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万見
- PDB-2ph4: Crystal structure of a novel Arg49 phospholipase A2 homologue fro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ph4
タイトルCrystal structure of a novel Arg49 phospholipase A2 homologue from Zhaoermia mangshanensis venom
要素Zhaoermiatoxin
キーワードTOXIN / snake venom / arg49 / phospholipase A2 / myotoxin
機能・相同性
機能・相同性情報


calcium-dependent phospholipase A2 activity / arachidonate secretion / lipid catabolic process / phospholipid metabolic process / negative regulation of T cell proliferation / phospholipid binding / toxin activity / calcium ion binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Phospholipase A2, aspartic acid active site / Phospholipase A2 aspartic acid active site. / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2, histidine active site / Phospholipase A2 histidine active site. / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 domain ...Phospholipase A2, aspartic acid active site / Phospholipase A2 aspartic acid active site. / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2, histidine active site / Phospholipase A2 histidine active site. / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Basic phospholipase A2 homolog zhaoermiatoxin
類似検索 - 構成要素
生物種Zhaoermia mangshanensis (ヘビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Murakami, M.T. / Kuch, U. / Mebs, D. / Arni, R.K.
引用ジャーナル: Toxicon / 年: 2008
タイトル: Crystal structure of a novel myotoxic Arg49 phospholipase A(2) homolog (zhaoermiatoxin) from Zhaoermia mangshanensis snake venom: Insights into Arg49 coordination and the role of Lys122 ...タイトル: Crystal structure of a novel myotoxic Arg49 phospholipase A(2) homolog (zhaoermiatoxin) from Zhaoermia mangshanensis snake venom: Insights into Arg49 coordination and the role of Lys122 in the polarization of the C-terminus.
著者: Murakami, M.T. / Kuch, U. / Betzel, C. / Mebs, D. / Arni, R.K.
履歴
登録2007年4月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 999sequence THE SEQUENCE IS NUMBERED BASED ON THE BOVINE PANCREATIC PHOSPHOLIPASE A2. SO, NOT ...sequence THE SEQUENCE IS NUMBERED BASED ON THE BOVINE PANCREATIC PHOSPHOLIPASE A2. SO, NOT SEQUENTIAL NUMBERS INDICATE DELETIONS AND INSERTIONS REGIONS IN COMPARISON WITH BOVINE PANCREATIC PLA2.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Zhaoermiatoxin
B: Zhaoermiatoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,7139
ポリマ－28,0212
非ポリマー6937
水4,234235
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2870 Å2
ΔGint-81 kcal/mol
Surface area12610 Å2
手法PISA
2
A: Zhaoermiatoxin
B: Zhaoermiatoxin
ヘテロ分子

A: Zhaoermiatoxin
B: Zhaoermiatoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,42718
ポリマ－56,0424
非ポリマー1,38514
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_455-x-1,-y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)72.933, 72.933, 93.938
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number172
Space group name H-MP64
詳細The biological assembly is the dimer found in the asymmetric unit.

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要素

#1: タンパク質 Zhaoermiatoxin / Phospholipase A2 homolog


分子量: 14010.464 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Zhaoermia mangshanensis (ヘビ) / Secretion: venom / 参照: UniProt: P84776
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 235 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.19 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: polyethylene glycol 8,000; ammonium sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: D03B-MX1 / 波長: 1.427 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.427 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→23.87 Å / Num. obs: 17731 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 12.5 % / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 33.4
反射 シェル解像度: 2.05→2.12 Å / 冗長度: 9.5 % / Rmerge(I) obs: 0.33 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MAR345dtbデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1Y4L

1y4l


解像度: 2.05→23.87 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.883 / SU B: 5.84 / SU ML: 0.16 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.25 / ESU R Free: 0.229 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2886 1800 10.2 %RANDOM
Rwork0.20942 ---
obs0.21729 15931 99.51 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.077 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.98 Å20.49 Å20 Å2
2--0.98 Å20 Å2
3----1.47 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→23.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1940 0 39 235 2214
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.0222030
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2231.9982727
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg13.6765242
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.52123.33384
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.20215389
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.451514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1380.2279
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.021466
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2450.21339
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3280.21404
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2230.2267
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2340.293
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3090.221
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1271.51248
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.82921948
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.0683907
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.1634.5778
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.103 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.356 150 -
Rwork0.239 1173 -
obs--99.77 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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