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- PDB-2pzh: YbgC thioesterase (Hp0496) from Helicobacter pylori -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2pzh
タイトルYbgC thioesterase (Hp0496) from Helicobacter pylori
要素Hypothetical protein HP_0496
キーワードHYDROLASE / lipid / acyl-CoA / bacterial membrane / Tol-Pal system / thioesterase / Hot-dog fold
機能・相同性
機能・相同性情報


fatty acyl-CoA hydrolase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3価のアルコールのエステル加水分解酵素 / lipid metabolic process
類似検索 - 分子機能
4-hydroxybenzoyl-CoA thioesterase, active site / 4-hydroxybenzoyl-CoA thioesterase family active site. / Acyl-CoA thioester hydrolase YbgC/YbaW family / : / Thioesterase domain / Thioesterase superfamily / Hotdog Thioesterase / Thiol Ester Dehydrase; Chain A / HotDog domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Acyl-CoA thioesterase YbgC
類似検索 - 構成要素
生物種Helicobacter pylori (ピロリ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Angelini, A. / Cendron, L. / Goncalves, S. / Zanotti, G. / Terradot, L.
引用
ジャーナル: Proteins / 年: 2008
タイトル: Structural and enzymatic characterization of HP0496, a YbgC thioesterase from Helicobacter pylori.
著者: Angelini, A. / Cendron, L. / Goncalves, S. / Zanotti, G. / Terradot, L.
#1: ジャーナル: BMC Bioinformatics / 年: 2004
タイトル: The Hotdog fold: wrapping up a superfamily of thioesterases and dehydratases
著者: Dillon, S.C. / Bateman, A.
#2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1998
タイトル: The three-dimensional structure of 4-hydroxybenzoyl-CoA thioesterase from Pseudomonas sp. Strain CBS-3
著者: Benning, M.M. / Wesemberg, G. / Liu, R. / Taylor, K.L. / Dunway-Mariano, D. / Holden, H.M.
履歴
登録2007年5月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年4月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypothetical protein HP_0496
C: Hypothetical protein HP_0496
D: Hypothetical protein HP_0496
B: Hypothetical protein HP_0496


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,4174
ポリマ－63,4174
非ポリマー00
水5,314295
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9080 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area23170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.860, 99.206, 107.288
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
31D
41B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Refine code: 5 / Auth seq-ID: 1 - 132 / Label seq-ID: 3 - 134

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2CB
3DC
4BD
詳細The biological assembly is the homo-tetramer (chains A,B,C,D)

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要素

#1: タンパク質
Hypothetical protein HP_0496


分子量: 15854.352 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 株: 26695 / 遺伝子: HP0496 / プラスミド: pET151/D-TOPO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Star (DE3) / 参照: UniProt: P94842
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 295 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.18 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 100mM Tris, 20% Ethanol, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.931
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→45 Å / Num. all: 53355 / Num. obs: 53355 / % possible obs: 90.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 22
反射 シェル解像度: 1.7→1.79 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 6452 / % possible all: 76.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
ADSCQuantumデータ収集
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1S5U

1s5u


解像度: 1.7→45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU B: 2.542 / SU ML: 0.086 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0.5 / ESU R: 0.145 / ESU R Free: 0.138 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25114 2686 5 %RANDOM
Rwork0.20873 ---
obs0.21088 50627 89.8 %-
all-53355 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.851 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.61 Å20 Å20 Å2
2---0.02 Å20 Å2
3---0.63 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4419 0 0 295 4714
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0224557
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1751.9626154
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6735539
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.31923.333228
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.31115817
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.1321532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.2666
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.023476
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2510.32166
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3240.53216
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1910.5566
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2740.338
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2360.520
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.10722756
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.74734383
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.23122002
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.7731766
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A526medium positional0.260.5
2C526medium positional0.270.5
3D526medium positional0.210.5
4B526medium positional0.30.5
1A560loose positional0.765
2C560loose positional0.765
3D560loose positional0.675
4B560loose positional0.755
1A526medium thermal1.232
2C526medium thermal1.622
3D526medium thermal1.132
4B526medium thermal2.852
1A560loose thermal1.7910
2C560loose thermal2.1810
3D560loose thermal1.7210
4B560loose thermal3.6810
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.373 168 -
Rwork0.286 3084 -
obs--75.4 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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