PDB-2pqf: Human Poly(ADP-Ribose) Polymerase 12, Catalytic fragment in compl...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2pqf

タイトル

Human Poly(ADP-Ribose) Polymerase 12, Catalytic fragment in complex with an inhibitor 3-Aminobenzoic acid

要素

Poly [ADP-ribose] polymerase 12

キーワード

TRANSFERASE / ENZYME-INHIBITOR COMPLEX / CATALYTIC FRAGMENT / STRUCTURAL GENOMICS / STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM / SGC

機能・相同性

機能・相同性情報

NAD+-protein-cysteine ADP-ribosyltransferase activity / protein auto-ADP-ribosylation / NAD+-protein-aspartate ADP-ribosyltransferase activity / NAD+-protein mono-ADP-ribosyltransferase activity / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの / NAD+ poly-ADP-ribosyltransferase activity / nucleotidyltransferase activity / RNA binding / zinc ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Karlberg, T. / Lehtio, L. / Arrowsmith, C.H. / Berglund, H. / Busam, R.D. / Collins, R. / Dahlgren, L.G. / Edwards, A. / Flodin, S. / Flores, A. ...

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Structural Basis for Lack of ADP-ribosyltransferase Activity in Poly(ADP-ribose) Polymerase-13/Zinc Finger Antiviral Protein.
著者: Karlberg, T. / Klepsch, M. / Thorsell, A.G. / Andersson, C.D. / Linusson, A. / Schuler, H.

履歴

登録	2007年5月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年5月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2015年2月4日	Group: Database references
改定 1.4	2015年4月22日	Group: Database references
改定 1.5	2024年10月16日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb2pqf.ent.gz	197.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2pqf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2pqf_validation.pdf.gz	511.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2pqf_full_validation.pdf.gz	533 KB	表示
XML形式データ	2pqf_validation.xml.gz	53.7 KB	表示
CIF形式データ	2pqf_validation.cif.gz	67.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pq/2pqf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pq/2pqf	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2x5yC 3bljC 3geyC 4x52C C: 同じ文献を引用 (文献)
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リンク

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登録構造単位

A: Poly [ADP-ribose] polymerase 12

B: Poly [ADP-ribose] polymerase 12

C: Poly [ADP-ribose] polymerase 12

D: Poly [ADP-ribose] polymerase 12

E: Poly [ADP-ribose] polymerase 12

F: Poly [ADP-ribose] polymerase 12

ヘテロ分子

139 kDa, 6 ポリマー
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1

A: Poly [ADP-ribose] polymerase 12

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単位格子

Length a, b, c (Å)	206.590, 206.590, 84.730
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	79
Space group name H-M	I4

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
5	1	E
6	1	F

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLN / Beg label comp-ID: GLN / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Refine code: 5 / Auth seq-ID: 499 - 680 / Label seq-ID: 13 - 194

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B
3	C	C
4	D	D
5	E	E
6	F	F

詳細

The biological assembly is a monomer

#1: タンパク質	Poly [ADP-ribose] polymerase 12 / PARP-12 / Zinc finger CCCH domain-containing protein 1 分子量: 22823.986 Da / 分子数: 6 / 断片: catalytic fragment / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PARP12, ZC3HDC1 / プラスミド: pNIC-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)goldpRARE2 / 参照: UniProt: Q9H0J9, NAD+ ADP-ribosyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-GAB / 3-AMINOBENZOIC ACID / GABACULINE 分子量: 137.136 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₇NO₂
#3: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID 分子量: 192.124 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 318 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.72 %
結晶化	温度: 298 K / pH: 4.3 詳細: 9% PEG 6000, 100mM Na Citrate, 2% DMSO, pH 4.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K, pH 4.30

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.97982
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月14日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97982 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→20 Å / Num. obs: 90498 / % possible obs: 1 % / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.071 / R_sym value: 0.083 / Net I/σ(I): 12.8
反射シェル	解像度: 2.2→2.3 Å / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.432 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / R_sym value: 0.335 / % possible all: 99.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.3.0032	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
SOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.2→19.6 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.927 / SU B: 11.686 / SU ML: 0.15 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.19 / ESU R Free: 0.177 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2444	1810	2 %	RANDOM
R_work	0.19831	-	-	-
obs	0.19922	88683	100 %	-
all	-	88683	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 46.866 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→19.6 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8995	0	138	318	9451

