PDB-2pvq: Crystal structure of Ochrobactrum anthropi glutathione transferas...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2pvq

タイトル

Crystal structure of Ochrobactrum anthropi glutathione transferase Cys10Ala mutant with glutathione bound at the H-site

要素

glutathione S-transferase

キーワード

TRANSFERASE / xenobiotics detoxification / glutathione / H-site

機能・相同性

機能・相同性情報

glutathione transferase / glutathione transferase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Ochrobactrum anthropi (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.803 Å

データ登録者

Allocati, N. / Federici, L. / Masulli, M. / Favaloro, B. / Di Ilio, C.

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2008
タイトル: Cysteine 10 is critical for the activity of Ochrobactrum anthropi glutathione transferase and its mutation to alanine causes the preferential binding of glutathione to the H-site.
著者: Allocati, N. / Federici, L. / Masulli, M. / Favaloro, B. / Di Ilio, C.

履歴

登録	2007年5月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年1月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_special_symmetry ...database_2 / pdbx_struct_special_symmetry / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2023年8月30日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2pvq.cif.gz	96.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2pvq.ent.gz	74.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2pvq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2pvq_validation.pdf.gz	686.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2pvq_full_validation.pdf.gz	691.5 KB	表示
XML形式データ	2pvq_validation.xml.gz	13.2 KB	表示
CIF形式データ	2pvq_validation.cif.gz	18.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pv/2pvq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pv/2pvq	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2ntoS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2nto-1 4ri6-d 4q5r-2 2pmt-2 6peu-2 2pmt-1 4ri7-d 4q5r-1 3uar-1 5ywx-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#212 - 2017年8月グルタチオン転移酵素 (Glutathione Transferases) 類似性 (11) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (10)

登録構造単位

A: glutathione S-transferase

ヘテロ分子

22.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: glutathione S-transferase

ヘテロ分子

A: glutathione S-transferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
44.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.373, 58.373, 214.023
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-86- TYR
2	1	A-5418- HOH
3	1	A-5419- HOH

#1: タンパク質	glutathione S-transferase / E.C.2.5.1.18 分子量: 21731.760 Da / 分子数: 1 / 変異: C10A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Ochrobactrum anthropi (バクテリア) 遺伝子: gst / プラスミド: pBtac1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL1 Blue / 参照: UniProt: P81065, glutathione transferase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-GSH / GLUTATHIONE / グルタチオン分子量: 307.323 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₇N₃O₆S
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 215 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.19 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 2.0 M ammonium sulfate, 100 mM Tris-HCl, 200 mM Lithium sulfate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.934 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月19日
放射	モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.803→50.64 Å / Num. all: 20967 / Num. obs: 20967 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 66.6 % / B_iso Wilson estimate: 23.056 Å² / R_merge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 16
反射シェル	解像度: 1.803→1.86 Å / 冗長度: 8.2 % / R_merge(I) obs: 0.401 / Mean I/σ(I) obs: 3.51 / Num. unique all: 2032 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
FFT		モデル構築
REFMAC	5.1.24	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
FFT		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY 2NTO

2nto

解像度: 1.803→50.64 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.932 / SU B: 2.708 / SU ML: 0.085 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.136 / ESU R Free: 0.136 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24772	1074	5.1 %	RANDOM
R_work	0.19762	-	-	-
obs	0.20006	19866	99.87 %	-
all	-	20967	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.56 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.77 Å²	0.89 Å²	0 Å²
2-	-	1.77 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.66 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.803→50.64 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1534	0	30	215	1779

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.021	1597
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	1451
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.303	1.986	2166
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.807	3	3378
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.117	5	204
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.074	0.2	235
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	1800
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	315
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.227	0.2	393
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.25	0.2	1651
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.086	0.2	862
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.19	0.2	156
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.245	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.333	0.2	50
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.147	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.662	1.5	1003
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.093	2	1589
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.862	3	594
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.899	4.5	575

LS精密化シェル

解像度: 1.803→1.849 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.3	81
R_work	0.251	1413

