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- PDB-2p1w: structure of the phosphothreonine lyase SpvC, the effector protei... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2p1w
タイトルstructure of the phosphothreonine lyase SpvC, the effector protein from Salmonella
要素27.5 kDa virulence protein
キーワードLYASE / beta sheet- alpha helix
機能・相同性
機能・相同性情報


付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; リン酸基の付加脱離 / lyase activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Phosphothreonine lyase fold / phosphothreonine lyase / OspF/SpvC / OspF/SpvC superfamily / Salmonella virulence-associated 28kDa protein / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
MAPK phosphothreonine lyase
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella enteritidis (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Zhu, Y. / Wang, D.C. / Shao, F.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2007
タイトル: Structural insights into the enzymatic mechanism of the pathogenic MAPK phosphothreonine lyase.
著者: Zhu, Y. / Li, H. / Long, C. / Hu, L. / Xu, H. / Liu, L. / Chen, S. / Wang, D.C. / Shao, F.
履歴
登録2007年3月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 27.5 kDa virulence protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,8761
ポリマ－28,8761
非ポリマー00
水3,243180
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)70.352, 70.352, 101.243
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number94
Space group name H-MP42212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-404-

HOH

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要素

#1: タンパク質 27.5 kDa virulence protein / SpvC / phosphothreonine lyase


分子量: 28876.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enteritidis (サルモネラ菌)
遺伝子: SpvC / プラスミド: pET41a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(DE3)
参照: UniProt: P0A2N1, 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 180 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.23 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 12% PEG3350, 0.1M TrisHCl pH8.0, 5% Tacsimate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BSRF / ビームライン: 3W1A / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: MAR CCD 130 mm / 検出器: CCD / 日付: 2007年1月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 15486 / Num. obs: 15052 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 27.3 % / Rmerge(I) obs: 0.098 / Rsym value: 0.08 / Net I/σ(I): 8.4
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 23.5 % / Rmerge(I) obs: 0.361 / Mean I/σ(I) obs: 30 / Num. unique all: 1806 / Rsym value: 0.378 / % possible all: 72.2

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散
Phasing MAD set site
IDAtom type symbolB isoFract xFract yFract zOccupancy
1Se24.3650.1440.2930.8051.336
2Se28.6190.0080.4260.8421.374
3Se23.2950.1450.7040.2751.144
4Se20.2560.1860.7570.2221.067
5Se54.9110.050.2710.4231.429
6Se37.1980.0610.6150.9480.811
7Se600.0550.0940.4351.445
Phasing dmFOM : 0.63 / FOM acentric: 0.64 / FOM centric: 0.59 / 反射: 13546 / Reflection acentric: 11435 / Reflection centric: 2111
Phasing dm shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
6.1-35.1360.830.90.72740450290
3.8-6.10.870.910.7420421587455
3-3.80.810.830.7124582056402
2.6-30.660.680.5524412106335
2.3-2.60.490.50.438933473420
2.1-2.30.360.360.3519721763209

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SOLVE2.12位相決定
RESOLVE2.12位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
CrystalClearデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.3→50 Å / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.229 590 5 %
Rwork0.191 --
obs-11678 98.5 %
溶媒の処理Bsol: 30.949 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 25.698 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.29 Å20 Å20 Å2
2---2.29 Å20 Å2
3---4.58 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1663 0 0 180 1843
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.4241.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.4312
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.3332
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.4892.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2ion.param
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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