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.022	9392
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	6313
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.585	1.917	12682
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.99	3	15184
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.909	5	1069
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.839	23.712	493
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.792	15	1457
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	24.309	15	48
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.134	0.2	1279
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	10452
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2179
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.303	0.15	1641
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.178	0.15	6011
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.197	0.5	4334
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.093	0.5	4728
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.212	0.3	615
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.033	0.3	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.541	0.15	20
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.208	0.15	46
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.229	0.3	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.969	1.5	5936
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.236	1.5	2220
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.253	2	8748
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.822	3	4503
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.604	4.5	3934
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	1020	medium positional	0.28	0.5
2	B	1020	medium positional	0.25	0
3	C	1020	medium positional	0.37	0
4	D	1020	medium positional	0.22	0
5	E	1020	medium positional	0.25	0
6	F	1020	medium positional	0.33	0
1	A	1349	loose positional	0.72	5
2	B	1349	loose positional	0.81	0
3	C	1349	loose positional	0.86	0
4	D	1349	loose positional	0.69	0
5	E	1349	loose positional	0.71	0
6	F	1349	loose positional	0.91	0
1	A	1020	medium thermal	0.81	2
2	B	1020	medium thermal	0.74	0
3	C	1020	medium thermal	1.06	0
4	D	1020	medium thermal	0.98	0
5	E	1020	medium thermal	0.77	0
6	F	1020	medium thermal	0.92	0
1	A	1349	loose thermal	0.78	10
2	B	1349	loose thermal	0.85	0.01
3	C	1349	loose thermal	1.07	0
4	D	1349	loose thermal	0.95	0
5	E	1349	loose thermal	0.8	0
6	F	1349	loose thermal	0.89	0

