PDB-2pus: Unprecedented activation mechanism of a non-canonical RNA-depende...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2pus

タイトル

Unprecedented activation mechanism of a non-canonical RNA-dependent RNA polymerase

要素

IBDV VP1 RNA-dependant RNA polymerase

キーワード

TRANSFERASE / RNA POLYMERASE MOTIFS

機能・相同性

機能・相同性情報

viral genome replication / virion component / RNA-directed RNA polymerase / RNA-dependent RNA polymerase activity / GTP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Infectious bursal disease virus (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散, Molec Replacement / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Garriga, D. / Navarro, A. / Querol-Audi, J. / Abaitua, F. / Rodriguez, J.F. / Verdaguer, N.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2007
タイトル: Activation mechanism of a noncanonical RNA-dependent RNA polymerase.
著者: Garriga, D. / Navarro, A. / Querol-Audi, J. / Abaitua, F. / Rodriguez, J.F. / Verdaguer, N.

履歴

登録	2007年5月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年11月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

Remark 999

sequence The sequence is not available in UniProt database at the time of processing.

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2pus.cif.gz	165.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2pus.ent.gz	127.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2pus.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2pus_validation.pdf.gz	435.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2pus_full_validation.pdf.gz	449.6 KB	表示
XML形式データ	2pus_validation.xml.gz	30.7 KB	表示
CIF形式データ	2pus_validation.cif.gz	43.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pu/2pus ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pu/2pus	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2r70C 2r72C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2pgg-d 2r72-d 6d8f-2 3zed-2 4paa-2 7did-d 5zba-d 6ldr-1 6d8a-1 6hk3-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: IBDV VP1 RNA-dependant RNA polymerase

94.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	123.171, 123.171, 362.216
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

#1: タンパク質	IBDV VP1 RNA-dependant RNA polymerase 分子量: 94651.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Infectious bursal disease virus (ウイルス) 属: Avibirnavirus / 株: Soroa / 遺伝子: locus Q82629_IBDV / プラスミド: pFBHTc_VP1 846-879 / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス) / 株 (発現宿主): HighFive cells (Invitrogen) / 参照: UniProt: Q9Q6Q5
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 268 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

IBDV VP1 RNA-dependant RNA polymerase

分子量: 94651.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Infectious bursal disease virus (ウイルス)
属: Avibirnavirus / 株: Soroa / 遺伝子: locus Q82629_IBDV / プラスミド: pFBHTc_VP1 846-879 / 発現宿主:

unidentified baculovirus (ウイルス) / 株 (発現宿主): HighFive cells (Invitrogen) / 参照: UniProt: Q9Q6Q5

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 268 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 70.83 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 10-12% PEG 3350, 0.3-0.5M LiNO3, pH 6.5 to 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	200	1
2	200	1
3	200	1
1,2,3		1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	ESRF	ID23-1	1	1.072
シンクロトロン	ESRF	BM16	2	1.8449, 1.6059
シンクロトロン	ESRF	BM16	3	1.776

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
MARMOSAIC 225 mm CCD	1	CCD	2005年5月1日
MAR CCD 165 mm	2	CCD	2005年11月4日
MAR CCD 165 mm	3	CCD	2005年11月4日

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	Si 111 CHANNEL	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	Si 111 CHANNEL	MAD	M	x-ray	1
3	Si 111 CHANNEL	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1.072	1
2	1.8449	1
3	1.6059	1
4	1.776	1

反射

解像度: 2.4→40 Å / Num. all: 67915 / Num. obs: 67444 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9 % / R_sym value: 0.09 / Net I/σ(I): 21.4

反射シェル

解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 2.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / R_sym value: 0.27 / % possible all: 81.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
ADSC	Quantum	データ収集
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SHARP	+ AMoRe	位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散, Molec Replacement
解像度: 2.4→19.89 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.915 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.894 / SU B: 15.005 / SU ML: 0.159 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.249 / ESU R Free: 0.212 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26258	3094	5 %	RANDOM
R_work	0.23401	-	-	-
obs	0.23544	58279	95.41 %	-
all	-	61373	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.717 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.01 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→19.89 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5917	0	0	268	6185

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.022	6055
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.922	1.978	8233
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.232	5	761
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.826	24.309	246
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.204	15	1017
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.326	15	33
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.058	0.2	919
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	4561
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.161	0.2	2797
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.291	0.2	4164
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.093	0.2	327
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.136	0.2	46
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.097	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.251	1.5	3933
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.455	2	6137
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.489	3	2460
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.842	4.5	2096
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.4→2.461 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.333	156	-
R_work	0.27	2931	-
obs	-	-	66.83 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -28.45 Å / Origin y: -38.31 Å / Origin z: 113.979 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	-0.0613 Å²	0.0707 Å²	0.1413 Å²	-	-0.2091 Å²	0.0959 Å²	-	-	-0.0825 Å²
L	1.198 °²	-0.6013 °²	-0.7241 °²	-	0.9524 °²	0.3213 °²	-	-	1.0617 °²
S	0.0828 Å °	-0.0108 Å °	0.0945 Å °	-0.201 Å °	-0.0302 Å °	-0.1662 Å °	-0.1305 Å °	0.078 Å °	-0.0526 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	27 - 804	34 - 811
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	B	846 - 1113	1 - 268

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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