PDB-2pxx: Human putative methyltransferase MGC2408

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2pxx

タイトル

Human putative methyltransferase MGC2408

要素

Uncharacterized protein MGC2408

キーワード

TRANSFERASE / Structural Genomics Consortium / SGC / methyltransferase / MGC2408 / LOC84291

機能・相同性

機能・相同性情報

protein-lysine N-methyltransferase activity / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / methyltransferase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.3 Å

データ登録者

Tempel, W. / Wu, H. / Dombrovsky, L. / Zeng, H. / Zhu, H. / Loppnau, P. / Weigelt, J. / Sundstrom, M. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. ...

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2009
タイトル: An intact SAM-dependent methyltransferase fold is encoded by the human endothelin-converting enzyme-2 gene.
著者: Tempel, W. / Wu, H. / Dombrovsky, L. / Zeng, H. / Loppnau, P. / Zhu, H. / Plotnikov, A.N. / Bochkarev, A.

履歴

登録	2007年5月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年5月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2024年2月21日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

Remark 300

BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2pxx.cif.gz	59.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2pxx.ent.gz	41.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2pxx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2pxx_validation.pdf.gz	693.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2pxx_full_validation.pdf.gz	694 KB	表示
XML形式データ	2pxx_validation.xml.gz	10.9 KB	表示
CIF形式データ	2pxx_validation.cif.gz	15.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/px/2pxx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/px/2pxx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6t9u-d 1y5u-d 6zfj-d 1drf-d 1gi4-d 7brw-d 1btw-d 6yiv-d 1tni-d 5vg2-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Uncharacterized protein MGC2408

ヘテロ分子

24.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	35.883, 45.560, 55.102
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 105.870, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Uncharacterized protein MGC2408 分子量: 23916.855 Da / 分子数: 1 / 断片: Residues 19-231 / 変異: R100C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MGC2408 / プラスミド: pET28a-LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) codon plus RIL / 参照: UniProt: Q9BRZ8, UniProt: P0DPD7*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: 化合物	ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステインタイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₀N₆O₅S
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 135 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 32.2 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.5 詳細: 28% PEG3350, 0.1 M Ammonium sulfate, 0.1 M Bis-Tris, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	APS	23-ID-D	1	0.97926
シンクロトロン	CHESS	A1	2	0.9777

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
MARMOSAIC 300 mm CCD	1	CCD	2007年4月16日
ADSC QUANTUM 210	2	CCD	2007年5月5日

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97926	1
2	0.9777	1

反射

解像度: 1.3→70 Å / Num. obs: 40375 / % possible obs: 96.2 % / 冗長度: 6.2 % / R_merge(I) obs: 0.096 / Χ²: 1.795 / Net I/σ(I): 8.2

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
1.3-1.35	3.1	0.28	3089	0.898	74.1
1.35-1.4	4.1	0.276	3777	0.917	90.6
1.4-1.46	5.3	0.252	4074	0.999	97.3
1.46-1.54	6.2	0.211	4147	1.067	99.5
1.54-1.64	6.7	0.176	4181	1.189	100
1.64-1.76	7	0.149	4195	1.383	100
1.76-1.94	7.1	0.123	4176	1.758	100
1.94-2.22	7.2	0.101	4231	2.113	100
2.22-2.8	7.2	0.085	4208	2.516	100
2.8-70	6.9	0.068	4297	3.561	99.7

-
位相決定

位相決定	手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SHELX		位相決定
REFMAC	refmac_5.2.0019	精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
ADSC	Quantum	データ収集

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.3→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.928 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.921 / WR_factor R_free: 0.22 / WR_factor R_work: 0.204 / SU B: 1.025 / SU ML: 0.045 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.069 / ESU R Free: 0.066
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. Programs arp/warp, coot, molprobity were also used in refinement.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.226	2052	5.1 %	RANDOM
R_work	0.21	-	-	-
all	0.211	-	-	-
obs	-	40353	95.78 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 7.181 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0 Å²	0 Å²	0.25 Å²
2-	-	-0.13 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.26 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.3→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1668	0	27	135	1830

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.021	1747
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	1154
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.317	1.958	2383
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.899	3	2790
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.656	5	218
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.047	22.597	77
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.064	15	255
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.258	15	11
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.082	0.2	255
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	1973
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	392
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.202	0.2	351
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.19	0.2	1181
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.184	0.2	849
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.085	0.2	838
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.088	0.2	98
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.195	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.25	0.2	43
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.084	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.602	2	1155
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.526	2	439
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.914	3	1704
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.688	2	777
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.271	3	676

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.3-1.334	0.272	109	0.262	1914	3066	65.982
1.334-1.371	0.339	128	0.253	2483	3036	86.001
1.371-1.41	0.293	122	0.24	2612	2927	93.406
1.41-1.454	0.236	141	0.227	2630	2850	97.228
1.454-1.501	0.24	139	0.211	2610	2772	99.17
1.501-1.554	0.218	138	0.207	2541	2683	99.851
1.554-1.612	0.22	133	0.203	2433	2566	100
1.612-1.678	0.233	122	0.202	2358	2480	100
1.678-1.752	0.259	132	0.193	2268	2400	100
1.752-1.837	0.22	139	0.202	2155	2294	100
1.837-1.936	0.231	95	0.199	2058	2153	100
1.936-2.053	0.18	105	0.197	1955	2060	100
2.053-2.194	0.195	102	0.195	1837	1939	100
2.194-2.369	0.207	80	0.203	1737	1817	100
2.369-2.594	0.234	94	0.203	1571	1665	100
2.594-2.897	0.232	77	0.21	1449	1527	99.935
2.897-3.34	0.217	61	0.21	1270	1331	100
3.34-4.078	0.201	59	0.2	1083	1142	100
4.078-5.715	0.18	39	0.21	856	896	99.888
5.715-30	0.287	37	0.3	481	525	98.667

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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