PDB-2pyh: Azotobacter vinelandii Mannuronan C-5 epimerase AlgE4 A-module co...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2pyh

タイトル

Azotobacter vinelandii Mannuronan C-5 epimerase AlgE4 A-module complexed with mannuronan trisaccharide

要素

Poly(beta-D-mannuronate) C5 epimerase 4

キーワード

ISOMERASE / beta-helix / epimerase / mannuronic acid

機能・相同性

機能・相同性情報

mannuronan 5-epimerase / alginic acid biosynthetic process / isomerase activity / calcium ion binding / extracellular space
類似検索 - 分子機能

生物種

Azotobacter vinelandii (窒素固定)

手法

X線回折 /

フーリエ合成 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Rozeboom, H.J. / Bjerkan, T.M. / Kalk, K.H. / Ertesvag, H. / Holtan, S. / Aachman, F.L. / Valla, S. / Dijkstra, B.W.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: Structural and Mutational Characterization of the Catalytic A-module of the Mannuronan C-5-epimerase AlgE4 from Azotobacter vinelandii.
著者: Rozeboom, H.J. / Bjerkan, T.M. / Kalk, K.H. / Ertesvag, H. / Holtan, S. / Aachmann, F.L. / Valla, S. / Dijkstra, B.W.

履歴

登録	2007年5月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年5月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 2.0	2019年7月24日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy カテゴリ: atom_site / database_PDB_caveat ...atom_site / database_PDB_caveat / entity_src_gen / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_validate_chiral / pdbx_validate_close_contact / software / struct_conn Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_special_symmetry.auth_seq_id / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
改定 3.0	2020年7月29日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_validate_chiral / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.type / _database_PDB_caveat.text / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 3.1	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 3.2	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2pyh.cif.gz	151.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2pyh.ent.gz	118.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2pyh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/py/2pyh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/py/2pyh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2pygC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2pyg-2 2pyg-1 4wyi-d 4jzt-d 2i1l-1 2afc-d 5cya-d 4zeo-1 6jf8-2 4cim-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Poly(beta-D-mannuronate) C5 epimerase 4

B: Poly(beta-D-mannuronate) C5 epimerase 4

ヘテロ分子

80.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Poly(beta-D-mannuronate) C5 epimerase 4

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
40 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Poly(beta-D-mannuronate) C5 epimerase 4

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
40.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	169.551, 121.790, 45.068
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-404- CA

#1: タンパク質

Poly(beta-D-mannuronate) C5 epimerase 4 / Mannuronan epimerase 4

分子量: 39923.180 Da / 分子数: 2 / 断片: A-module / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Azotobacter vinelandii (窒素固定)
遺伝子: algE4 / プラスミド: pTB26 derivative of pTYB5 (NEB) / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ER2566
参照: UniProt: Q44493, 異性化酵素; ラセマーゼ・エピメラーゼ（光学異性の転換）; 炭水化物およびその類縁体に作用

#2: 多糖

alpha-D-mannopyranuronic acid-(1-4)-alpha-D-mannopyranuronic acid-(1-4)-alpha-D-mannopyranuronic acid

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 546.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpAa1-4DManpAa1-4DManpAa1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,3,2/[a1122A-1a_1-5]/1-1-1/a4-b1_b4-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-ManpA]{[(4+1)][b-D-ManpA]{[(4+1)][b-D-ManpA]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 化合物

ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン

分子量: 40.078 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 61 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.91 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.78 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 1.6-1.7 M Malonate, pH 7.0-8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: BRUKER PROTEUM R / 検出器: CCD / 日付: 2003年10月23日 / 詳細: Montel200 multilayer graded optics
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→57.4 Å / Num. all: 26719 / Num. obs: 26719 / % possible obs: 99.2 % / B_iso Wilson estimate: 65.9 Å² / R_sym value: 0.107 / Net I/σ(I): 10.7
反射シェル	解像度: 2.7→2.8 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 2699 / R_sym value: 0.561 / % possible all: 93.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CNS	1.1	精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
PROTEUM PLUS	PLUS	データ収集
XPREP		データ削減
CNS		位相決定
REFMAC		精密化

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: native from other entry

解像度: 2.7→57.4 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.279	1336	5 %	random
R_work	0.233	-	-	-
all	-	26462	-	-
obs	-	26462	99.2 %	-

溶媒の処理

B_sol: 41.323 Å²

原子変位パラメータ

B_iso mean: 49.64 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.699 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	14.49 Å²	0 Å²
3-	-	-	-18.189 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→57.4 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5604	0	44	61	5709

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.007
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d	1.341
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it		1.5
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it		2

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file	Topol file
X-RAY DIFFRACTION	1	protein_rep.param	protein.top
X-RAY DIFFRACTION	2	cis_peptide.param	man.top
X-RAY DIFFRACTION	3	water_rep.param	water.top
X-RAY DIFFRACTION	4	ion.param	ion.top
X-RAY DIFFRACTION	5	carbo1.param

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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