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万見
- PDB-2p6z: Enzymatic and Structural Characterisation of Amphinase, a Novel C... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2p6z
タイトルEnzymatic and Structural Characterisation of Amphinase, a Novel Cytotoxic Ribonuclease from Rana pipiens Oocytes
要素Recombinant Amphinase-2
キーワードHYDROLASE / Amphinase / cytotoxic RNase / enzyme efficiency / substrate specificity
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / RNA nuclease activity / angiogenesis / endonuclease activity / defense response to Gram-negative bacterium / nucleic acid binding / defense response to Gram-positive bacterium / extracellular region
類似検索 - 分子機能
P-30 Protein / Ribonuclease A-like domain / Pancreatic ribonuclease / Ribonuclease A, active site / Ribonuclease A-domain / Ribonuclease A-like domain superfamily / Pancreatic ribonuclease / Pancreatic ribonuclease family signature. / Pancreatic ribonuclease / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / Amphinase-2
類似検索 - 構成要素
生物種Rana pipiens (カエル)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.93 Å
データ登録者Singh, U.P.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Enzymatic and Structural Characterisation of Amphinase, a Novel Cytotoxic Ribonuclease from Rana pipiens Oocytes.
著者: Singh, U.P. / Ardelt, W. / Saxena, S.K. / Holloway, D.E. / Vidunas, E. / Lee, H.S. / Saxena, A. / Shogen, K. / Acharya, K.R.
履歴
登録2007年3月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999SEQUENCE There is no sequence reference available from UNP sequence database at the time of processing.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Recombinant Amphinase-2
B: Recombinant Amphinase-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,1228
ポリマ－26,4762
非ポリマー6456
水5,206289
1
A: Recombinant Amphinase-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,4533
ポリマ－13,2381
非ポリマー2152
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Recombinant Amphinase-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,6685
ポリマ－13,2381
非ポリマー4304
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)29.795, 44.607, 46.054
Angle α, β, γ (deg.)116.56, 83.19, 103.68
Int Tables number1
Space group name H-MP1
詳細Biological unit is monomer

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要素

#1: タンパク質 Recombinant Amphinase-2


分子量: 13238.112 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rana pipiens (カエル) / Cell: Oocyte / プラスミド: pET-11d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P85073, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 289 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.74 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: protein: 12.5 mg/ml, PEG 4000 30%, Na Citrate 0.1 M, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X13 / 波長: 0.807
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2006年5月12日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.807 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.91→41.2 Å / Num. all: 15432 / Num. obs: 14385 / % possible obs: 89.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.1 % / Biso Wilson estimate: 15 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.037 / Net I/σ(I): 18.8
反射 シェル解像度: 1.91→2.01 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.108 / Mean I/σ(I) obs: 7.5 / Num. unique all: 1477 / % possible all: 63.5

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位相決定

Phasing MRRfactor: 0.448 / Cor.coef. Fo:Fc: 0.48
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å12.64 Å
Translation3 Å12.64 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
HKL-2000データ収集
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Amphinase-2 (native)

解像度: 1.93→41.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 3.066 / SU ML: 0.091 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.189 / ESU R Free: 0.151 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.191 727 5.1 %RANDOM
Rwork0.146 ---
all0.148 15432 --
obs0.148 14385 93.24 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 14.63 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.18 Å2-1.18 Å2-1.02 Å2
2---0.18 Å20.05 Å2
3----0.27 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.93→41.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1797 0 42 289 2128
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0221890
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2241.9452587
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0465241
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.76224.58885
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.87915324
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.3391510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.2289
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021446
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1920.2925
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2920.21333
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1340.2248
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1480.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1580.254
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1860.234
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4851.51150
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.93221913
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.7083756
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.7764.5663
LS精密化 シェル解像度: 1.933→1.983 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.223 48 -
Rwork0.172 897 -
obs-945 80.63 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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