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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2py8 | ||||||
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タイトル | RbcX | ||||||
![]() | Hypothetical protein rbcX | ||||||
![]() | CHAPERONE / All helical fold | ||||||
機能・相同性 | Chaperonin-like RbcX / Chaperonin-like RbcX superfamily / RbcX protein / Chaperonin-like RbcX / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Uncharacterized protein![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Tanaka, S. / Sawaya, M.R. / Kerfeld, C.A. / Yeates, T.O. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of the RuBisCO chaperone RbcX from Synechocystis sp. PCC6803. 著者: Tanaka, S. / Sawaya, M.R. / Kerfeld, C.A. / Yeates, T.O. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 108.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 83.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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詳細 | The chain B and chain C form a dimer, and the chain A and chain D form another dimer. |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16613.441 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: PCC6803 / 遺伝子: rbcX / プラスミド: pET22b / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-CL / | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.16 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4 詳細: 30% PEG 400, 0.1M potassium/sodium phosphate, 0.2M lithium sulfate, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K |
-データ収集
回折 |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年10月21日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 |
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Reflection | D res high: 3.3 Å / D res low: 90 Å / % possible obs: 100
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Diffraction reflection shell |
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反射 | 解像度: 2.45→90 Å / Num. all: 29666 / Num. obs: 29666 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.7 % / Biso Wilson estimate: 62.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rsym value: 0.059 / Χ2: 1.038 / Net I/σ(I): 16.7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.45→2.54 Å / 冗長度: 7.9 % / Rmerge(I) obs: 0.541 / Num. unique all: 2896 / Χ2: 1.032 / % possible all: 100 |
-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Phasing MAD | D res high: 3.3 Å / D res low: 20 Å / FOM : 0.327 / FOM acentric: 0.34 / FOM centric: 0.257 / 反射: 12359 / Reflection acentric: 10357 / Reflection centric: 2002 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing MAD set | 最高解像度: 3.3 Å / 最低解像度: 20 Å
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Phasing MAD set shell |
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Phasing MAD set site |
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Phasing MAD shell |
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Phasing dm | 手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 29549 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing dm shell |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 58.617 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.45→19.5 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.451→2.514 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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