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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2p1w | ||||||
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タイトル | structure of the phosphothreonine lyase SpvC, the effector protein from Salmonella | ||||||
要素 | 27.5 kDa virulence protein | ||||||
キーワード | LYASE / beta sheet- alpha helix | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Salmonella enteritidis (サルモネラ菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Zhu, Y. / Wang, D.C. / Shao, F. | ||||||
引用 | ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2007 タイトル: Structural insights into the enzymatic mechanism of the pathogenic MAPK phosphothreonine lyase. 著者: Zhu, Y. / Li, H. / Long, C. / Hu, L. / Xu, H. / Liu, L. / Chen, S. / Wang, D.C. / Shao, F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2p1w.cif.gz | 55.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2p1w.ent.gz | 42.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2p1w.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2p1w_validation.pdf.gz | 422 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2p1w_full_validation.pdf.gz | 424.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2p1w_validation.xml.gz | 11.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2p1w_validation.cif.gz | 16.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p1/2p1w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p1/2p1w | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28876.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Salmonella enteritidis (サルモネラ菌) 遺伝子: SpvC / プラスミド: pET41a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(DE3) 参照: UniProt: P0A2N1, 付加脱離酵素(リアーゼ); 炭素-酸素リアーゼ類 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.23 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 12% PEG3350, 0.1M TrisHCl pH8.0, 5% Tacsimate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 93 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: BSRF / ビームライン: 3W1A / 波長: 0.9794 Å |
検出器 | タイプ: MAR CCD 130 mm / 検出器: CCD / 日付: 2007年1月23日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9794 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 15486 / Num. obs: 15052 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 27.3 % / Rmerge(I) obs: 0.098 / Rsym value: 0.08 / Net I/σ(I): 8.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 23.5 % / Rmerge(I) obs: 0.361 / Mean I/σ(I) obs: 30 / Num. unique all: 1806 / Rsym value: 0.378 / % possible all: 72.2 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 単波長異常分散 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Phasing MAD set site |
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Phasing dm | FOM : 0.63 / FOM acentric: 0.64 / FOM centric: 0.59 / 反射: 13546 / Reflection acentric: 11435 / Reflection centric: 2111 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing dm shell |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.3→50 Å / σ(F): 0
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溶媒の処理 | Bsol: 30.949 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 25.698 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→50 Å
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拘束条件 |
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Xplor file |
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