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- PDB-2pf1: STRUCTURE OF BOVINE PROTHROMBIN FRAGMENT 1 REFINED AT 2.25 ANGSTR... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2pf1
タイトルSTRUCTURE OF BOVINE PROTHROMBIN FRAGMENT 1 REFINED AT 2.25 ANGSTROMS RESOLUTION
要素PROTHROMBIN FRAGMENT 1
キーワードHYDROLASE(SERINE PROTEINASE)
機能・相同性
機能・相同性情報


fibrinogen binding / thrombin / protein polymerization / positive regulation of blood coagulation / acute-phase response / platelet activation / : / serine-type endopeptidase activity / calcium ion binding / proteolysis / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Plasminogen Kringle 4 / Plasminogen Kringle 4 / Prothrombin/thrombin / Thrombin light chain / Thrombin light chain domain superfamily / : / Thrombin light chain / Kringle domain / Kringle / Kringle, conserved site ...Plasminogen Kringle 4 / Plasminogen Kringle 4 / Prothrombin/thrombin / Thrombin light chain / Thrombin light chain domain superfamily / : / Thrombin light chain / Kringle domain / Kringle / Kringle, conserved site / Kringle superfamily / Kringle domain signature. / Kringle domain profile. / Kringle domain / Vitamin K-dependent carboxylation/gamma-carboxyglutamic (GLA) domain / Gamma-carboxyglutamic acid-rich (GLA) domain / Gamma-carboxyglutamic acid-rich (GLA) domain superfamily / Vitamin K-dependent carboxylation domain. / Gla domain profile. / Domain containing Gla (gamma-carboxyglutamate) residues. / Kringle-like fold / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Seshadri, T.P. / Tulinsky, A. / Skrzypczak-Jankun, E. / Park, C.H.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1991
タイトル: Structure of bovine prothrombin fragment 1 refined at 2.25 A resolution.
著者: Seshadri, T.P. / Tulinsky, A. / Skrzypczak-Jankun, E. / Park, C.H.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1988
タイトル: Structure of Prothrombin Fragment 1 Refined at 2.8 Angstroms Resolution
著者: Tulinsky, A. / Park, C.H. / Skrzypczak-Jankun, E.
#2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1986
タイトル: Three-Dimensional Structure of the Kringle Sequence: Structure of Prothrombin Fragment 1
著者: Park, C.H. / Tulinsky, A.
履歴
登録1992年9月17日処理サイト: BNL
改定 1.01994年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42025年3月26日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTHROMBIN FRAGMENT 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,0251
ポリマ－18,0251
非ポリマー00
水2,954164
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)77.620, 77.620, 85.210
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Atom site foot note1: RESIDUE PRO 95 IS A CIS PROLINE.

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要素

#1: タンパク質 PROTHROMBIN FRAGMENT 1


分子量: 18024.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00735
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 164 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.43 %
結晶化
*PLUS
pH: 6.7 / 手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
132 %(w/v)PEG40011
20.1 Msodium phosphate11

-
データ収集

反射
*PLUS
最高解像度: 2.25 Å / Num. all: 10599 / Num. obs: 8365 / % possible obs: 76 % / Observed criterion σ(F): 3

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解析

ソフトウェア名称: PROLSQ / 分類: 精密化
精密化解像度: 2.8→5 Å / Rfactor obs: 0.175 / σ(F): 0
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数947 0 0 164 1111
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.020.014
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.040.053
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.050.054
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it10.59
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it1.51.07
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it10.79
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it1.51.12
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.020.011
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.150.207
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.50.28
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.50.38
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd0.50.32
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor31.9
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor1527.8
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor2027.3
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: PROLSQ / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.25 Å / 最低解像度: 5 Å / Num. reflection all: 6364 / σ(F): 0 / Rfactor all: 0.175
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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