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- PDB-2pr1: Crystal structure of the Bacillus subtilis N-acetyltransferase Yl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2pr1
タイトルCrystal structure of the Bacillus subtilis N-acetyltransferase YlbP protein in complex with Coenzyme-A
要素Uncharacterized N-acetyltransferase ylbP
キーワードTRANSFERASE / N-acetyltransferase / YibP protein / Coenzyme A / structural genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


N-acetyltransferase activity / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの
類似検索 - 分子機能
Putative N-acetyltransferase YlbP / Acetyltransferase (GNAT) family / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain / Acyl-CoA N-acyltransferase / Aminopeptidase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
sucrose / : / COENZYME A / Uncharacterized N-acetyltransferase YlbP
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Minasov, G. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Vorontsov, I.I. / Collart, F.R. / Joachimiak, A. / Anderson, W.F. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the Bacillus subtilis N-acetyltransferase YlbP protein in complex with Coenzyme-A.
著者: Minasov, G. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Vorontsov, I.I. / Collart, F.R. / Joachimiak, A. / Anderson, W.F.
履歴
登録2007年5月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.type / _struct_asym.entity_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年2月21日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 300 BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 ... BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 CHAIN(S). AUTHORS STATE THAT A DIMER WITH THE ASSEMBLY SHOWN IN REMARK 350 IS PROBABLY THE BIOLOGICAL UNIT OF THIS POLYPEPTIDE. SEE REMARK 350 FOR INFORMATION ON GENERATING THE BIOLOGICAL MOLECULE(S).

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized N-acetyltransferase ylbP
B: Uncharacterized N-acetyltransferase ylbP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,20410
ポリマ－38,6742
非ポリマー2,5308
水41423
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5410 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area16960 Å2
手法PISA
2
A: Uncharacterized N-acetyltransferase ylbP
B: Uncharacterized N-acetyltransferase ylbP
ヘテロ分子

A: Uncharacterized N-acetyltransferase ylbP
B: Uncharacterized N-acetyltransferase ylbP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,40720
ポリマ－77,3484
非ポリマー5,05916
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_555x,x-y,-z+1/21
Buried area12770 Å2
ΔGint-133 kcal/mol
Surface area31960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)148.572, 148.572, 102.290
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
詳細The biological assembly is a dimer generated from the peptide chains A and B of the asymmetric unit.

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 AB

#1: タンパク質 Uncharacterized N-acetyltransferase ylbP


分子量: 19337.018 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 株: 168 / 遺伝子: ylbP, BSU15100 / プラスミド: pMCSG7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: O34468, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの
#2: 多糖 beta-D-fructofuranose-(2-1)-alpha-D-glucopyranose / sucrose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: oligosaccharide with reducing-end-to-reducing-end glycosidic bond
参照: sucrose
記述子タイププログラム
DFrufb2-1DGlcpaGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[ha122h-2b_2-5][a2122h-1a_1-5]/1-2/a2-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Fruf]{[(2+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 4種, 29分子

#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-COA / COENZYME A / CoA


分子量: 767.534 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S
#5: 化合物 ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.8 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.01M Cobalt chloride, 0.25M Sodium chloride, 0.1M MES, 1.8M Ammonium sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.97931 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月2日 / 詳細: K-B pair biomorph mirrors
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→30 Å / Num. all: 11325 / Num. obs: 11325 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.116 / Net I/σ(I): 14.3
反射 シェル解像度: 3.2→3.31 Å / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.477 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Num. unique all: 1104 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
Blu-Iceデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.2→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.916 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.88 / SU B: 32.411 / SU ML: 0.292 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.437
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25462 1101 9.7 %RANDOM
Rwork0.21548 ---
obs0.21934 10209 98.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 76.773 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.63 Å20.82 Å20 Å2
2--1.63 Å20 Å2
3----2.45 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2541 0 154 23 2718
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0222761
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.562.0293735
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.7275299
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.89624.203138
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.08315493
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.4881517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1080.2373
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022029
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2170.21184
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3160.21895
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1490.2102
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2120.259
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1910.23
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7971.51545
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.30522422
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.08331395
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.5184.51313
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.28 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.298 81 -
Rwork0.249 731 -
obs-731 99.51 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
117.41482.79252.56826.37731.56911.7615-0.2007-0.052-1.1259-0.26610.09060.00290.84090.13170.1101-0.21430.04430.3359-0.16490.23880.1299122.736722.88197.6943
24.5068-0.82460.79772.55270.76355.5636-0.33390.2861-0.2024-0.5005-0.1421-0.0693-0.03170.44870.476-0.2967-0.00150.3219-0.17860.2476-0.0661124.16932.46718.3021
34.6196-1.19580.77766.35462.74214.4399-0.2756-0.425-0.4960.4825-0.0453-0.3850.45080.59380.3209-0.30850.15490.31060.02270.3995-0.0297128.761528.717319.0757
412.916-12.0737-3.785213.28524.60251.6758-0.3649-1.0697-1.17571.25130.10880.83260.2306-0.05420.2561-0.1783-0.0481-0.01080.09360.418-0.0798124.005736.995527.4286
542.8952-6.3115-5.964411.96423.31057.3178-0.4587-0.1648-1.58510.43530.0641-1.71830.1751.45480.3946-0.0978-0.01680.11710.21840.26870.0532131.584737.115426.8693
614.3591-8.31666.751312.4867-4.959514.9517-0.559-1.5809-0.67850.86970.6950.3201-0.0823-0.8748-0.136-0.35270.05410.0748-0.07810.2534-0.2506103.714744.622736.8293
78.1328-1.72333.07853.05341.76217.0931-0.2377-0.73750.37990.3879-0.2219-0.4874-0.95420.79850.4597-0.1640.0445-0.0117-0.27470.1972-0.2365109.632149.051930.9561
85.5002-0.124-0.27175.9937-2.42078.8187-0.14170.5917-0.2138-0.08750.0731-0.1359-0.1941-0.32430.0686-0.34690.14370.0784-0.3080.0408-0.4313101.008345.959522.6069
918.7457-0.0915-4.6860.23710.44231.9148-0.39530.9109-1.8736-0.2172-0.2509-0.48120.3766-0.28290.6462-0.11660.05190.0486-0.17610.1598-0.2028107.745341.248313.2162
1042.8856-25.3514-13.510633.52437.63794.26290.92551.75580.9792-2.4989-1.5389-0.0389-0.58710.38250.6134-0.1211-0.1127-0.0281-0.02840.1603-0.5901106.009147.294411.1407
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA1 - 224 - 25
2X-RAY DIFFRACTION2AA23 - 7526 - 78
3X-RAY DIFFRACTION3AA76 - 10879 - 111
4X-RAY DIFFRACTION4AA109 - 139112 - 142
5X-RAY DIFFRACTION5AA140 - 152143 - 155
6X-RAY DIFFRACTION6BB2 - 225 - 25
7X-RAY DIFFRACTION7BB23 - 7526 - 78
8X-RAY DIFFRACTION8BB76 - 10879 - 111
9X-RAY DIFFRACTION9BB109 - 139112 - 142
10X-RAY DIFFRACTION10BB140 - 150143 - 153

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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