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万見
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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2paj
タイトルCrystal structure of an amidohydrolase from an environmental sample of Sargasso sea
要素putative cytosine/guanine deaminase
キーワードHYDROLASE / NYSGXRC / 9339a / PSI-II / amidohydrolase / Sargasso sea / environmental sample / Structural Genomics / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #140 / Urease, subunit C; domain 1 / Urease, subunit C, domain 1 / Metal-dependent hydrolases / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Roll / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Up-down Bundle / Mainly Beta ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #140 / Urease, subunit C; domain 1 / Urease, subunit C, domain 1 / Metal-dependent hydrolases / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Roll / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Up-down Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種unidentified (未定義)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Agarwal, R. / Burley, S.K. / Swaminathan, S. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2010
タイトル: Discovery and structure determination of the orphan enzyme isoxanthopterin deaminase.
著者: Hall, R.S. / Agarwal, R. / Hitchcock, D. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Swaminathan, S. / Raushel, F.M.
履歴
登録2007年3月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32021年2月3日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 300 BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 ... BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 CHAIN(S). AUTHORS STATE THAT THE BIOLOGICAL UNIT OF THIS PROTEIN IS A MONOMER. SEE REMARK 350 FOR INFORMATION ON GENERATING THE BIOLOGICAL MOLECULE(S). THE ANALYSIS OF PROTEIN INTERFACES PREDICTS THAT THE BIOLOGICAL UNIT COULD HAVE THE FOLLOWING DIMERIC ASSEMBLY: CHAIN A (X,Y,Z (1_555); Y,X,-Z (4_555)).

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: putative cytosine/guanine deaminase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,0922
ポリマ－53,0271
非ポリマー651
水1,53185
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: putative cytosine/guanine deaminase
ヘテロ分子

A: putative cytosine/guanine deaminase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,1854
ポリマ－106,0542
非ポリマー1312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
Buried area4100 Å2
ΔGint-96 kcal/mol
Surface area30380 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)88.872, 88.872, 161.867
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 putative cytosine/guanine deaminase


分子量: 53027.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) unidentified (未定義) / プラスミド: pSGX3(BC) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)codon+RIL
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 85 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.64 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M MES pH 6.5, 12% PEG 20000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月22日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: SI-III / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. all: 19968 / Num. obs: 19968 / % possible obs: 94.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 19 % / Biso Wilson estimate: 39.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 10.1 % / Rmerge(I) obs: 0.3 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique all: 1297 / % possible all: 63

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
CBASSデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHARP位相決定
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.7→44.44 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Data cutoff high absF: 82865.97 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: Missing residues listed in Remark 465 are due to lack of electron density in those regions.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.286 569 3 %RANDOM
Rwork0.234 ---
obs0.234 19193 91.6 %-
all-19968 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 47.0428 Å2 / ksol: 0.356485 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 58.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-11.9 Å211.16 Å20 Å2
2--11.9 Å20 Å2
3----23.81 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.42 Å0.37 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.56 Å0.51 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→44.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3194 0 1 85 3280
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.13
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.231.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.122
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.842
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.832.5
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.87 Å / Rfactor Rfree error: 0.054 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.401 56 2.6 %
Rwork0.372 2115 -
obs--63.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2ion.param
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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