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- PDB-2pkq: Crystal structure of the photosynthetic A2B2-glyceraldehyde-3-pho... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2pkq
タイトルCrystal structure of the photosynthetic A2B2-glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, complexed with NADP
要素
  • Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase A
  • Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase B
キーワードOXIDOREDUCTASE / Rossmann fold / protein-NADP complex
機能・相同性
機能・相同性情報


glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NADP+) (phosphorylating) / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NADP+) (phosphorylating) activity / reductive pentose-phosphate cycle / chloroplast / glucose metabolic process / NAD binding / NADP binding
類似検索 - 分子機能
Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, type I / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, active site / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase active site. / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD(P) binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, catalytic domain / Glyceraldehyde/Erythrose phosphate dehydrogenase family / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, C-terminal domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 ...Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, type I / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, active site / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase active site. / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD(P) binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, catalytic domain / Glyceraldehyde/Erythrose phosphate dehydrogenase family / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, C-terminal domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-NDP / Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase B, chloroplastic / Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase A, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Fermani, S. / Falini, G. / Ripamonti, A.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2007
タイトル: Molecular mechanism of thioredoxin regulation in photosynthetic A2B2-glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase.
著者: Fermani, S. / Sparla, F. / Falini, G. / Martelli, P.L. / Casadio, R. / Pupillo, P. / Ripamonti, A. / Trost, P.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: Coenzyme Site-directed Mutants of Photosynthetic A4-GAPDH Show Selectively Reduced NADPH-dependent Catalysis, Similar to Regulatory AB-GAPDH Inhibited by Oxidized Thioredoxin
著者: Sparla, F. / Fermani, S. / Falini, G. / Zaffagnini, M. / Ripamonti, A. / Sabatino, P. / Pupillo, P. / Trost, P.
#2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2003
タイトル: Dual Coenzyme Specificity of Photosynthetic Glyceraldehyde-3-phosphate Dehydrogenase Interpreted by the Crystal Structure of A4 Isoform Complexed with NAD
著者: Falini, G. / Fermani, S. / Ripamonti, A. / Sabatino, P. / Sparla, F. / Pupillo, P. / Trost, P.
#3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001
タイトル: Crystal structure of the non-regulatory A4 isoform of spinach chloroplast glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase complexed with NADP.
著者: Fermani, S. / Ripamonti, A. / Sabatino, P. / Zanotti, G. / Scagliarini, S. / Sparla, F. / Trost, P. / Pupillo, P.
履歴
登録2007年4月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32014年11月12日Group: Structure summary
改定 1.42017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.52023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999SEQUENCE Database reference was not available at the time of processing.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
O: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase B
P: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase A
Q: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase B
R: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase A
S: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase A
T: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)232,89527
ポリマ－226,9816
非ポリマー5,91321
水00
1
O: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase B
P: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase A
Q: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase B
R: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)155,16717
ポリマ－151,3214
非ポリマー3,84613
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area20860 Å2
ΔGint-259 kcal/mol
Surface area46110 Å2
手法PISA, PQS
2
S: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase A
T: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase B
ヘテロ分子

S: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase A
T: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)155,45520
ポリマ－151,3214
非ポリマー4,13416
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)186.147, 215.687, 81.469
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.52, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase B / NADP-dependent glyceraldehydephosphate dehydrogenase subunit B


分子量: 39403.957 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: chloroplasts (leaves) / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
参照: UniProt: P12860, glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NADP+) (phosphorylating)
#2: タンパク質 Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase A / NADP-dependent glyceraldehydephosphate dehydrogenase subunit A


分子量: 36256.391 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: chloroplasts (leaves) / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
参照: UniProt: P19866, glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NADP+) (phosphorylating)
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.01 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 2.0-2.5 M ammonium sulfate, 0.1 M potassium phosphate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
31001
1,2,31
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンESRF ID14-210.933
シンクロトロンESRF ID14-220.933
シンクロトロンELETTRA 5.2R31
検出器
タイプID検出器日付詳細
ADSC QUANTUM 41CCD2003年5月3日mirrors
ADSC QUANTUM 42CCD2003年5月3日mirrors
MAR CCD 165 mm3CCD2003年10月18日mirrors
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Diamond (111), Ge(220)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Diamond (111), Ge(220)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
3Silicon (111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9331
211
反射解像度: 3.6→91 Å / Num. all: 36736 / Num. obs: 36699 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 13.4 % / Biso Wilson estimate: 15.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.359 / Rsym value: 0.359 / Net I/σ(I): 4.5
反射 シェル解像度: 3.6→3.73 Å / Rmerge(I) obs: 0.694 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique all: 3647 / Rsym value: 0.694 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
MAR345データ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1RM4

1rm4


解像度: 3.6→90.86 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 5783074.97 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.292 1802 5 %RANDOM
Rwork0.261 ---
obs0.261 36271 99.9 %-
all-36736 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 33.336 Å2 / ksol: 0.344771 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 30.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.13 Å20 Å2-10.38 Å2
2--7 Å20 Å2
3----13.12 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.56 Å0.48 Å
Luzzati d res low-8 Å
Luzzati sigma a0.65 Å0.58 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.6→90.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15477 0 363 0 15840
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.9
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d5.21
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.111.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.982
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.252
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.132.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: CONSTR
LS精密化 シェル解像度: 3.6→3.83 Å / Rfactor Rfree error: 0.021 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.352 286 4.8 %
Rwork0.324 5675 -
obs-5961 99.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2ndp.paramndp.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramion.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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