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- PDB-2plh: STRUCTURE OF ALPHA-1-PUROTHIONIN AT ROOM TEMPERATURE AND 2.8 ANGS... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2plh
タイトルSTRUCTURE OF ALPHA-1-PUROTHIONIN AT ROOM TEMPERATURE AND 2.8 ANGSTROMS RESOLUTION
要素ALPHA-1-PUROTHIONIN
キーワードTOXIN / MEMBRANE ACTIVE / DISULFIDE RICH
機能・相同性
機能・相同性情報


defense response / toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Thionin-like / Thionin / Thionin-like superfamily / Plant thionin / Plant thionins signature. / Crambin / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / PHOSPHATE ION / 2-BUTANOL / Alpha-1-purothionin
類似検索 - 構成要素
生物種Triticum aestivum (コムギ)
手法X線回折 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Teeter, M.M. / Stec, B. / Rao, U.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1995
タイトル: Refinement of purothionins reveals solute particles important for lattice formation and toxicity. Part 1: alpha1-purothionin revisited.
著者: Rao, U. / Stec, B. / Teeter, M.M.
#1: ジャーナル: Proteins / 年: 1990
タイトル: Crystal Structure of a Protein-Toxin Alpha1-Purothionin at 2.5 Angstroms and a Comparison with Predicted Models
著者: Teeter, M.M. / Ma, X.-Q. / Rao, U. / Whitlow, M.
履歴
登録1993年7月9日処理サイト: BNL
改定 1.01996年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ALPHA-1-PUROTHIONIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,4409
ポリマ－4,8361
非ポリマー6058
水1,946108
1
A: ALPHA-1-PUROTHIONIN
ヘテロ分子

A: ALPHA-1-PUROTHIONIN
ヘテロ分子

A: ALPHA-1-PUROTHIONIN
ヘテロ分子

A: ALPHA-1-PUROTHIONIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,76236
ポリマ－19,3434
非ポリマー2,41832
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)53.590, 53.590, 69.790
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-85-

ACT

21A-85-

ACT

31A-116-

PO4

41A-123-

ACT

51A-123-

ACT

61A-59-

HOH

71A-78-

HOH

81A-105-

HOH

91A-108-

HOH

101A-117-

HOH

111A-119-

HOH

121A-138-

HOH

131A-142-

HOH

141A-171-

HOH

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要素

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タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質・ペプチド ALPHA-1-PUROTHIONIN


分子量: 4835.840 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: SOLUTE MOLECULES NOT ADDED TO THE / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 組織: GRAIN / 参照: UniProt: P01544

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非ポリマー , 5種, 116分子

#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物 ChemComp-SBT / 2-BUTANOL


分子量: 74.122 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 108 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.5 %
解説: AREA DETECTOR AND DIFFRACTOMETER DATA SETS WERE MERGED
結晶化
*PLUS
pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
1180 mg/mlprotein1drop
275 mMsodium cacodylate1drop
315 %(v/v)sec-butanol1drop
48 %(v/v)sec-butanol1reservoir
590 mMsodium cacodylate1reservoir
620 %(v/v)sat1reservoirMgCl2

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データ収集

放射光源波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: CRAD, P21 / 日付: 1989年1月1日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→10 Å / Num. obs: 2106 / % possible obs: 61.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.123
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.123

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DTP(MIT)データ収集
PROLSQ精密化
DTPデータ削減
精密化解像度: 2.5→10 Å / σ(F): 2 /
Rfactor反射数
obs0.155 1168
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数330 0 39 108 477
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0120.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0260.03
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0280.04
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it0.532
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it0.862.5
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it0.6033
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it0.9112
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0050.015
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1120.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.0950.1
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.0740.1
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd0.0790.1
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor13
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor18.118
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor9.520
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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