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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2pux | ||||||
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タイトル | Crystal structure of murine thrombin in complex with the extracellular fragment of murine PAR3 | ||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE / SERINE PROTEASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 proteinase-activated receptor activity / Common Pathway of Fibrin Clot Formation / Platelet Aggregation (Plug Formation) / Gamma-carboxylation of protein precursors / Transport of gamma-carboxylated protein precursors from the endoplasmic reticulum to the Golgi apparatus / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / Removal of aminoterminal propeptides from gamma-carboxylated proteins / thrombin-activated receptor signaling pathway / thrombin-activated receptor activity / Peptide ligand-binding receptors ...proteinase-activated receptor activity / Common Pathway of Fibrin Clot Formation / Platelet Aggregation (Plug Formation) / Gamma-carboxylation of protein precursors / Transport of gamma-carboxylated protein precursors from the endoplasmic reticulum to the Golgi apparatus / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / Removal of aminoterminal propeptides from gamma-carboxylated proteins / thrombin-activated receptor signaling pathway / thrombin-activated receptor activity / Peptide ligand-binding receptors / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / Regulation of Complement cascade / G alpha (q) signalling events / Cell surface interactions at the vascular wall / positive regulation of Rho protein signal transduction / cytolysis by host of symbiont cells / positive regulation of phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / thrombospondin receptor activity / thrombin / neutrophil-mediated killing of gram-negative bacterium / ligand-gated ion channel signaling pathway / negative regulation of astrocyte differentiation / positive regulation of collagen biosynthetic process / negative regulation of cytokine production involved in inflammatory response / positive regulation of blood coagulation / regulation of cytosolic calcium ion concentration / fibrinolysis / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / acute-phase response / G protein-coupled receptor activity / negative regulation of proteolysis / lipopolysaccharide binding / positive regulation of insulin secretion / platelet activation / positive regulation of protein localization to nucleus / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / blood coagulation / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / heparin binding / peptidase activity / regulation of cell shape / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of cell growth / regulation of gene expression / collagen-containing extracellular matrix / endopeptidase activity / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / cell surface receptor signaling pathway / receptor ligand activity / positive regulation of protein phosphorylation / G protein-coupled receptor signaling pathway / apical plasma membrane / external side of plasma membrane / serine-type endopeptidase activity / signaling receptor binding / calcium ion binding / positive regulation of cell population proliferation / protein-containing complex / proteolysis / extracellular space / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Bah, A. / Chen, Z. / Bush-Pelc, L.A. / Mathews, F.S. / Di Cera, E. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2007 タイトル: Crystal structures of murine thrombin in complex with the extracellular fragments of murine protease-activated receptors PAR3 and PAR4. 著者: Bah, A. / Chen, Z. / Bush-Pelc, L.A. / Mathews, F.S. / Di Cera, E. #1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004 タイトル: Molecular Dissection of Na+ Binding to Thrombin. 著者: Pineda, A.O. / Carrell, C.J. / Bush, L.A. / Prasad, S. / Caccia, S. / Chen, Z. / Mathews, F.S. / Di Cera, E. #2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007 タイトル: Structural Basis of Na+ Activation mimicry in murine. 著者: Marino, F. / Chen, Z. / Ergenekan, C.E. / Bush, L.A. / Mathews, F.S. / Di Cera, E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2pux.cif.gz | 85.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2pux.ent.gz | 62.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2pux.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2pux_validation.pdf.gz | 464.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2pux_full_validation.pdf.gz | 471.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2pux_validation.xml.gz | 18.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2pux_validation.cif.gz | 26.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pu/2pux ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pu/2pux | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a monomer. |
-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 5105.731 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: F2, Cf2 / Cell (発現宿主): kidney cells 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) 参照: UniProt: P19221 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 29952.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: F2, Cf2 / Cell (発現宿主): kidney cells 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) 参照: UniProt: P19221 |
#3: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1568.636 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: MIDWEST Biotech Inc. / 参照: UniProt: O08675 |
#4: 糖 | ChemComp-NAG / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
Has protein modification | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.99 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 20% PEG 10000, 100 mM HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 0.9 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年4月6日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→40 Å / Num. all: 28405 / Num. obs: 27610 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(F): -1 / Observed criterion σ(I): -1 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 5.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 10.6 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.306 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 2506 / % possible all: 88.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 1SHH 解像度: 2→27.08 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 187825.98 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 21.9 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→27.08 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.022 / Total num. of bins used: 6
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