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.256 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.296	131	-
R_work	0.245	6455	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.2902	-2.0195	-0.8683	2.0585	-0.3827	2.556	0.2858	0.0741	0.2932	-0.0126	-0.1808	-0.2577	-0.4901	0.4024	-0.1049	-0.0276	-0.1688	-0.0118	0.0305	0.0678	-0.1402	95.85	52.429	-2.409
2	0.9437	0.1847	0.3634	0.7231	-0.4704	2.2561	-0.0105	0.0828	0.0024	-0.1202	0.0114	-0.0426	0.3289	0.1706	-0.0008	-0.0397	-0.081	-0.0058	-0.0212	-0.0068	-0.1838	89.685	38.376	2.802
3	1.8241	-0.1002	-0.2547	2.5492	-1.1359	1.733	-0.1078	0.0182	-0.1603	-0.0772	-0.024	0.0298	0.3768	0.0571	0.1319	-0.0012	-0.0441	0.0051	-0.0506	-0.0279	-0.1914	93.353	31.653	7.996
4	5.2346	3.5757	-0.6018	5.0567	0.2103	5.4507	-0.0672	0.2215	0.105	0.0583	-0.0276	0.0606	-0.2384	-0.5988	0.0949	-0.0904	0.1223	-0.0411	0.0867	-0.0556	-0.2009	97.064	51.678	44.131
5	1.8393	-0.1159	0.2453	0.7686	1.5337	3.1852	-0.0519	-0.1907	-0.1811	0.1106	0.0685	-0.0119	0.3695	-0.1033	-0.0166	-0.051	0.013	-0.0157	0.0415	0.0029	-0.1884	106.394	40.432	38.463
6	4.9505	-0.5954	-1.1707	5.4178	2.1216	4.9901	-0.1491	0.1804	-0.6576	-0.2649	-0.1327	-0.076	0.5682	-0.1315	0.2817	-0.0482	0.0165	-0.0069	0.0619	0.0672	-0.1429	104.83	32.28	32.873
7	5.3147	2.1548	2.7369	3.79	0.5361	4.4375	-0.0204	-0.1426	0.3585	-0.0388	-0.1313	0.044	-0.0024	-0.102	0.1516	-0.151	-0.0279	0.0168	-0.0884	-0.0012	-0.163	90.07	60.648	19.35
8	2.7455	0.3292	-0.729	1.3054	0.7364	1.4793	0.0168	-0.2686	0.0455	0.1572	0.0547	0.1156	0.0801	-0.0855	-0.0714	-0.0917	0.0275	-0.0036	-0.053	-0.0015	-0.0867	78.156	62.76	29.819
9	2.253	0.5589	-1.4165	1.0384	-0.341	2.3657	-0.0991	-0.2329	0.0275	0.1155	0.1686	0.0927	0.0838	-0.1694	-0.0696	-0.0988	0.0438	0.0069	0.0192	0.0622	-0.1177	72.097	56.336	34.238
10	2.5187	0.8164	-0.0511	1.6261	-1.8752	2.5384	0.0346	0.0392	0.2095	0.1428	0.0806	0.1604	-0.1939	-0.0682	-0.1152	-0.0087	-0.0973	-0.0188	-0.0523	0.0182	-0.1905	61.332	31.585	19.088
11	1.5902	0.6137	1.6148	3.1066	-1.6324	3.4126	0.1066	0.194	-0.0928	-0.2087	-0.0062	-0.1336	0.3696	0.2967	-0.1005	0.0417	-0.0869	-0.0194	-0.0179	-0.0182	-0.1916	67.004	17.682	24.144
12	5.3861	0.3645	0.9848	3.8687	0.2515	3.148	-0.0995	-0.2854	-0.533	0.228	0.2296	-0.3614	0.4676	0.3262	-0.1301	0.0058	-0.0159	0.0172	0.0193	-0.1154	-0.1559	74.438	15.603	28.948
13	2.3521	1.1615	-0.3744	4.6144	0.3479	2.5001	-0.1562	0.2195	0.1709	0.0694	0.1607	0.3294	0.1705	-0.4694	-0.0045	-0.0261	-0.1112	0.0464	-0.0193	-0.0159	-0.1828	61.408	32.502	64.354
14	1.5583	0.6453	-1.069	2.3225	0.752	3.8775	-0.0269	-0.1408	-0.047	0.2062	0.0002	-0.082	0.285	0.1949	0.0268	-0.0115	-0.0682	-0.0253	-0.0531	0.004	-0.2025	76.54	30.89	59.748
15	3.4305	-0.3186	-0.8766	4.9211	-0.508	2.0474	0.0499	0.0596	-0.1109	-0.3159	-0.2816	-0.5883	0.2895	0.2739	0.2317	0.0132	0.0008	-0.0226	-0.0362	0.0442	-0.152	81.121	24.197	54.473
16	2.6338	-0.8349	-0.0324	1.5881	-0.6988	2.009	0.0079	-0.1093	0.2753	0.1669	0.0369	-0.1116	0.0053	0.1113	-0.0447	-0.0696	-0.086	0.0346	-0.0912	-0.0599	-0.1019	108.387	68.467	24.068
17	4.1107	-0.1945	-1.4157	4.4848	-0.868	2.1728	0.0365	0.2484	0.3088	-0.0643	0.0881	-0.012	0.0516	0.3203	-0.1247	-0.0802	-0.0364	0.028	-0.0327	0.0338	-0.0287	120.218	65.976	13.936
18	2.2831	-0.5209	-1.2869	1.2908	0.9964	1.1468	-0.098	0.1842	0.1305	-0.0857	0.1524	0	0.0417	0.3883	-0.0544	-0.0218	0.026	-0.0211	0.0846	-0.0271	-0.152	122.985	58.087	8.439

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	496 - 530	10 - 44
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	531 - 624	45 - 138
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	625 - 681	139 - 195
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	495 - 530	9 - 44
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	B	531 - 624	45 - 138
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	B	625 - 680	139 - 194
7	X-RAY DIFFRACTION	7	C	C	496 - 530	10 - 44
8	X-RAY DIFFRACTION	8	C	C	531 - 624	45 - 138
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	C	625 - 680	139 - 194
10	X-RAY DIFFRACTION	10	D	D	496 - 530	10 - 44
11	X-RAY DIFFRACTION	11	D	D	531 - 624	45 - 138
12	X-RAY DIFFRACTION	12	D	D	625 - 681	139 - 195
13	X-RAY DIFFRACTION	13	E	E	496 - 530	10 - 44
14	X-RAY DIFFRACTION	14	E	E	531 - 624	45 - 138
15	X-RAY DIFFRACTION	15	E	E	625 - 680	139 - 194
16	X-RAY DIFFRACTION	16	F	F	496 - 530	10 - 44
17	X-RAY DIFFRACTION	17	F	F	531 - 624	45 - 138
18	X-RAY DIFFRACTION	18	F	F	625 - 680	139 - 194

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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