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- PDB-2pwy: Crystal Structure of a m1A58 tRNA methyltransferase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2pwy
タイトルCrystal Structure of a m1A58 tRNA methyltransferase
要素tRNA (adenine-N(1)-)-methyltransferase
キーワードTRANSFERASE / MTASE / ADOMET / TRMI / tRNA-m1A58
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA (adenine58-N1)-methyltransferase / tRNA (m1A) methyltransferase complex / tRNA (adenine(58)-N1)-methyltransferase activity / tRNA methylation / tRNA processing
類似検索 - 分子機能
TrmI-like N-terminal / Vcp-like ATPase; Chain A, domain 2 - #20 / tRNA (1-methyladenosine) methyltransferase catalytic subunit Gcd14 / : / tRNA methyltransferase complex GCD14 subunit / tRNA (adenine(57)-N(1)/adenine(58)-N(1) or adenine(58)-N(1)) (EC 2.1.1.219 or EC 2.1.1.220) family profile. / Vcp-like ATPase; Chain A, domain 2 / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Roll ...TrmI-like N-terminal / Vcp-like ATPase; Chain A, domain 2 - #20 / tRNA (1-methyladenosine) methyltransferase catalytic subunit Gcd14 / : / tRNA methyltransferase complex GCD14 subunit / tRNA (adenine(57)-N(1)/adenine(58)-N(1) or adenine(58)-N(1)) (EC 2.1.1.219 or EC 2.1.1.220) family profile. / Vcp-like ATPase; Chain A, domain 2 / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Roll / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / tRNA (adenine(58)-N(1))-methyltransferase TrmI
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Barraud, P. / Golinelli-Pimpaneau, B. / Tisne, C.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Crystal Structure of Thermus thermophilus tRNA m(1)A(58) Methyltransferase and Biophysical Characterization of Its Interaction with tRNA.
著者: Barraud, P. / Golinelli-Pimpaneau, B. / Atmanene, C. / Sanglier, S. / Van Dorsselaer, A. / Droogmans, L. / Dardel, F. / Tisne, C.
履歴
登録2007年5月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年2月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999SEQUENCE UNP Q8GBB2 has a conflict at residue 254, ALA to GLY

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: tRNA (adenine-N(1)-)-methyltransferase
B: tRNA (adenine-N(1)-)-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,8767
ポリマ－57,8192
非ポリマー1,0575
水7,584421
1
A: tRNA (adenine-N(1)-)-methyltransferase
B: tRNA (adenine-N(1)-)-methyltransferase
ヘテロ分子

A: tRNA (adenine-N(1)-)-methyltransferase
B: tRNA (adenine-N(1)-)-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,75114
ポリマ－115,6374
非ポリマー2,11410
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_554-x,y,-z-1/21
Buried area16050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.440, 96.795, 140.584
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
詳細The biological assembly is a tetramer generated from the dimer in the asymmetric unit by the operations: translation -X,Y,-Z+1/2 ; rotation 0,0,-1

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要素

#1: タンパク質 tRNA (adenine-N(1)-)-methyltransferase / tRNA(m1A58)-methyltransferase / tRNA(m1A58)MTase


分子量: 28909.359 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
株: HB27 / 遺伝子: trmI / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3) / 参照: UniProt: Q8GBB2, EC: 2.1.1.36
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 421 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.74 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 2.0 M Ammonium Sulfate, 5% isopropanol, 2 mM S-adenosylhomocysteine, 1.eq tRNAiMet, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年9月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→48.168 Å / Num. obs: 67981 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.106 / Rsym value: 0.106 / Net I/σ(I): 5.9
反射 シェル解像度: 1.7→1.79 Å / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.674 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. measured all: 71441 / Num. unique all: 9830 / Rsym value: 0.674 / % possible all: 100

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位相決定

Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å19.94 Å
Translation2.5 Å19.94 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
MxCuBEデータ収集
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1I9G

1i9g


解像度: 1.7→33.67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 3.414 / SU ML: 0.059 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.094 / ESU R Free: 0.093 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.209 3448 5.1 %RANDOM
Rwork0.18 ---
obs0.181 67928 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.924 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→33.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3823 0 67 421 4311
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0213990
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2651.9885438
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1015499
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.12222.515163
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.01615603
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.3241530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.2605
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.023034
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1840.21737
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3010.22627
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1080.2369
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1690.280
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1110.217
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6641.52560
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.02923950
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.81231646
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.8214.51488
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.279 265 -
Rwork0.247 4709 -
obs-4974 100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9373-0.60640.09261.7478-0.20090.99480.06760.0480.0472-0.0396-0.00460.00660.02890.0629-0.063-0.02070.0320.0123-0.0359-0.0068-0.0005-13.457655.4638-14.2142
20.4006-0.05530.10870.08220.00320.27870.0003-0.00570.05220.0028-0.0201-0.01370.00180.02730.0197-0.00870.0085-0.0073-0.0154-0.002-0.00889.736933.357-14.8608
32.5998-1.5420.67954.60720.53781.35580.04970.1072-0.08330.0454-0.0802-0.0909-0.0044-0.09870.0306-0.05580.0534-0.024-0.0913-0.04470.05459.12632.1293-12.8516
40.4365-0.0043-0.07230.0623-0.14170.3377-0.00580.0034-0.037-0.0058-0.00570.00580.0314-0.03290.0115-0.00510.00270.0048-0.0174-0.0132-0.0107-12.032124.4115-16.2147
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA5 - 608 - 63
2X-RAY DIFFRACTION2AA61 - 25564 - 258
3X-RAY DIFFRACTION3BB5 - 608 - 63
4X-RAY DIFFRACTION4BB61 - 25464 - 257

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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