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- PDB-2pgn: The crystal structure of FAD and ThDP-dependent Cyclohexane-1,2-d... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2pgn
タイトルThe crystal structure of FAD and ThDP-dependent Cyclohexane-1,2-dione Hydrolase in Complex with Cyclohexane-1,2-dione
要素Cyclohexane-1,2-dione Hydrolase (Cdh)
キーワードHYDROLASE / Three alpha/beta domains
機能・相同性Thiamin diphosphate (ThDP)-binding fold, Pyr/PP domains / TPP-binding domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / CYCLOHEXANE-1,2-DIONE / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / THIAMINE DIPHOSPHATE
機能・相同性情報
生物種Azoarcus sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / known crystal structure / 解像度: 1.2 Å
データ登録者Fraas, S. / Warkentin, E. / Ermler, U.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of FAD and ThDP-dependent Cyclohexane-1,2-dione Hydrolase in Complex with Cyclohexane-1,2-dione
著者: Fraas, S. / Steinbach, A.K. / Warkentin, E. / Kroneck, P.M.H. / Ermler, U.
履歴
登録2007年4月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年4月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.22017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999sequence The sequence is not available in UniProt database at the time of processing.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cyclohexane-1,2-dione Hydrolase (Cdh)
B: Cyclohexane-1,2-dione Hydrolase (Cdh)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,96119
ポリマ－126,7262
非ポリマー5,23617
水22,8431268
1
A: Cyclohexane-1,2-dione Hydrolase (Cdh)
B: Cyclohexane-1,2-dione Hydrolase (Cdh)
ヘテロ分子

A: Cyclohexane-1,2-dione Hydrolase (Cdh)
B: Cyclohexane-1,2-dione Hydrolase (Cdh)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)263,92338
ポリマ－253,4524
非ポリマー10,47134
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z+1/21
Buried area50500 Å2
ΔGint-175 kcal/mol
Surface area64100 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)123.600, 123.600, 144.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2037-

HOH

21B-846-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Cyclohexane-1,2-dione Hydrolase (Cdh)


分子量: 63362.930 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Azoarcus sp. (バクテリア) / 株: 22Lin

-
非ポリマー , 6種, 1285分子

#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル


分子量: 282.331 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O7 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#5: 化合物 ChemComp-TPP / THIAMINE DIPHOSPHATE / 3-[(4-アミノ-2-メチル-5-ピリミジニル)メチル]-4-メチル-5-[2-(ホスホノオキシホスフィナトオキシ)(以下略)


分子量: 425.314 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H19N4O7P2S
#6: 化合物 ChemComp-CXO / CYCLOHEXANE-1,2-DIONE / 1,2-シクロヘキサンジオン


分子量: 112.127 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1268 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.48 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 23% PEG 400, 0.01M sodium acetate, 3mM HEPES, 0.5mM ThDP, 0.5mM NAD, 0.1M NaCl. Crystal soaked in 47% PEG 400, 0.02M sodium acetate, 5mM 1,2 cyclohexanedione, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING ...詳細: 23% PEG 400, 0.01M sodium acetate, 3mM HEPES, 0.5mM ThDP, 0.5mM NAD, 0.1M NaCl. Crystal soaked in 47% PEG 400, 0.02M sodium acetate, 5mM 1,2 cyclohexanedione, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年3月3日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.1→40 Å / Num. all: 388867 / Num. obs: 379045 / % possible obs: 84.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 12.26 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 13.58
反射 シェル解像度: 1.1→1.2 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.487 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. measured obs: 187829 / Num. unique all: 50802 / % possible all: 49.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
HKL-2000データ収集
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: known crystal structure / 解像度: 1.2→10 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.978 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.97 / SU B: 1.52 / SU ML: 0.03 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.04 / ESU R Free: 0.04 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.176 16593 5 %RANDOM
Rwork0.149 ---
all0.15 333858 --
obs0.15 333858 97.17 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 12.78 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.75 Å20 Å20 Å2
2--0.75 Å20 Å2
3----1.49 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.2→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8886 0 290 1268 10444
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0229702
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.028927
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0521.97913163
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.391320764
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.73651188
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.85923.598428
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.719151557
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.8221573
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1280.21436
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0210697
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021946
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2220.21772
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1920.28504
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1710.24438
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0840.24879
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.250.2753
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3170.266
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3090.2257
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2120.256
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9951.57581
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.7661.52435
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.39429498
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.23534492
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.0054.53659
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.139310987
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free8.3773366
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded5.47738582
LS精密化 シェル解像度: 1.2→1.231 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.318 1019 -
Rwork0.302 19282 -
obs-20301 81.63 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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