PDB-2p1i: Plasmodium yoelii Ribonucleotide Reductase Subunit R2 (PY03671)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2p1i

タイトル

Plasmodium yoelii Ribonucleotide Reductase Subunit R2 (PY03671)

要素

Ribonucleotide reductase, small chain

キーワード

OXIDOREDUCTASE / ribonucleotide reductase / F222 twinning / plasmodb PY03671 / Structural Genomics Consortium / SGC

機能・相同性

機能・相同性情報

deoxyribonucleotide biosynthetic process / oxidoreductase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Plasmodium yoelii yoelii (ヨーエリマラリア原虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Wernimont, A.K. / Dong, A. / Choe, J. / Gao, M. / Walker, J. / Lew, J. / Alam, Z. / Zhao, Y. / Nordlund, P. / Arrowsmith, C.H. ...

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Plasmodium yoelii Ribonucleotide Reductase Subunit R2 (PY03671)
著者: Wernimont, A.K. / Dong, A. / Choe, J. / Gao, M. / Walker, J. / Lew, J. / Alam, Z. / Zhao, Y. / Nordlund, P. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Weigelt, J. / Sundstrom, M. / Bochkarev, A. / Hui, R. / Artz, J.D.

履歴

登録	2007年3月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年3月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.3	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2p1i.cif.gz	416.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2p1i.ent.gz	338.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2p1i.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p1/2p1i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p1/2p1i	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1piyS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2vux-d 5fkq-2 5fkt-1 5jwz-1 5f9m-2 5jgy-d 5fks-d 5h6h-d 5d8m-2 5f5x-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#238 - 2019年10月リボヌクレオチド還元酵素 (Ribonucleotide Reductase) 類似性 (7)

登録構造単位

A: Ribonucleotide reductase, small chain

B: Ribonucleotide reductase, small chain

C: Ribonucleotide reductase, small chain

D: Ribonucleotide reductase, small chain

E: Ribonucleotide reductase, small chain

F: Ribonucleotide reductase, small chain

G: Ribonucleotide reductase, small chain

H: Ribonucleotide reductase, small chain

ヘテロ分子

324 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ribonucleotide reductase, small chain

D: Ribonucleotide reductase, small chain

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
81.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Ribonucleotide reductase, small chain

C: Ribonucleotide reductase, small chain

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
81.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

E: Ribonucleotide reductase, small chain

F: Ribonucleotide reductase, small chain

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
81.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

G: Ribonucleotide reductase, small chain

H: Ribonucleotide reductase, small chain

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
81.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	192.040, 153.460, 143.360
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 132.00, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	TYR	TYR	LEU	LEU	3	A	A	48 - 80	48 - 80
2	1	TYR	TYR	LEU	LEU	3	B	B	48 - 80	48 - 80
3	1	TYR	TYR	LEU	LEU	3	C	C	48 - 80	48 - 80
4	1	TYR	TYR	LEU	LEU	3	D	D	48 - 80	48 - 80
5	1	TYR	TYR	LEU	LEU	3	E	E	48 - 80	48 - 80
6	1	TYR	TYR	LEU	LEU	3	F	F	48 - 80	48 - 80
7	1	TYR	TYR	LEU	LEU	3	G	G	48 - 80	48 - 80
8	1	TYR	TYR	LEU	LEU	3	H	H	48 - 80	48 - 80
9	2	HIS	HIS	GLU	GLU	3	A	A	86 - 148	86 - 148
10	2	HIS	HIS	GLU	GLU	3	B	B	86 - 148	86 - 148
11	2	HIS	HIS	GLU	GLU	3	C	C	86 - 148	86 - 148
12	2	HIS	HIS	GLU	GLU	3	D	D	86 - 148	86 - 148
13	2	HIS	HIS	GLU	GLU	3	E	E	86 - 148	86 - 148
14	2	HIS	HIS	GLU	GLU	3	F	F	86 - 148	86 - 148
15	2	HIS	HIS	GLU	GLU	3	G	G	86 - 148	86 - 148
16	2	HIS	HIS	GLU	GLU	3	H	H	86 - 148	86 - 148
17	3	PRO	PRO	LEU	LEU	3	A	A	162 - 239	162 - 239
18	3	PRO	PRO	LEU	LEU	3	B	B	162 - 239	162 - 239
19	3	PRO	PRO	LEU	LEU	3	C	C	162 - 239	162 - 239
20	3	PRO	PRO	LEU	LEU	3	D	D	162 - 239	162 - 239
21	3	PRO	PRO	LEU	LEU	3	E	E	162 - 239	162 - 239
22	3	PRO	PRO	LEU	LEU	3	F	F	162 - 239	162 - 239
23	3	PRO	PRO	LEU	LEU	3	G	G	162 - 239	162 - 239
24	3	PRO	PRO	LEU	LEU	3	H	H	162 - 239	162 - 239
25	4	ASN	ASN	ASP	ASP	3	A	A	242 - 271	242 - 271
26	4	ASN	ASN	ASP	ASP	3	B	B	242 - 271	242 - 271
27	4	ASN	ASN	ASP	ASP	3	C	C	242 - 271	242 - 271
28	4	ASN	ASN	ASP	ASP	3	D	D	242 - 271	242 - 271
29	4	ASN	ASN	ASP	ASP	3	E	E	242 - 271	242 - 271
30	4	ASN	ASN	ASP	ASP	3	F	F	242 - 271	242 - 271
31	4	ASN	ASN	ASP	ASP	3	G	G	242 - 271	242 - 271
32	4	ASN	ASN	ASP	ASP	3	H	H	242 - 271	242 - 271
33	5	ILE	ILE	TRP	TRP	2	A	A	273 - 309	273 - 309
34	5	ILE	ILE	TRP	TRP	2	B	B	273 - 309	273 - 309
35	5	ILE	ILE	TRP	TRP	2	C	C	273 - 309	273 - 309
36	5	ILE	ILE	TRP	TRP	2	D	D	273 - 309	273 - 309
37	5	ILE	ILE	TRP	TRP	2	E	E	273 - 309	273 - 309
38	5	ILE	ILE	TRP	TRP	2	F	F	273 - 309	273 - 309
39	5	ILE	ILE	TRP	TRP	2	G	G	273 - 309	273 - 309
40	5	ILE	ILE	TRP	TRP	2	H	H	273 - 309	273 - 309

