[日本語] English
万見
- PDB-2p9e: Crystal Structure of G336V mutant of E.coli phosphoglycerate dehy... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2p9e
タイトルCrystal Structure of G336V mutant of E.coli phosphoglycerate dehydrogenase
要素D-3-phosphoglycerate dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / G336V mutant / phosphoglycerate dehydrogenase / serine biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


2-hydroxyglutarate dehydrogenase activity / 2-oxoglutarate reductase / phosphoglycerate dehydrogenase / phosphoglycerate dehydrogenase activity / serine binding / NADH binding / L-serine biosynthetic process / NAD+ binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / AHAS small subunit-like ACT domain / : / ACT domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases signature 2. / ACT domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases NAD-binding signature. / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases signature 3. / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain conserved site 1 / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain conserved site ...: / AHAS small subunit-like ACT domain / : / ACT domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases signature 2. / ACT domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases NAD-binding signature. / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases signature 3. / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain conserved site 1 / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain conserved site / ACT domain profile. / ACT domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, catalytic domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, catalytic domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD binding domain / ACT-like domain / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / Alpha-Beta Plaits / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / PHOSPHATE ION / D-3-phosphoglycerate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Dey, S. / Sacchettini, J.C.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: The Effect of Hinge Mutations on Effector Binding and Domain Rotation in Escherichia coli D-3-Phosphoglycerate Dehydrogenase
著者: Dey, S. / Hu, Z. / Xu, X.L. / Sacchettini, J.C. / Grant, G.A.
履歴
登録2007年3月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif ...database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_sheet / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_sheet.number_strands / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: D-3-phosphoglycerate dehydrogenase
B: D-3-phosphoglycerate dehydrogenase
C: D-3-phosphoglycerate dehydrogenase
D: D-3-phosphoglycerate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)181,23223
ポリマ－176,5624
非ポリマー4,67019
水1,47782
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area22050 Å2
ΔGint-125 kcal/mol
Surface area64070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.237, 76.237, 353.650
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
D-3-phosphoglycerate dehydrogenase / PGDH


分子量: 44140.449 Da / 分子数: 4 / 変異: G336V, C81A, C83A, C250A, C282A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: serA / プラスミド: pTrc99 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5alpha / 参照: UniProt: P0A9T0, phosphoglycerate dehydrogenase

-
非ポリマー , 5種, 101分子

#2: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物
ChemComp-NAI / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / NADH / NADH


分子量: 665.441 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H29N7O14P2
#4: 化合物
ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 82 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.6 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 1.5M AmSO4, 0.1M sodium citrate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年3月16日 / 詳細: Monochromator
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 61423 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 18.7 % / Rmerge(I) obs: 0.165 / Net I/σ(I): 19.3
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 10.8 % / Rmerge(I) obs: 0.846 / Mean I/σ(I) obs: 1.64 / % possible all: 96.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2PA3

2pa3


解像度: 2.6→35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.929 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.87 / SU B: 13.507 / SU ML: 0.286 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.705 / ESU R Free: 0.345 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27923 3105 5.1 %RANDOM
Rwork0.2061 ---
obs0.2098 58183 99.54 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 40.904 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.27 Å20 Å20 Å2
2--2.27 Å20 Å2
3----4.53 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12267 0 299 82 12648
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.02212779
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.921.99917370
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.83951615
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.62624.952523
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.398152140
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.2381560
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1210.22009
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.029484
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2810.36142
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3420.58571
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2210.5839
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2320.348
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.4340.51
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.0358185
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.998712860
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it8.02395000
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it10.225114510
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.667 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.386 212 -
Rwork0.312 4104 -
obs-4104 94.61 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る