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- PDB-2pfk: THE CRYSTAL STRUCTURE OF UNLIGANDED PHOSPHOFRUCTOKINASE FROM ESCH... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2pfk
タイトルTHE CRYSTAL STRUCTURE OF UNLIGANDED PHOSPHOFRUCTOKINASE FROM ESCHERICHIA COLI
要素6-PHOSPHOFRUCTOKINASE ISOZYME I
キーワードTRANSFERASE(PHOSPHOTRANSFERASE)
機能・相同性
機能・相同性情報


6-phosphofructokinase complex / 6-phosphofructokinase / ribonucleotide binding / 6-phosphofructokinase activity / fructose-6-phosphate binding / glucose catabolic process / fructose 1,6-bisphosphate metabolic process / fructose 6-phosphate metabolic process / canonical glycolysis / glycolytic process ...6-phosphofructokinase complex / 6-phosphofructokinase / ribonucleotide binding / 6-phosphofructokinase activity / fructose-6-phosphate binding / glucose catabolic process / fructose 1,6-bisphosphate metabolic process / fructose 6-phosphate metabolic process / canonical glycolysis / glycolytic process / GDP binding / protein homotetramerization / magnesium ion binding / ATP binding / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
ATP-dependent 6-phosphofructokinase, prokaryotic-type / ATP-dependent 6-phosphofructokinase, prokaryotic / Phosphofructokinase domain / Phosphofructokinase, conserved site / Phosphofructokinase signature. / Phosphofructokinase domain / ATP-dependent 6-phosphofructokinase / Phosphofructokinase superfamily / Phosphofructokinase / Rossmann fold - #450 ...ATP-dependent 6-phosphofructokinase, prokaryotic-type / ATP-dependent 6-phosphofructokinase, prokaryotic / Phosphofructokinase domain / Phosphofructokinase, conserved site / Phosphofructokinase signature. / Phosphofructokinase domain / ATP-dependent 6-phosphofructokinase / Phosphofructokinase superfamily / Phosphofructokinase / Rossmann fold - #450 / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / ATP-dependent 6-phosphofructokinase isozyme 1
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Rypniewski, W.R. / Evans, P.R.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1989
タイトル: Crystal structure of unliganded phosphofructokinase from Escherichia coli.
著者: Rypniewski, W.R. / Evans, P.R.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1988
タイトル: Crystal Structure of the Complex of Phosphofructokinase from Escherichia Coli with its Reaction Products
著者: Shirakihara, Y. / Evans, P.R.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1986
タイトル: Crystallographic Structure of Allosterically Inhibited Phosphofructokinase at 7 Angstroms Resolution
著者: Evans, P.R. / Farrants, G.W. / Lawrence, M.C.
#3: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1985
タイトル: Nucleotide Sequence and High-Level Expression of the Major Escherichia Coli Phosphofructokinase
著者: Hellinga, H.W. / Evans, P.R.
#4: ジャーナル: Philos.Trans.R.Soc.London,Ser.B / 年: 1981
タイトル: Phosphofructokinase. Structure and Control
著者: Evans, P.R. / Farrants, G.W. / Hudson, P.J.
#5: ジャーナル: Nature / 年: 1979
タイトル: Structure and Control of Phosphofructokinase from Bacillus Stearothermophilus
著者: Evans, P.R. / Hudson, P.J.
#6: ジャーナル: Proc.FEBS Meet. / 年: 1978
タイトル: The Three-Dimensional Structure of Phosphofructokinase from Bacillus Stearothermophilus
著者: Evans, P.R. / Hudson, P.J.
履歴
登録1988年1月25日処理サイト: BNL
改定 1.01989年1月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 2.02018年6月6日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: atom_site / entity_src_gen ...atom_site / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_oper_list
Item: _atom_site.occupancy / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id ..._atom_site.occupancy / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
改定 2.12024年2月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 285THE ENTRY COORDINATES ARE NOT PRESENTED IN THE STANDARD CRYSTAL FRAME.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 6-PHOSPHOFRUCTOKINASE ISOZYME I
B: 6-PHOSPHOFRUCTOKINASE ISOZYME I
C: 6-PHOSPHOFRUCTOKINASE ISOZYME I
D: 6-PHOSPHOFRUCTOKINASE ISOZYME I


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)139,5404
ポリマ－139,5404
非ポリマー00
水6,251347
1
A: 6-PHOSPHOFRUCTOKINASE ISOZYME I
B: 6-PHOSPHOFRUCTOKINASE ISOZYME I


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,7702
ポリマ－69,7702
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: 6-PHOSPHOFRUCTOKINASE ISOZYME I
D: 6-PHOSPHOFRUCTOKINASE ISOZYME I


