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- PDB-2pqu: Crystal structure of KH1 domain of human PCBP2 complexed to singl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2pqu
タイトルCrystal structure of KH1 domain of human PCBP2 complexed to single-stranded 12-mer telomeric dna
要素
  • 12-mer C-rich strand of human telomeric DNA
  • Poly(rC)-binding protein 2
キーワードRNA AND DNA Binding protein/DNA / DNA Binding Protein-DNA complex / RNA AND DNA Binding protein-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


mRNA metabolic process / negative regulation of defense response to virus / promoter-enhancer loop anchoring activity / IRES-dependent viral translational initiation / chromatin looping / negative regulation of cGAS/STING signaling pathway / lncRNA binding / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / mRNA Splicing - Major Pathway / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling ...mRNA metabolic process / negative regulation of defense response to virus / promoter-enhancer loop anchoring activity / IRES-dependent viral translational initiation / chromatin looping / negative regulation of cGAS/STING signaling pathway / lncRNA binding / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / mRNA Splicing - Major Pathway / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / single-stranded DNA binding / defense response to virus / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / ribonucleoprotein complex / innate immune response / viral RNA genome replication / focal adhesion / mRNA binding / ubiquitin protein ligase binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / enzyme binding / RNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / nucleus / membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
K Homology domain, type 1 / KH domain / K Homology domain, type 1 / Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 / Type-1 KH domain profile. / K Homology domain, type 1 superfamily / K Homology domain / K homology RNA-binding domain / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Poly(rC)-binding protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.12 Å
データ登録者James, T.L. / Lee, J.
引用ジャーナル: Rna / 年: 2007
タイトル: X-ray crystallographic and NMR studies of protein-protein and protein-nucleic acid interactions involving the KH domains from human poly(C)-binding protein-2.
著者: Du, Z. / Lee, J.K. / Fenn, S. / Tjhen, R. / Stroud, R.M. / James, T.L.
履歴
登録2007年5月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42019年7月24日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.52024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: 12-mer C-rich strand of human telomeric DNA
G: 12-mer C-rich strand of human telomeric DNA
A: Poly(rC)-binding protein 2
B: Poly(rC)-binding protein 2
C: Poly(rC)-binding protein 2
D: Poly(rC)-binding protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,7676
ポリマ－39,7676
非ポリマー00
水2,396133
1
G: 12-mer C-rich strand of human telomeric DNA
A: Poly(rC)-binding protein 2
B: Poly(rC)-binding protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,8843
ポリマ－19,8843
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: 12-mer C-rich strand of human telomeric DNA
C: Poly(rC)-binding protein 2
D: Poly(rC)-binding protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,8843
ポリマ－19,8843
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)92.228, 58.606, 71.738
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: VAL / Beg label comp-ID: VAL / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 12 - 79 / Label seq-ID: 3 - 70

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AC
2BD
詳細The biological assembly is a dimer of KH1 domains. One biological dimer is present in the asymmetric unit. Two domains are monomers in the asymmetric unit and the biological assembly is generated by the two fold axis.

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要素

#1: DNA鎖 12-mer C-rich strand of human telomeric DNA


分子量: 3551.346 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: タンパク質
Poly(rC)-binding protein 2 / Alpha-CP2 / hnRNP-E2


分子量: 8166.099 Da / 分子数: 4 / Fragment: First KH domain of Human Poly(C)-Binding Protein / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PCBP2 / プラスミド: pet24a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q15366
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 133 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.71 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.1
詳細: 25% PEG 8000, 100 mM sodium acetate, 100 mM sodium cacodylate , pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 800011
2sodium acetate11
3sodium cacodylate11
4PEG 800012
5sodium acetate12
6sodium cacodylate12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 0.979594 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年6月28日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979594 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 6.2 % / Av σ(I) over netI: 13.9 / 数: 201168 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Χ2: 1.05 / D res high: 2.25 Å / D res low: 60 Å / Num. obs: 32413 / % possible obs: 89.8
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
5.156095.510.0411.0626.6
4.095.1598.610.0611.0566.6
3.574.0999.210.0841.0486.6
3.243.5799.410.1131.0186.6
3.013.2499.510.1440.9916.5
2.833.0199.610.1721.0596.3
2.692.8399.610.2331.0916
2.582.6999.610.2971.0895.8
2.482.5894.410.3381.1185.8
2.392.4877.410.3421.0695.6
2.322.3962.110.3941.0785.8
2.252.3253.210.4220.9735.7
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 22655 / % possible obs: 96.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.043 / Net I/σ(I): 18.5
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.413 / Mean I/σ(I) obs: 2.72 / % possible all: 66.3

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散
Phasing dm shell解像度: 3.5→60 Å / Delta phi final: 0.16 / FOM : 0.173 / 反射: 9254

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMACrefmac_5.2.0019精密化
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
CNS精密化
DENZOデータ削減
PDB_EXTRACT2データ抽出
Blu-Iceデータ収集
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.12→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 13.922 / SU ML: 0.18 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.239 / ESU R Free: 0.208 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26792 1156 5.1 %RANDOM
Rwork0.21506 ---
obs0.21772 21432 99.41 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 43.317 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.96 Å20 Å20 Å2
2---0.35 Å20 Å2
3---1.31 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.44 Å / Luzzati d res low obs: 5 Å / Luzzati sigma a obs: 0.32 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.12→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2149 470 0 133 2752
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0240.0222693
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2482.2183694
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.6795278
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg43.77224.28677
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.97915461
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg26.5891516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1380.2436
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.021752
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2230.21108
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3010.21766
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2130.2111
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3130.267
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2290.215
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.11921456
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.05232240
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.95421509
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.74631454
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 507 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
MEDIUM POSITIONAL0.80.5
MEDIUM THERMAL2.242
LS精密化 シェル解像度: 2.12→2.175 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.348 82 -
Rwork0.287 1516 -
obs--95.98 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.07630.33190.30863.6643-1.72195.68570.1590.5954-1.03210.0787-0.2434-0.0826-0.0484-0.02750.0844-0.16470.0387-0.0455-0.1924-0.1840.070650.6116.9229.929
27.1428-1.27910.10932.91140.48694.86280.149-0.5712-1.2926-0.06080.07960.3619-0.0174-0.1008-0.2285-0.1314-0.01970.0169-0.21320.12660.067944.62917.09426.873
37.25570.3271-1.16352.56790.15782.6775-0.0261-0.4320.34320.0157-0.1512-0.0831-0.19730.41850.1773-0.12110.0118-0.00340.04010.0423-0.141529.75110.392-15.807
49.5603-4.91997.09652.9488-3.74665.4853-0.1213-0.17360.9873-0.14150.3254-0.62450.27280.2273-0.2041-0.1015-0.0395-0.04270.0751-0.16950.115842.42916.141-9.482
58.8041.54436.72240.83280.49965.9549-0.22280.13051.09390.25720.15910.352-0.0236-0.29120.0637-0.05810.10170.027-0.02710.15020.140452.9415.11545.753
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A11 - 80
2X-RAY DIFFRACTION2B12 - 79
3X-RAY DIFFRACTION3C12 - 79
4X-RAY DIFFRACTION4E498 - 509
5X-RAY DIFFRACTION5G499 - 510

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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