PDB-2pot: tRNA guanine transglycosylase (TGT) E235Q mutant in complex with ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2pot

タイトル

tRNA guanine transglycosylase (TGT) E235Q mutant in complex with guanine

要素

Queuine tRNA-ribosyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / TGT / E235Q mutant / guanine

機能・相同性

機能・相同性情報

tRNA-guanosine34 preQ1 transglycosylase / tRNA wobble guanine modification / tRNA-guanosine(34) queuine transglycosylase activity / tRNA-guanine transglycosylation / queuosine biosynthetic process / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Zymomonas mobilis (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Tidten, N. / Heine, A. / Reuter, K. / Klebe, G.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Glutamate versus Glutamine Exchange Swaps Substrate Selectivity in tRNA-Guanine Transglycosylase: Insight into the Regulation of Substrate Selectivity by Kinetic and Crystallographic Studies.
著者: Tidten, N. / Stengl, B. / Heine, A. / Garcia, G.A. / Klebe, G. / Reuter, K.

履歴

登録	2007年4月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年10月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.2	2013年3月6日	Group: Other
改定 1.3	2013年4月24日	Group: Refinement description
改定 1.4	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif ...database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_sheet / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_sheet.number_strands / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2023年8月30日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

Remark 999

sequence There is a Thr -> Lys sequence conflict at residue 312 in the Uniprot database.

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2pot.cif.gz	85.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2pot.ent.gz	62.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2pot.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2pot_validation.pdf.gz	455.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2pot_full_validation.pdf.gz	465.3 KB	表示
XML形式データ	2pot_validation.xml.gz	17.1 KB	表示
CIF形式データ	2pot_validation.cif.gz	23.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/po/2pot ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/po/2pot	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2okoC 2pwuC 2pwvC 2qiiC 2z1vC 2z1wC 2z1xC 1p0bS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4ghr-1 4hvx-1 3eou-1 5egr-1 4q4p-1 6fpu-1 1q65-1 6ygl-1 3s1g-1 3bl3-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#130 - 2010年10月リボスイッチ (Riboswitches) 類似性 (1) #145 - 2012年1月伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Queuine tRNA-ribosyltransferase

ヘテロ分子

43.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Queuine tRNA-ribosyltransferase

ヘテロ分子

A: Queuine tRNA-ribosyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
87.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	89.144, 63.692, 71.101
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 92.87, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Queuine tRNA-ribosyltransferase / tRNA-guanine transglycosylase / Guanine insertion enzyme 分子量: 42924.719 Da / 分子数: 1 / 変異: E235Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zymomonas mobilis (バクテリア) / 遺伝子: tgt / プラスミド: pET9d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) pLysS 参照: UniProt: P28720, tRNA-guanosine34 preQ1 transglycosylase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-GUN / GUANINE / グアニン分子量: 151.126 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₅N₅O
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 86 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.6 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 113 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54178 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年1月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 90611 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 2.5 % / R_sym value: 0.038 / Net I/σ(I): 21

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
CrystalClear	データ収集
CNS	精密化
SHELXL-97	精密化
HKL-2000	データ削減
HKL-2000	データスケーリング
CNS	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 1P0B

1p0b

解像度: 1.8→50 Å

	R_factor	反射数	Selection details
R_free	0.2858	-	random
R_work	0.2187	-	-
obs	0.2187	90611	-
all	-	90611	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2688	0	54	86	2828

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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