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- PDB-2p72: crystal structure of a glycosyltransferase involved in the glycos... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2p72
タイトルcrystal structure of a glycosyltransferase involved in the glycosylation of the major capsid of PBCV-1
要素Putative glycosyltransferase (Mannosyltransferase) involved in glycosylating the PBCV-1 major capsid protein
キーワードTRANSFERASE / glycosyltransferase / PBCV-1
機能・相同性
機能・相同性情報


glycosyltransferase activity / nucleotide binding / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Glycosyltransferase 34 / galactosyl transferase GMA12/MNN10 family / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-GLUCOSE / UDP-Glucose glycosyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Paramecium bursaria Chlorella virus 1 (ウイルス)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Zhang, Y. / Xiang, Y. / Van Etten, J.L. / Rossmann, M.G.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2007
タイトル: Structure and function of a chlorella virus-encoded glycosyltransferase.
著者: Zhang, Y. / Xiang, Y. / Van Etten, J.L. / Rossmann, M.G.
履歴
登録2007年3月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年8月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative glycosyltransferase (Mannosyltransferase) involved in glycosylating the PBCV-1 major capsid protein
B: Putative glycosyltransferase (Mannosyltransferase) involved in glycosylating the PBCV-1 major capsid protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,0015
ポリマ－50,3252
非ポリマー6763
水2,486138
1
A: Putative glycosyltransferase (Mannosyltransferase) involved in glycosylating the PBCV-1 major capsid protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,2172
ポリマ－25,1621
非ポリマー551
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Putative glycosyltransferase (Mannosyltransferase) involved in glycosylating the PBCV-1 major capsid protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,7843
ポリマ－25,1621
非ポリマー6212
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)126.448, 61.776, 76.091
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 126.56, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Putative glycosyltransferase (Mannosyltransferase) involved in glycosylating the PBCV-1 major capsid protein / Vp54


分子量: 25162.436 Da / 分子数: 2 / 断片: N-terminal fragment / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Paramecium bursaria Chlorella virus 1 (ウイルス)
属: Chlorovirus / 遺伝子: A64R / プラスミド: PTYB-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-RIL / 参照: UniProt: Q89399
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-UPG / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-GLUCOSE / URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE GLUCOPYRANOSYL-MONOPHOSPHATE ESTER / UDP-グルコ-ス


分子量: 566.302 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H24N2O17P2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 138 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.41 %

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.542
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年2月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.542 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→20 Å / Num. obs: 32704 / % possible obs: 94.9 % / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Χ2: 3.053 / Net I/σ(I): 16.3
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.95-2.023.40.45631752.12192.8
2.02-2.13.40.33831672.314193.2
2.1-2.23.40.26532312.391193.4
2.2-2.313.40.20232112.552194.5
2.31-2.463.40.15332832.894194.7
2.46-2.653.40.11932593.146195.2
2.65-2.913.30.08932983.41196
2.91-3.333.20.06433443.706196.7
3.33-4.1930.04933414.125196.2
4.19-2030.04433954.124195.9

-
位相決定

Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.14 Å19.66 Å
Translation2.14 Å19.66 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→10 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 9.851 / SU ML: 0.138 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.21 / ESU R Free: 0.169 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.233 1549 5.1 %RANDOM
Rwork0.207 ---
obs0.208 30485 96.09 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 44.573 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.51 Å20 Å20.12 Å2
2--0.2 Å20 Å2
3---0.45 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3379 0 38 138 3555
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0223537
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2741.9384824
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9075398
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.79523.483178
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.15915551
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.8481516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.2501
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022731
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1920.21621
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3110.22361
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1540.2194
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1810.235
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2250.29
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7181.52102
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.06923311
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.79531712
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.4794.51513
LS精密化 シェル解像度: 2→2.05 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.313 112 -
Rwork0.243 1988 -
obs-2100 93.29 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.49530.7558-0.17073.1208-1.41.4519-0.07390.10550.0191-0.48280.23930.23790.2728-0.1192-0.16540.2036-0.03540.0083-0.21490.0206-0.1647-0.081-0.16922.372
21.8567-0.10960.24732.64480.93572.67830.00990.02850.09680.680.1918-0.08950.55980.2288-0.20180.28130.09620.0022-0.2943-0.0123-0.1885-19.41425.459-0.062
358.164-19.4788-17.275612.60388.19499.8483-0.1542-0.8457-0.840.284-0.21840.0533-0.5550.03490.37260.24780.08620.0252-0.1305-0.0054-0.2457-19.66231.757-7.483
46.53822.7455-5.10511.1783-1.684812.2582-0.1654-0.1022-0.97750.0292-0.7193.38091.74830.75920.88440.57110.10280.1946-0.16620.0677-0.34041.501-8.06920.363
51.4853-1.1774-0.39024.42321.3010.99610.0260.2637-0.0444-0.88070.1024-1.3251-0.2327-0.3489-0.12840.25570.04530.135-0.129-0.0008-0.0509-19.5832.65-3.065
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A4 - 206
2X-RAY DIFFRACTION2B4 - 208
3X-RAY DIFFRACTION3B215
4X-RAY DIFFRACTION4A214
5X-RAY DIFFRACTION5B214

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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