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- PDB-2pp1: Crystal structure of L-talarate/galactarate dehydratase from Salm... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2pp1
タイトルCrystal structure of L-talarate/galactarate dehydratase from Salmonella typhimurium LT2 liganded with Mg and L-lyxarohydroxamate
要素L-talarate/galactarate dehydratase
キーワードLYASE / Enolase superfamily / L-talarate/Galactarate Dehydratase
機能・相同性
機能・相同性情報


L-talarate dehydratase / L-altrarate catabolic process / L-altrarate dehydratase activity / galactarate dehydratase / galactarate catabolic process / galactarate dehydratase activity / amino acid catabolic process / hydro-lyase activity / carbohydrate catabolic process / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
L-talarate/galactarate dehydratase / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme family signature 2. / : / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, conserved site / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, C-terminal / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, C-terminal domain / Enolase C-terminal domain-like / Enolase C-terminal domain-like ...L-talarate/galactarate dehydratase / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme family signature 2. / : / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, conserved site / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, C-terminal / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, C-terminal domain / Enolase C-terminal domain-like / Enolase C-terminal domain-like / Enolase-like C-terminal domain / Enolase-like, N-terminal domain / Enolase-like, N-terminal / Enolase-like, C-terminal domain superfamily / Enolase-like; domain 1 / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-LLH / L-talarate/galactarate dehydratase
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Yew, W.S. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2007
タイトル: Evolution of enzymatic activities in the enolase superfamily: L-talarate/galactarate dehydratase from Salmonella typhimurium LT2.
著者: Yew, W.S. / Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Almo, S.C. / Gerlt, J.A.
履歴
登録2007年4月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年8月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: L-talarate/galactarate dehydratase
B: L-talarate/galactarate dehydratase
C: L-talarate/galactarate dehydratase
D: L-talarate/galactarate dehydratase
E: L-talarate/galactarate dehydratase
F: L-talarate/galactarate dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)265,71314
ポリマ－264,4936
非ポリマー1,2198
水10,647591
1
A: L-talarate/galactarate dehydratase
ヘテロ分子

A: L-talarate/galactarate dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,6036
ポリマ－88,1642
非ポリマー4394
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
Buried area7110 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area27370 Å2
手法PISA
2
B: L-talarate/galactarate dehydratase
ヘテロ分子

B: L-talarate/galactarate dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,6036
ポリマ－88,1642
非ポリマー4394
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_575-x,-y+2,z1
Buried area7120 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area27360 Å2
手法PISA
3
C: L-talarate/galactarate dehydratase
E: L-talarate/galactarate dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,5554
ポリマ－88,1642
非ポリマー3902
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6390 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area27430 Å2
手法PISA
4
D: L-talarate/galactarate dehydratase
F: L-talarate/galactarate dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,5554
ポリマ－88,1642
非ポリマー3902
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6380 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area27450 Å2
手法PISA
5
A: L-talarate/galactarate dehydratase
B: L-talarate/galactarate dehydratase
ヘテロ分子

A: L-talarate/galactarate dehydratase
B: L-talarate/galactarate dehydratase
ヘテロ分子

A: L-talarate/galactarate dehydratase
B: L-talarate/galactarate dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)265,81018
ポリマ－264,4936
非ポリマー1,31712
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_575-x,-y+2,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
Buried area46140 Å2
ΔGint-165 kcal/mol
Surface area91790 Å2
手法PISA
6
A: L-talarate/galactarate dehydratase
B: L-talarate/galactarate dehydratase
ヘテロ分子

A: L-talarate/galactarate dehydratase
B: L-talarate/galactarate dehydratase
ヘテロ分子

A: L-talarate/galactarate dehydratase
B: L-talarate/galactarate dehydratase
ヘテロ分子

A: L-talarate/galactarate dehydratase
B: L-talarate/galactarate dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)354,41324
ポリマ－352,6588
非ポリマー1,75516
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_575-x,-y+2,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation4_575x,-y+2,-z1
手法PQS
7
C: L-talarate/galactarate dehydratase
E: L-talarate/galactarate dehydratase
ヘテロ分子

C: L-talarate/galactarate dehydratase
E: L-talarate/galactarate dehydratase
ヘテロ分子

C: L-talarate/galactarate dehydratase
E: L-talarate/galactarate dehydratase
ヘテロ分子

C: L-talarate/galactarate dehydratase
E: L-talarate/galactarate dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)354,21916
ポリマ－352,6588
非ポリマー1,5618
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_465-x-1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_455-x-1,y,-z1
crystal symmetry operation4_565x,-y+1,-z1
手法PQS
8
D: L-talarate/galactarate dehydratase
F: L-talarate/galactarate dehydratase
ヘテロ分子

D: L-talarate/galactarate dehydratase
F: L-talarate/galactarate dehydratase
ヘテロ分子

D: L-talarate/galactarate dehydratase
F: L-talarate/galactarate dehydratase
ヘテロ分子

D: L-talarate/galactarate dehydratase
F: L-talarate/galactarate dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)354,21916
ポリマ－352,6588
非ポリマー1,5618
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_675-x+1,-y+2,z1
crystal symmetry operation3_656-x+1,y,-z+11
crystal symmetry operation4_576x,-y+2,-z+11
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)123.187, 173.826, 173.792
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number16
Space group name H-MP222
詳細The biological assembly is a dimer

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要素

#1: タンパク質
L-talarate/galactarate dehydratase


分子量: 44082.246 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8ZL58
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-LLH / (2R,3S,4R)-2,3,4-TRIHYDROXY-5-(HYDROXYAMINO)-5-OXOPENTANOIC ACID


分子量: 195.127 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H9NO7
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 591 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.02 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 2.0 M AmS, 0.1 M Hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月25日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→25 Å / Num. all: 163956 / Num. obs: 163956 / % possible obs: 86.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 21 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.069

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
ADSCQuantumデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2PP0

2pp0


解像度: 2.2→24.87 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 149033.7 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.237 8220 5 %RANDOM
Rwork0.223 ---
all0.223 163956 --
obs0.223 163956 86.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 40.9331 Å2 / ksol: 0.35932 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 36.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--12.84 Å20 Å20 Å2
2--2.24 Å20 Å2
3---10.6 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.31 Å0.29 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.29 Å0.27 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→24.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18386 0 80 591 19057
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.84
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.091.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.632
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.822
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.622.5
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.306 693 4.9 %
Rwork0.292 13340 -
obs--75.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION4LLH_par.txtLLH_top.txt
X-RAY DIFFRACTION5&_1_PARAMETER_INFILE_5&_1_TOPOLOGY_INFILE_5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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