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- PDB-2p9j: Crystal structure of AQ2171 from Aquifex aeolicus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2p9j
タイトルCrystal structure of AQ2171 from Aquifex aeolicus
要素Hypothetical protein AQ2171
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / AQ2171 / SECSG / RIKEN / PSI / Aquifex aeolicus / Protein Structure Initiative / Southeast Collaboratory for Structural Genomics / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity, acting on ester bonds / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
KdsC family / HAD-superfamily hydrolase,subfamily IIIA / HAD superfamily/HAD-like / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Aquifex aeolicus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Yang, H. / Chen, L. / Agari, Y. / Ebihara, A. / Shinkai, A. / Kuramitsu, S. / Yokoyama, S. / Rose, J.P. / Wang, B.-C. / Southeast Collaboratory for Structural Genomics (SECSG) / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of AQ2171 from Aquifex aeolicus
著者: Yang, H. / Chen, L. / Agari, Y. / Ebihara, A. / Shinkai, A. / Kuramitsu, S. / Yokoyama, S. / Rose, J.P. / Wang, B.-C.
履歴
登録2007年3月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32018年1月24日Group: Advisory / Database references / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _audit_author.name / _citation_author.name

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypothetical protein AQ2171
B: Hypothetical protein AQ2171
C: Hypothetical protein AQ2171
D: Hypothetical protein AQ2171
E: Hypothetical protein AQ2171
F: Hypothetical protein AQ2171
G: Hypothetical protein AQ2171
H: Hypothetical protein AQ2171


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,1528
ポリマ-147,1528
非ポリマー00
3,927218
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)121.325, 121.325, 86.897
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number77
Space group name H-MP42

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要素

#1: タンパク質
Hypothetical protein AQ2171


分子量: 18394.002 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (バクテリア) / : VF5 / 遺伝子: aq_2171 / プラスミド: pET-21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIL-X / 参照: UniProt: O67920
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 218 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.39 %
結晶化温度: 291 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 4.69
詳細: 25% w/v PEG 4000, 0.1 M Na Acetate, Acetic acid pH 4.69, 0.2M Ammonium Acetate, MICROBATCH, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 0.97930, 0.90000, 0.97945
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月18日
放射モノクロメーター: SI CHANNEL 220 / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97931
20.91
30.979451
反射解像度: 2.4→33.92 Å / Num. obs: 49520 / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 25.2
反射 シェル解像度: 2.4→2.46 Å / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.353 / Mean I/σ(I) obs: 4.39 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.4→33.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.907 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.87 / SU B: 9.935 / SU ML: 0.238 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.751 / ESU R Free: 0.308
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26771 2352 4.9 %RANDOM
Rwork0.21639 ---
obs0.21894 45249 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.88 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→33.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9828 0 0 218 10046
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0229935
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2192.00313322
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.67951235
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.47424.467394
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.252152018
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.2141561
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.21599
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.026966
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1950.24668
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2960.26777
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1310.2359
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1580.277
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1250.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5311.56422
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.81229917
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.19233983
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.9234.53405
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.309 162 -
Rwork0.233 2940 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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