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,7702
ポリマ－69,7702
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)177.000, 66.400, 154.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 118.80, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC1211
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-365-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.04158, 0.99914), (-1), (0.99914, 0.04158)-61.70351, 0.02603, 59.18931
2given(-0.99891, -0.04666), (-1), (-0.04666, 0.99891)80.09368, 41.78273, 1.86952
3given(0.70531, -0.7089), (1), (0.7089, 0.70531)81.24258, 20.87835, 68.07738

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要素

#1: タンパク質
6-PHOSPHOFRUCTOKINASE ISOZYME I


分子量: 34885.047 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: PIR: KIECFA, UniProt: P0A796*PLUS, 6-phosphofructokinase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 347 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.7 %
結晶化
*PLUS
手法: batch method / PH range low: 7.9 / PH range high: 7.7
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110 mg/mlenzyme11
214 %(w/v)PEG600011
31.0 M11NaCl
450 mMTris-HCl11

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データ収集

反射
*PLUS
最高解像度: 2.4 Å / Num. obs: 59481 / Num. measured all: 388304 / Rmerge(I) obs: 0.057
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 2.6 Å

-
解析

ソフトウェア名称: PROLSQ / 分類: 精密化
精密化解像度: 2.4→100 Å / Rfactor obs: 0.166
詳細: THE SPACE GROUP HAS BEEN CONSIDERED AS C 21, I.E. C 2 WITH THE ORIGIN ON A 21 AXIS. THIS IS THE SAME AS P 21 PLUS THE C-CENTERING. THE COORDINATES IN THIS ENTRY ARE IN THE A*, B, C ORTHOGONAL ...詳細: THE SPACE GROUP HAS BEEN CONSIDERED AS C 21, I.E. C 2 WITH THE ORIGIN ON A 21 AXIS. THIS IS THE SAME AS P 21 PLUS THE C-CENTERING. THE COORDINATES IN THIS ENTRY ARE IN THE A*, B, C ORTHOGONAL COORDINATE FRAME. THE CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY OPERATIONS ARE (X, Y, Z), (-X, 1/2+Y, -Z), (1/2+X, 1/2+Y, Z), AND (1/2-X, Y, -Z). THE ASYMMETRIC UNIT CONTAINS TWO HALF-TETRAMERS, I. E. THERE ARE TWO DIFFERENT SORTS OF TETRAMERS WHICH SIT ON DIFFERENT CRYSTALLOGRAPHIC DYAD AXES, AT (-1/4, 0, 0) AND (1/4, 0, 1/2). THUS THERE ARE FOUR DIFFERENT SUBUNITS IN THE UNIT CELL. THESE SUBUNITS HAVE BEEN ASSIGNED CHAIN IDENTIFIERS A, B, C, AND D. SUBUNITS A AND B ARE RELATED BY A PSEUDO-DYAD. THE TRANSFORMATION PRESENTED ON THE *MTRIX 1* RECORDS BELOW WILL YIELD COORDINATES FOR CHAIN B WHEN APPLIED TO CHAIN A AND VICE VERSA. SUBUNITS C AND D ARE RELATED BY A PSEUDO-DYAD. THE TRANSFORMATION PRESENTED ON THE *MTRIX 2* RECORDS BELOW WILL YIELD COORDINATES FOR CHAIN D WHEN APPLIED TO CHAIN C AND VICE VERSA. TO GENERATE A TETRAMER FROM SUBUNITS A AND B ONE MUST APPLY THE FOLLOWING CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY OPERATION TO THE COORDINATES PRESENTED BELOW FOR CHAINS A AND B - -1.0 0.0 0.0 -77.53963 0.0 1.0 0.0 0.0 0.0 0.0 -1.0 42.68050 TO GENERATE A TETRAMER FROM SUBUNITS C AND D ONE MUST APPLY THE FOLLOWING CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY OPERATION TO THE COORDINATES PRESENTED BELOW FOR CHAINS C AND D - -1.0 0.0 0.0 77.53963 0.0 1.0 0.0 0.0 0.0 0.0 -1.0 111.28951 THE TETRAMER FORMED FROM SUBUNITS A AND B IS CENTERED AT (-1/4, 0, 0) AND THE TETRAMER FORMED FROM SUBUNITS C AND D IS CENTERED AT (1/4, 20.89/66.4, 1/2). THE SUBUNITS ARE ALL SIMILAR IN CONFORMATION. THE TRANSFORMATION PRESENTED ON THE *MTRIX 3* RECORDS BELOW WILL YIELD COORDINATES FOR CHAIN C WHEN APPLIED TO CHAIN A. ALL OTHER TRANSFORMATIONS BETWEEN CHAINS CAN BE GENERATED FROM THE GIVEN TRANSFORMATIONS.
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→100 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9024 0 0 347 9371
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.042
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: PROLSQ / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.166
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal targetDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.04
X-RAY DIFFRACTIONp_dihedral_angle_d32
X-RAY DIFFRACTIONp_dihedral_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.050.049
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.020.01
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.150.15
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it33.14
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it34.06
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it55
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it56.59

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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