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- PDB-2p5t: Molecular and structural characterization of the PezAT chromosoma... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2p5t
タイトルMolecular and structural characterization of the PezAT chromosomal toxin-antitoxin system of the human pathogen Streptococcus pneumoniae
要素
  • PezT
  • Putative transcriptional regulator PezA
  • fragment of PezA helix-turn-helix motif
キーワードTRANSCRIPTION REGULATOR / postsegregational killing system / phosphoryltransferase / helix-turn-helix motif
機能・相同性
機能・相同性情報


UDP-N-acetylglucosamine kinase / : / kinase activity / DNA binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #130 / Antitoxin epsilon/PezA domain superfamily / Zeta toxin domain / Zeta toxin / Helix-turn-helix / Helix-turn-helix XRE-family like proteins / Cro/C1-type HTH domain profile. / Cro/C1-type helix-turn-helix domain / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / Helicase, Ruva Protein; domain 3 ...Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #130 / Antitoxin epsilon/PezA domain superfamily / Zeta toxin domain / Zeta toxin / Helix-turn-helix / Helix-turn-helix XRE-family like proteins / Cro/C1-type HTH domain profile. / Cro/C1-type helix-turn-helix domain / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Toxin PezT / Antitoxin PezA
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Loll, B. / Meinhart, A.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: Molecular and Structural Characterization of the PezAT Chromosomal Toxin-Antitoxin System of the Human Pathogen Streptococcus pneumoniae.
著者: Khoo, S.K. / Loll, B. / Chan, W.T. / Shoeman, R.L. / Ngoo, L. / Yeo, C.C. / Meinhart, A.
履歴
登録2007年3月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
Remark 999SEQUENCE CHAIN X IS THE N-TERMINAL DOMAIN OF EITHER CHAIN A,C,E OR G. BECAUSE THE ELECTRON DENSITY ...SEQUENCE CHAIN X IS THE N-TERMINAL DOMAIN OF EITHER CHAIN A,C,E OR G. BECAUSE THE ELECTRON DENSITY FOR THE FIRST 33 AMINO ACIDS OF CHAIN X WAS POOR, THE AUTHORS WERE UNABLE TO ASSIGN SIDE CHAINS.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: fragment of PezA helix-turn-helix motif
A: Putative transcriptional regulator PezA
B: PezT
C: Putative transcriptional regulator PezA
D: PezT
E: Putative transcriptional regulator PezA
F: PezT
G: Putative transcriptional regulator PezA
H: PezT


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)192,3229
ポリマ－192,3229
非ポリマー00
水00
1
A: Putative transcriptional regulator PezA
B: PezT
C: Putative transcriptional regulator PezA
D: PezT


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,7484
ポリマ－94,7484
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8180 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area32510 Å2
手法PISA
2
X: fragment of PezA helix-turn-helix motif
E: Putative transcriptional regulator PezA
F: PezT
G: Putative transcriptional regulator PezA
H: PezT


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,5745
ポリマ－97,5745
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: Putative transcriptional regulator PezA
F: PezT
G: Putative transcriptional regulator PezA
H: PezT


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,7484
ポリマ－94,7484
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8290 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area32870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.520, 102.860, 254.440
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質・ペプチド fragment of PezA helix-turn-helix motif


分子量: 2826.475 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)/Codon Plus-RIL
#2: タンパク質
Putative transcriptional regulator PezA


分子量: 18267.666 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
株: TIGR4 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)/Codon Plus-RIL / 参照: UniProt: Q97QZ2
#3: タンパク質
PezT


分子量: 29106.096 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)/Codon Plus-RIL / 参照: UniProt: Q97QZ1

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.09 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 12.5-15% (v/v) iso-propanol, 100 mM MES-NaOH, 6% (v/v) dioxane (30% (v/v)), pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.007466
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年8月17日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.007466 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→47.67 Å / Num. all: 34352 / Num. obs: 34352 / % possible obs: 95.3 % / Observed criterion σ(F): 3 / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 76.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 20.8
反射 シェル解像度: 3.2→3.3 Å / Rmerge(I) obs: 0.387 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique all: 4708 / % possible all: 85.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.2→47.67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.893 / SU B: 55.632 / SU ML: 0.426 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.52 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27732 1726 4.9 %RANDOM
Rwork0.21368 ---
obs0.21692 33459 100 %-
all-34352 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 91.268 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.62 Å20 Å20 Å2
2---0.23 Å20 Å2
3---0.85 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→47.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11093 0 0 0 11093
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.02211256
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0591.97915145
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.15151366
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.72324.892556
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.17152160
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.8361572
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.070.21686
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.028380
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2060.25231
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3030.27723
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1350.2356
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2180.256
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1210.26
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3581.56996
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.648210967
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.66834751
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.1644.54178
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.283 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.347 115 -
Rwork0.277 2270 -
obs-2385 100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.0021-1.81762.82151.9505-1.76623.2893-0.1635-0.67950.0220.29630.19370.2032-0.4191-0.4528-0.0302-0.04590.14750.09830.07780.0231-0.079643.9918-5.785349.551
25.48960.4047-2.10461.5392-0.77511.9120.06250.31160.2891-0.33790.0250.0040.0233-0.1501-0.0875-0.0823-0.006-0.085-0.44340.0565-0.126345.035411.21128.406
30.8553-0.48480.23485.8459-1.97782.8569-0.0240.13340.1744-0.3619-0.0537-0.1137-0.0926-0.17240.0777-0.2961-0.0449-0.0847-0.0577-0.0335-0.339245.5727-13.7078-56.154
42.0961.27521.69672.76141.31973.137-0.17330.04350.34670.08940.01130.2105-0.2046-0.09240.162-0.35070.00410.0696-0.26030.1376-0.399564.2318-17.6567-16.8755
55.45715.328111.123143.015627.378429.8877-0.9131-0.5106-0.06090.9301-0.2331-0.24360.16160.18171.14620.18520.19360.29490.37150.2870.254959.5314-23.72410.6405
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AB67 - 15867 - 158
2X-RAY DIFFRACTION1BC3 - 1683 - 168
3X-RAY DIFFRACTION1BC176 - 253176 - 253
4X-RAY DIFFRACTION2CD66 - 15866 - 158
5X-RAY DIFFRACTION2DE1 - 1681 - 168
6X-RAY DIFFRACTION2DE173 - 251173 - 251
7X-RAY DIFFRACTION3EF64 - 15864 - 158
8X-RAY DIFFRACTION3FG2 - 1652 - 165
9X-RAY DIFFRACTION3FG178 - 253178 - 253
10X-RAY DIFFRACTION4GH66 - 15866 - 158
11X-RAY DIFFRACTION4HI1 - 1661 - 166
12X-RAY DIFFRACTION4HI178 - 253178 - 253
13X-RAY DIFFRACTION5XA1 - 331 - 33

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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