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- PDB-2phh: THE COENZYME ANALOGUE ADENOSINE 5-DIPHOSPHORIBOSE DISPLACES FAD I... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2phh
タイトルTHE COENZYME ANALOGUE ADENOSINE 5-DIPHOSPHORIBOSE DISPLACES FAD IN THE ACTIVE SITE OF P-HYDROXYBENZOATE HYDROXYLASE. AN X-RAY CRYSTALLOGRAPHIC INVESTIGATION
要素P-HYDROXYBENZOATE HYDROXYLASE
キーワードOXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase (NADPH) activity / 4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase / 4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase activity / benzoate catabolic process via hydroxylation / FAD binding / flavin adenine dinucleotide binding
類似検索 - 分子機能
4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase / : / D-Amino Acid Oxidase, subunit A, domain 2 / D-Amino Acid Oxidase; Chain A, domain 2 / FAD-binding domain / FAD binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily ...4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase / : / D-Amino Acid Oxidase, subunit A, domain 2 / D-Amino Acid Oxidase; Chain A, domain 2 / FAD-binding domain / FAD binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE / P-HYDROXYBENZOIC ACID / p-hydroxybenzoate hydroxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas fluorescens (蛍光菌)
手法X線回折 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Van Derlaan, J.M. / Drenth, J. / Hol, W.G.J.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1989
タイトル: The coenzyme analogue adenosine 5-diphosphoribose displaces FAD in the active site of p-hydroxybenzoate hydroxylase. An x-ray crystallographic investigation.
著者: van der Laan, J.M. / Schreuder, H.A. / Swarte, M.B. / Wierenga, R.K. / Kalk, K.H. / Hol, W.G. / Drenth, J.
#1: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1989
タイトル: The Influence of Purification and Protein Heterogeneity on the Crystallization of P-Hydroxybenzoate Hydroxylase
著者: Van Derlaan, J.M. / Swarte, M.B.A. / Groendijk, H. / Hol, W.G.J. / Drenth, J.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1989
タイトル: Crystal Structure of the P-Hydroxylase-Substrate Complex Refined at 1.9 Angstroms Resolution
著者: Schreuder, H.A. / Prick, P.A.J. / Wierenga, R.K. / Vriend, G. / Wilson, K.S. / Hol, W.G.J. / Drenth, J.
#3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1988
タイトル: Crystal Structure of P-Hydroxybenzoate Hydroxylas Complexed with its Reaction Product 3,4-Dihydroxybenzoate
著者: Schreuder, H.A. / Van Derlaan, J.M. / Hol, W.G.J. / Drenth, J.
#4: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1983
タイトル: P-Hydroxybenzoate Hydroxylase from Pseudomonas Fluorescens. 1. Completion of the Elucidation of the Primary Structure
著者: Hofsteenge, J. / Weijer, W.J. / Jekel, P.A. / Beintema, J.J.
#5: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1983
タイトル: P-Hydroxybenzoate Hydroxylase from Pseudomonas Fluorescens. 2. Fitting of the Amino-Acid Sequence to the Tertiary Structure
著者: Weijer, W.J. / Hofsteenge, J. / Beintema, J.J. / Wierenga, R.K. / Drenth, J.
#6: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1983
タイトル: Comparison of the Three-Dimensional Protein and Nucleotide Structure of the Fad-Binding Domain of P-Hydroxybenzoate Hydroxylase with the Fad-as Well as Nadph-Binding Domains of Glutathione Reductase
著者: Wierenga, R.K. / Drenth, J. / Schulz, G.E.
#7: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1980
タイトル: Primary and Tertiary Structure Studies of P-Hydroxybenzoate Hydroxylase from Pseudomonas Fluorescens. Isolation and Alignment of the Cnbr Peptides. Interactions of the Protein with ...タイトル: Primary and Tertiary Structure Studies of P-Hydroxybenzoate Hydroxylase from Pseudomonas Fluorescens. Isolation and Alignment of the Cnbr Peptides. Interactions of the Protein with Flavin Adenine Dinucleotide
著者: Hofsteenge, J. / Vereijken, J.M. / Weijer, W.J. / Beintema, J.J. / Wierenga, R.K. / Drenth, J.
#8: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1980
タイトル: The Amino-Acid Sequence of the Three Smallest Cnbr Peptides from P-Hydroxybenzoate Hydroxylase from Pseudomonas Florescens
著者: Vereijken, J.M. / Hofsteenge, J. / Bak, H.J. / Beintema, J.J.
#9: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1979
タイトル: Crystal Structure of P-Hydroxybenzoate Hydroxylase
著者: Wierenga, R.K. / Dejong, R.J. / Kalk, K.H. / Hol, W.G.J. / Drenth, J.
#10: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1975
タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Investigation of P-Hydrobenzoate Hydroxylase from Pseudomonas Fluorescens
著者: Drenth, J. / Hol, W.G.J. / Wierenga, R.K.
履歴
登録1989年6月19日処理サイト: BNL
改定 1.01990年10月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: P-HYDROXYBENZOATE HYDROXYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,0783
ポリマ－44,3811
非ポリマー6972
水1,02757
1
A: P-HYDROXYBENZOATE HYDROXYLASE
ヘテロ分子

A: P-HYDROXYBENZOATE HYDROXYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,1566
ポリマ－88,7612
非ポリマー1,3954
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_566x,-y+1,-z+11
Buried area5470 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area31210 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)71.700, 146.400, 89.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Atom site foot note1: RESIDUE 275 IS A CIS-PROLINE.

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要素

#1: タンパク質 P-HYDROXYBENZOATE HYDROXYLASE


分子量: 44380.574 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas fluorescens (蛍光菌) / 参照: UniProt: P00438, 4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase
#2: 化合物 ChemComp-APR / ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 559.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H23N5O14P2
#3: 化合物 ChemComp-PHB / P-HYDROXYBENZOIC ACID / 4-ヒドロキシ安息香酸


分子量: 138.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H6O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.34 %
結晶化
*PLUS
pH: 7.5 / 手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
17.2 mg/mlenzyme 11
2100 mMpotasssium phosphate11
31 mMenzyme complex(pOHB)11
40.02 mMFAD11
50.15 mMEDTA11
60.10 mMGSH11
760 mMadenosine 5-diphosphoribose11
870 %satammonium sulfate12
9100 mMpotassium phisphate12
101 mMpOHB12
110.02 mMFAD12
120.15 mMEDTA12
130.10 mMGSH12
141.0 M12Na2S2O4

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データ収集

反射
*PLUS
最高解像度: 2.7 Å / Num. obs: 9857 / % possible obs: 70 % / Num. measured all: 19604 / Rmerge(I) obs: 0.066

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解析

ソフトウェア名称: PROLSQ / 分類: 精密化
精密化Rfactor obs: 0.168 / 最高解像度: 2.7 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 2.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3098 0 46 57 3201
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0150.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0350.03
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0370.04
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it2.8674
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it3.9574
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it6.7496
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it8.7739
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0110.02
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1750.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1710.2
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.1940.2
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd0.1860.2
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.7 Å / 最低解像度: 6 Å / Rfactor obs: 0.168 / Num. reflection obs: 8836
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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