PDB-2pc0: Apo Wild-type HIV Protease in the open conformation

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2pc0

タイトル

Apo Wild-type HIV Protease in the open conformation

要素

Protease

キーワード

HYDROLASE / HIV protease

機能・相同性

機能・相同性情報

aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能

生物種

Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Heaslet, H. / Rosenfeld, R. / Giffin, M.J. / Elder, J.H. / McRee, D.E. / Stout, C.D.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2007
タイトル: Conformational flexibility in the flap domains of ligand-free HIV protease.
著者: Heaslet, H. / Rosenfeld, R. / Giffin, M. / Lin, Y.C. / Tam, K. / Torbett, B.E. / Elder, J.H. / McRee, D.E. / Stout, C.D.

履歴

登録	2007年3月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年6月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.4	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2023年8月30日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2pc0.cif.gz	60.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2pc0.ent.gz	43.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2pc0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2pc0_validation.pdf.gz	427.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2pc0_full_validation.pdf.gz	427.8 KB	表示
XML形式データ	2pc0_validation.xml.gz	7.5 KB	表示
CIF形式データ	2pc0_validation.cif.gz	9.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pc/2pc0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pc/2pc0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2hb2C 2hb4C 2az8S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3gga-2 3ou3-d 3ixo-d 2g69-1 3u71-1 3oqa-1 5b18-2 3gga-3 2r8n-1 4npt-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Protease

ヘテロ分子

10.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Protease

ヘテロ分子

A: Protease

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
21.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.416, 46.416, 101.370
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	Protease 分子量: 10831.833 Da / 分子数: 1 / 変異: Q7K / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 属: Lentivirus / 株: BH10 / 遺伝子: pol / プラスミド: pLys S / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21.DE 参照: UniProt: A3FH86, UniProt: Q903N5*PLUS, HIV-1 retropepsin
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-PGR / R-1,2-PROPANEDIOL / (R)-1,2-プロパンジオ-ル分子量: 76.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 112 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.17 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.2 詳細: 0.2 M Magnesium chloride, 20% w/v PEG 3350, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 103 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL1-5 / 波長: 0.979
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年2月1日詳細: Double-crystal monochromator, 1m long Rh coated bent cylindrical mirror for horizontal and vertical focusing
放射	モノクロメーター: Double crystal, parallel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.4→20.8 Å / Num. all: 27866 / Num. obs: 22409 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.2 % / R_sym value: 0.057 / Net I/σ(I): 16.5
反射シェル	解像度: 1.4→1.44 Å / 冗長度: 6.4 % / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 1588 / R_sym value: 0.522 / % possible all: 98

-
位相決定

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	20.76 Å
Translation	2.5 Å	20.76 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
Blu-Ice		データ収集
MOSFLM		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 2AZ8

2az8

解像度: 1.4→20.8 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.971 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.961 / SU B: 1.871 / SU ML: 0.034 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.06 / ESU R Free: 0.057 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.186	1165	5.2 %	RANDOM
R_work	0.153	-	-	-
obs	0.155	22398	98.68 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.554 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.3 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.3 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.6 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.4→20.8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	760	0	6	112	878

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.022	868
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0	0.02	860
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.196	1.995	1189
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.593	3	2007
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.325	5	117
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	43.646	24.483	29
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	9.025	15	165
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.353	15	5
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.39	0.2	142
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	974
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	157
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.296	0.2	116
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.202	0.2	837
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.166	0.2	432
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.086	0.2	518
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.158	0.2	54
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.216	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.317	0.2	89
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.107	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.151	1.5	720
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.61	1.5	227
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.672	2	907
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.752	3	361
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.026	4.5	282

LS精密化シェル

解像度: 1.4→1.436 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.243	82	-
R_work	0.209	1502	-
obs	-	1584	97.54 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 3.066 Å / Origin y: 4.6361 Å / Origin z: -11.3929 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	-0.0169 Å²	0.0168 Å²	-0.0052 Å²	-	0.0011 Å²	0.0036 Å²	-	-	-0.0262 Å²
L	0.2187 °²	0.1052 °²	-0.1084 °²	-	0.2088 °²	-0.2261 °²	-	-	0.6463 °²
S	-0.0351 Å °	-0.0004 Å °	-0.0038 Å °	-0.0032 Å °	0.0249 Å °	-0.0077 Å °	0.0672 Å °	0.096 Å °	0.0102 Å °

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Refine TLS-ID: 1 / Selection: ALL / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1001 - 1021	1 - 21
2	1022 - 1040	22 - 40
3	1041 - 1055	41 - 55
4	1056 - 1079	56 - 79
5	1080 - 1099	80 - 99

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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