.36164 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 34.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.19 Å2-3.01 Å2-3.55 Å2
2---1.61 Å2-3.78 Å2
3---3.81 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.3 Å0.28 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.29 Å0.26 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→24.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数40812 0 16 963 41791
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d20.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.79
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.141.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.732
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.812
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.632.5
LS精密化 シェル解像度: 2→2.07 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.342 1486 4.9 %
Rwork0.318 28875 -
obs--65.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION4&_1_PARAMETER_INFILE_4&_1_TOPOLOGY_INFILE_4
X-RAY DIFFRACTION5&_1_PARAMETER_INFILE_5&_1_TOPOLOGY_INFILE_5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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