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万見
- PDB-2p5m: C-terminal domain hexamer of AhrC bound with L-arginine -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2p5m
タイトルC-terminal domain hexamer of AhrC bound with L-arginine
要素Arginine repressor
キーワードDNA BINDING PROTEIN / alpha-beta / L-arginine binding domain
機能・相同性
機能・相同性情報


arginine catabolic process to ornithine / arginine biosynthetic process / arginine binding / protein complex oligomerization / DNA-binding transcription factor activity / DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Arginine repressor / Arginine repressor, C-terminal / Arginine repressor, DNA-binding domain / Arginine repressor, C-terminal domain superfamily / Arginine repressor, DNA binding domain / Arginine repressor, C-terminal domain / Gyrase A; domain 2 - #40 / Gyrase A; domain 2 / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily ...Arginine repressor / Arginine repressor, C-terminal / Arginine repressor, DNA-binding domain / Arginine repressor, C-terminal domain superfamily / Arginine repressor, DNA binding domain / Arginine repressor, C-terminal domain / Gyrase A; domain 2 - #40 / Gyrase A; domain 2 / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ARGININE / Arginine repressor
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Garnett, J.A. / Baumberg, S. / Stockley, P.G. / Phillips, S.E.V.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2007
タイトル: Structure of the C-terminal effector-binding domain of AhrC bound to its corepressor L-arginine.
著者: Garnett, J.A. / Baumberg, S. / Stockley, P.G. / Phillips, S.E.
履歴
登録2007年3月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年10月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Arginine repressor
B: Arginine repressor
C: Arginine repressor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,7468
ポリマ－27,8703
非ポリマー8765
水3,045169
1
A: Arginine repressor
B: Arginine repressor
C: Arginine repressor
ヘテロ分子

A: Arginine repressor
B: Arginine repressor
C: Arginine repressor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,49216
ポリマ－55,7406
非ポリマー1,75210
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation11_555-x+y,y,-z+1/21
単位格子
Length a, b, c (Å)117.014, 117.014, 68.927
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-183-

HOH

21B-244-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Arginine repressor / Arginine hydroxamate resistance protein


分子量: 9289.932 Da / 分子数: 3 / 断片: C-terminal domain (residues 67-149) / 変異: D67M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: argR, ahrC / プラスミド: pET22b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P17893
#2: 化合物
ChemComp-ARG / ARGININE / L-アルギニン-ω′-カチオン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 175.209 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H15N4O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 169 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.65 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.8
詳細: 28% PEG 400, 0.1M Tris-HCl, 0.2M magnesium chloride, pH 8.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX14.2 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年10月23日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→24.11 Å / Num. obs: 20787 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 16.7 % / Biso Wilson estimate: 21.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Rsym value: 0.077 / Net I/σ(I): 32.4
反射 シェル解像度: 1.95→2.06 Å / 冗長度: 12.3 % / Rmerge(I) obs: 0.391 / Mean I/σ(I) obs: 6.6 / Num. unique all: 36574 / Rsym value: 0.391 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1B4B, Trimer of C-terminal domains from B. steareothermophilus

1b4b


解像度: 1.95→24.11 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU B: 6.085 / SU ML: 0.097
Isotropic thermal model: Individual isotropic temperature factors and individual TLS parameters for chains A-C
交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.17 / ESU R Free: 0.154 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.224 2057 10.2 %RANDOM
Rwork0.182 ---
obs0.187 20217 97.38 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.466 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.46 Å20.23 Å20 Å2
2--0.46 Å20 Å2
3----0.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→24.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1843 0 44 174 2061
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0221901
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4152.0062556
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1515237
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.81825.275
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.47215378
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.021513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.2306
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021365
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2250.21117
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3110.21338
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1230.2213
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2230.282
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1540.238
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8941.51235
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.16521947
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.2513718
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.7054.5609
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.25 120 -
Rwork0.194 1260 -
obs-1380 93.05 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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