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万見
- PDB-2pom: TAB1 with manganese ion -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2pom
タイトルTAB1 with manganese ion
要素Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 7-interacting protein 1
キーワードSIGNALING PROTEIN/METAL BINDING PROTEIN / pp2c-like domain / SIGNALING PROTEIN-METAL BINDING PROTEIN COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


cardiac septum development / positive regulation of cGAS/STING signaling pathway / coronary vasculature development / non-canonical NF-kappaB signal transduction / aorta development / mitogen-activated protein kinase p38 binding / protein serine/threonine phosphatase activity / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex / Alpha-protein kinase 1 signaling pathway / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex upon TLR7/8 or 9 stimulation ...cardiac septum development / positive regulation of cGAS/STING signaling pathway / coronary vasculature development / non-canonical NF-kappaB signal transduction / aorta development / mitogen-activated protein kinase p38 binding / protein serine/threonine phosphatase activity / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex / Alpha-protein kinase 1 signaling pathway / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / TICAM1,TRAF6-dependent induction of TAK1 complex / heart morphogenesis / TRAF6-mediated induction of TAK1 complex within TLR4 complex / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / lung development / protein serine/threonine kinase activator activity / NOD1/2 Signaling Pathway / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / CLEC7A (Dectin-1) signaling / FCERI mediated NF-kB activation / Interleukin-1 signaling / molecular adaptor activity / in utero embryonic development / endosome membrane / Ub-specific processing proteases / positive regulation of MAPK cascade / endoplasmic reticulum membrane / protein-containing complex binding / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / endoplasmic reticulum / signal transduction / protein-containing complex / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
PPM-type phosphatase domain / Phosphatase 2c; domain 1 / Protein phosphatase 2C / Protein phosphatase 2C family / Serine/threonine phosphatases, family 2C, catalytic domain / PPM-type phosphatase domain profile. / PPM-type phosphatase-like domain / PPM-type phosphatase-like domain superfamily / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / TGF-beta-activated kinase 1 and MAP3K7-binding protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.27 Å
データ登録者Lin, S.C.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2007
タイトル: XIAP Induces NF-kappaB Activation via the BIR1/TAB1 Interaction and BIR1 Dimerization.
著者: Lu, M. / Lin, S.C. / Huang, Y. / Kang, Y.J. / Rich, R. / Lo, Y.C. / Myszka, D. / Han, J. / Wu, H.
履歴
登録2007年4月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年7月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 7-interacting protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,8422
ポリマ－40,7871
非ポリマー551
水27015
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)141.618, 141.618, 66.153
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number150
Space group name H-MP321
詳細The biological assembly is a monomer.

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要素

#1: タンパク質 Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 7-interacting protein 1 / TGF-beta-activated kinase 1-binding protein 1 / TAK1-binding protein 1


分子量: 40786.797 Da / 分子数: 1 / 断片: N-TERMINAL PP2C-LIKE DOMAIN, RESIDUES 1-370 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAP3K7IP1, TAB1 / プラスミド: pGEX-4T3 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli K12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / 参照: UniProt: Q15750
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.89 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1.5M Li2SO4, 0.1M Hepes, 1mM MnCl2, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 213 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97919 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2006年3月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97919 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.22→50 Å / Num. obs: 35865 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.069 / Χ2: 1.159 / Net I/σ(I): 13.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.22-2.263.60.45913120.91171
2.26-2.33.80.40714500.7976.9
2.3-2.344.20.39814900.71880.7
2.34-2.394.40.38816390.70886.7
2.39-2.444.80.34517430.71193
2.44-2.55.10.34717950.65397.3
2.5-2.565.60.31618940.71299.5
2.56-2.636.30.27718560.73299.9
2.63-2.716.70.27718750.76100
2.71-2.870.2318630.757100
2.8-2.97.10.16819070.84100
2.9-3.017.10.13118760.91999.9
3.01-3.157.20.10818891.09699.9
3.15-3.327.20.08618851.293100
3.32-3.527.20.07218881.55999.9
3.52-3.87.20.06218881.623100
3.8-4.187.10.05818911.82100
4.18-4.7870.04819191.69699.6
4.78-6.026.80.04319251.67599.9
6.02-506.50.03718801.77993.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: The TAB1 model solved by ourselves, but Not deposited yet

解像度: 2.27→50 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.233 2593 7.3 %random
Rwork0.211 ---
obs-32075 90.3 %-
溶媒の処理Bsol: 44.339 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 56.886 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.398 Å2-7.776 Å20 Å2
2---7.398 Å20 Å2
3---14.796 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.27→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2736 0 1 15 2752
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkRefine-IDNum. reflection obs
2.27-2.370.442190.397X-RAY DIFFRACTION2867
2.37-2.50.3562820.326X-RAY DIFFRACTION3465
2.5-2.650.3133440.269X-RAY DIFFRACTION3993
2.65-2.860.2643280.245X-RAY DIFFRACTION4135
2.86-3.150.2813730.243X-RAY DIFFRACTION4299
3.15-3.60.2573670.226X-RAY DIFFRACTION4388
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:ion.param
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:water_rep.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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