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.9949	-0.3243	-1.8521	3.8743	3.5824	5.0722	0.0069	0.038	0.0118	0.0249	0.0401	-0.2377	0.1236	0.2915	-0.047	0.0945	0.013	-0.0382	0.1218	-0.0133	0.116	48.0354	14.3434	56.2189
2	3.789	1.5853	-0.2516	5.7433	-0.5455	3.296	0.1658	0.025	0.0217	-0.0026	-0.1206	0.0513	0.1544	0.2768	-0.0452	0.0274	0.037	-0.0105	0.0847	-0.0312	0.063	44.958	18.4372	48.8094
3	0.9194	0.0422	0.4519	1.2265	-1.2364	2.1319	-0.0032	-0.049	-0.0742	0.092	-0.0187	-0.1159	0.0411	0.0733	0.0219	0.1152	0.0043	-0.0155	0.1556	-0.0057	0.1533	50.2575	12.6205	59.9078
4	3.1827	-2.8936	-2.2069	2.4395	-3.3099	-1.4902	-0.0413	-0.4316	0.0093	0.191	0.0874	0.1738	0.1196	0.1731	-0.0461	0.12	-0.0227	-0.0479	0.1235	-0.0114	0.1457	45.2417	10.1302	67.7202
5	2.2304	-0.0915	1.1019	0.9675	0.2992	2.9057	-0.0267	-0.0975	0.0024	0.0115	-0.0298	0.0655	-0.0887	0.1275	0.0565	0.0542	-0.0052	-0.0332	0.0721	0.0064	0.0826	41.072	17.7341	62.8484
6	3.1445	3.8926	0.3323	8.5137	-0.2021	5.1637	0.0304	-0.0398	0.0471	0.1591	-0.0051	-0.1604	-0.0404	0.1086	-0.0254	0.0015	-0.0004	-0.0064	0.076	-0.0329	0.0444	37.8144	23.1721	54.0384
7	5.5845	0.1127	-4.8186	2.2149	-0.3314	5.0293	0.1174	0.1403	0.397	0.0147	-0.1566	0.0265	-0.0497	-0.1039	0.0392	0.0598	0.0082	0.0102	0.051	-0.0068	0.0736	35.7274	30.3291	47.0607
8	2.0818	-1.8272	0.1153	5.1428	-0.0061	0.9436	0.0511	0.0995	-0.0472	-0.0357	-0.0498	-0.0645	0.0964	0.0339	-0.0013	0.0547	-0.0107	0.001	0.0935	-0.0133	0.0562	31.0406	13.6103	46.9326
9	1.0732	-0.3367	0.4873	2.2355	-1.6047	2.0823	-0.0442	-0.0802	-0.0597	0.0919	0.1132	0.0025	0.0448	-0.0187	-0.069	0.1228	0.0049	0.0011	0.1013	-0.0382	0.0968	31.7499	-0.0838	43.0215
10	0.6358	0.4373	0.8236	0.9115	-1.2757	4.7103	-0.0207	0.3154	0.0099	-0.1412	0.0331	0.1678	-0.0914	0.1555	-0.0125	0.0822	0.0195	0.0157	0.0781	-0.0088	0.0915	33.817	21.7501	35.8896
11	1.0867	-1.9829	-0.2552	8.5028	0.4343	-0.18	0.2005	0.1298	-0.2109	-0.1529	-0.2844	0.1649	0.144	0.0311	0.0839	0.0815	0.0131	-0.0256	0.1098	-0.0227	0.0968	39.8648	10.1645	43.3629
12	0.5574	-2.571	-1.1752	4.9283	-1.5116	2.3114	-0.3187	-0.3307	0.0044	0.127	0.224	-0.2237	-0.2023	-0.1345	0.0947	0.1257	0.041	-0.0001	0.1192	-0.0396	0.121	38.3088	0.8142	35.0834
13	0.2844	0.2742	-0.2915	0.2193	0.0155	-0.7006	0.024	0.1454	-0.1431	-0.0004	0.0173	-0.1508	0.1307	0.2572	-0.0413	0.1453	0.0275	0.0111	0.1674	-0.0276	0.1388	46.1179	15.0444	38.7267

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 9	1 - 9
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	10 - 20	10 - 20
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	21 - 40	21 - 40
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	41 - 46	41 - 46
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	47 - 65	47 - 65
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	A	66 - 76	66 - 76
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	A	77 - 87	77 - 87
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	A	88 - 113	88 - 113
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	A	114 - 140	114 - 140
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	A	141 - 152	141 - 152
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	A	153 - 168	153 - 168
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	A	169 - 175	169 - 175
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	A	176 - 201	176 - 201

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