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万見
- PDB-2pox: Dark state structure of the reversibly switchable fluorescent pro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2pox
タイトルDark state structure of the reversibly switchable fluorescent protein Dronpa
要素Fluorescent protein Dronpa
キーワードFLUORESCENT PROTEIN / Luminescent protein / reversibly switchable fluorescent protein / green-fluorescent protein-like protein
機能・相同性
機能・相同性情報


bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / identical protein binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Fluorescent protein Dronpa
類似検索 - 構成要素
生物種Echinophyllia sp. SC22 (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.946 Å
データ登録者Trowitzsch, S. / Weber, G. / Wahl, M.C.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2007
タイトル: Structural basis for reversible photoswitching in Dronpa
著者: Andresen, M. / Stiel, A.C. / Trowitzsch, S. / Weber, G. / Eggeling, C. / Wahl, M.C. / Hell, S.W. / Jakobs, S.
履歴
登録2007年4月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年7月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年9月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32020年4月15日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / reflns ...pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / reflns / reflns_shell / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs / _reflns_shell.Rmerge_I_obs ..._reflns.pdbx_Rmerge_I_obs / _reflns_shell.Rmerge_I_obs / _reflns_shell.number_unique_all / _reflns_shell.number_unique_obs / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年8月30日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fluorescent protein Dronpa
B: Fluorescent protein Dronpa
C: Fluorescent protein Dronpa
D: Fluorescent protein Dronpa


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,9884
ポリマ－116,9884
非ポリマー00
水16,448913
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)72.894, 107.504, 275.663
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-442-

HOH

詳細Biological assembly is the tetramer formed by chains A, B, C and D

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要素

#1: タンパク質
Fluorescent protein Dronpa


分子量: 29246.963 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Echinophyllia sp. SC22 (無脊椎動物)
遺伝子: Dronpa / プラスミド: pRSETb-Dronpa / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HMS174(DE3) / 参照: UniProt: Q5TLG6
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 913 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.68 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 22% PEG 3350, 140mM Mg(NO3)2, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年10月26日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.946→30 Å / Num. all: 79713 / Num. obs: 79474 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 0 Å2 / Rsym value: 0.098 / Net I/σ(I): 15.1
反射 シェル解像度: 1.946→2.06 Å / 冗長度: 7.5 % / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique obs: 11810 / Rsym value: 0.605 / % possible all: 98.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.2精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2IOV

2iov


解像度: 1.946→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 6.374 / SU ML: 0.099 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.155 / ESU R Free: 0.143 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21612 3984 5 %RANDOM
Rwork0.17407 ---
all0.17621 75697 --
obs0.17621 75485 99.72 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 4.144 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.11 Å20 Å20 Å2
2---0.51 Å20 Å2
3---0.62 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.946→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7024 0 0 913 7937
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0227776
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.491.95610572
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6835982
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.66724.74384
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.683151321
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.8081531
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.21054
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.026199
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2020.23551
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3040.25208
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1690.2819
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.20.246
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1450.242
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3711.54836
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.64527624
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.57933362
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.554.52948
LS精密化 シェル解像度: 1.946→1.997 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.297 272 -
Rwork0.214 5339 -
obs--96.26 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.0337-0.0236-0.29750.66250.19221.60620.00640.24260.0844-0.0961-0.00450.0738-0.0986-0.114-0.0020.0090.0179-0.03420.04650.0115-0.1476-10.55331.37219.046
20.9597-0.0055-0.1560.86360.18071.43150.0205-0.03870.0020.0633-0.05660.0236-0.0355-0.12480.0361-0.05990.00350.0063-0.0202-0.0138-0.1458-13.23919.54947.769
31.1571-0.02140.07980.95440.07061.40950.0280.224-0.0801-0.11080.0297-0.14590.06990.2187-0.0577-0.04340.0040.01170.0462-0.0171-0.094124.02916.54432.509
40.8671-0.04590.16040.80870.0131.5281-0.0522-0.02750.1649-0.03230.0109-0.0012-0.21760.03090.04130.0155-0.0208-0.0492-0.0276-0.0012-0.084515.37141.70348.434
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA-2 - 21831 - 249
2X-RAY DIFFRACTION2BB-2 - 21931 - 250
3X-RAY DIFFRACTION3CC1 - 21834 - 249
4X-RAY DIFFRACTION4DD2 - 21835 - 249

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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