#1: タンパク質	Ribonucleotide reductase, small chain 分子量: 40492.129 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium yoelii yoelii (ヨーエリマラリア原虫) 生物種: Plasmodium yoelii / 株: 17XNL / 遺伝子: PY03671 / プラスミド: p15-TEV-LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-RIL / 参照: UniProt: Q7RIF3
#2: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 121 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.23 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 2.0 M Sodium formate, 100 mM Hepes, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 0.97972 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年7月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97972 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→30 Å / Num. all: 104627 / Num. obs: 104627 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.07 / R_sym value: 0.048 / Net I/σ(I): 14.7
反射シェル	解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 2.9 % / R_merge(I) obs: 0.767 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / R_sym value: 0.767 / % possible all: 88

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1PIY

1piy

解像度: 2.7→19.99 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.872 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.81 / SU B: 44.405 / SU ML: 0.484 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.993 / ESU R Free: 0.494 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. DATA IS TWINNED, C2 PSEUDO F222. AUTHORS STATE THAT THIS PARTICULAR TWINNING WAS UNUSUAL AND VERY DIFFICULT TO DIAGNOSE

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.36797	3552	4.8 %	RANDOM
R_work	0.3038	-	-	-
obs	0.30692	70611	100 %	-
all	-	70611	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.924 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.42 Å²	0 Å²	0.29 Å²
2-	-	-0.38 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.34 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→19.99 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	16775	0	8	121	16904

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.022	0.022	17209
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.004	1.935	23205
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.689	5	2029
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	41.949	24.954	868
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	23.316	15	3058
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.077	15	55
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.141	0.2	2519
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	12959
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.292	0.2	10142
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.328	0.2	11695
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.244	0.2	686
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.508	0.2	511
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.451	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.634	1.5	10555
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.164	2	16467
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.151	3	7741
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.103	4.5	6738
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	940	tight positional	0.09	0.05
2	B	940	tight positional	0.08	0.05
3	C	940	tight positional	0.07	0.05
4	D	940	tight positional	0.09	0.05
5	E	940	tight positional	0.08	0.05
6	F	940	tight positional	0.08	0.05
7	G	940	tight positional	0.08	0.05
8	H	940	tight positional	0.07	0.05
1	A	155	medium positional	0.6	0.5
2	B	155	medium positional	0.71	0.5
3	C	155	medium positional	0.65	0.5
4	D	155	medium positional	0.57	0.5
5	E	155	medium positional	0.76	0.5
6	F	155	medium positional	0.63	0.5
7	G	155	medium positional	0.66	0.5
8	H	155	medium positional	0.75	0.5
1	A	824	loose positional	0.7	5
2	B	824	loose positional	0.81	5
3	C	824	loose positional	0.84	5
4	D	824	loose positional	0.69	5
5	E	824	loose positional	0.69	5
6	F	824	loose positional	0.78	5
7	G	824	loose positional	0.77	5
8	H	824	loose positional	0.75	5
1	A	940	tight thermal	0.22	0.5
2	B	940	tight thermal	0.17	0.5
3	C	940	tight thermal	0.16	0.5
4	D	940	tight thermal	0.24	0.5
5	E	940	tight thermal	0.17	0.5
6	F	940	tight thermal	0.16	0.5
7	G	940	tight thermal	0.15	0.5
8	H	940	tight thermal	0.14	0.5
1	A	155	medium thermal	1.49	2
2	B	155	medium thermal	1.24	2
3	C	155	medium thermal	1.05	2
4	D	155	medium thermal	1.55	2
5	E	155	medium thermal	1.38	2
6	F	155	medium thermal	1.3	2
7	G	155	medium thermal	1.12	2
8	H	155	medium thermal	1.1	2
1	A	824	loose thermal	3.21	10
2	B	824	loose thermal	3.15	10
3	C	824	loose thermal	2.99	10
4	D	824	loose thermal	3.37	10
5	E	824	loose thermal	3.16	10
6	F	824	loose thermal	2.68	10
7	G	824	loose thermal	2.79	10
8	H	824	loose thermal	2.66	10

LS精密化シェル

解像度: 2.7→2.769 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.474	226	-
R_work	0.319	4689	-
obs	-	-	100 %

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)