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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2pyw | |||||||||
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タイトル | Structure of A. thaliana 5-methylthioribose kinase in complex with ADP and MTR | |||||||||
要素 | Uncharacterized protein | |||||||||
キーワード | TRANSFERASE / 5-methylthioribose kinase / plant methionine recycling / refolding | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 S-methyl-5-thioribose kinase / S-methyl-5-thioribose kinase activity / L-methionine salvage from methylthioadenosine / ATP binding / identical protein binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Ku, S.Y. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Bmc Struct.Biol. / 年: 2007 タイトル: Structure of A. thaliana 5-methylthioribose kinase in complex with ADP and MTR reveals a more occluded active site than its bacterial homolog 著者: Ku, S.Y. / Cornell, K.A. / Howell, P.L. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2pyw.cif.gz | 195.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2pyw.ent.gz | 153.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2pyw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2pyw_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2pyw_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 2pyw_validation.xml.gz | 37.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2pyw_validation.cif.gz | 58.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/py/2pyw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/py/2pyw | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 2olcS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 48130.668 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: F10F5.1 / プラスミド: pET28a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9C6D2, S-methyl-5-thioribose kinase #4: 糖 | |
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-非ポリマー , 5種, 792分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-MG / #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-EDO / #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.98 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 10% PEG8000, 0.1M sodium cacodylate, 0.2M magnesium acetate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X8C / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年8月29日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→80.58 Å / Num. all: 83556 / Num. obs: 82470 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.38 % / Rmerge(I) obs: 0.045 / Net I/σ(I): 16.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.97 Å / Rmerge(I) obs: 0.175 / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / % possible all: 90.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2OLC 解像度: 1.9→80.58 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 2.451 / SU ML: 0.074 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.125 / ESU R Free: 0.119 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 17.312 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→80.58 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
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