- PDB-2pbe: Crystal structure of an aminoglycoside 6-adenyltransferase from B... -
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基本情報
登録情報
データベース: PDB / ID: 2pbe
タイトル
Crystal structure of an aminoglycoside 6-adenyltransferase from Bacillus subtilis
要素
Aminoglycoside 6-adenylyltransferase
キーワード
TRANSFERASE / 10154a / NYSGXRC / Aminoglycoside 6-adenyltransferase / PSI-2 / Structural Genomics / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics
モノクロメーター: Si(III) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射
解像度: 2.65→50 Å / Num. all: 12063 / Num. obs: 12063 / % possible obs: 91.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 20.4 % / Biso Wilson estimate: 23.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.117 / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル
解像度: 2.65→2.74 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.278 / Mean I/σ(I) obs: 5.1 / Num. unique all: 653 / % possible all: 50.9
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解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
CNS
1.1
精密化
CBASS
データ収集
HKL-2000
データ削減
HKL-2000
データスケーリング
SHELX
位相決定
SHARP
位相決定
精密化
構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.65→35.63 Å / Rfactor Rfree error: 0.015 / Data cutoff high absF: 45802.79 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: Residues listed as missing in Remark 465 are due to lack of electron density. Residues with missing atoms listed in Remark 470 are due to lack of electron density for side chains and modeled as alanines.