PDB-2p12: Crystal structure of protein of unknown function DUF402 from Rhod...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2p12

タイトル

Crystal structure of protein of unknown function DUF402 from Rhodococcus sp. RHA1

要素

Hypothetical protein DUF402

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / APC7392 / beta-barrel / Rhodococcus sp. RHA1 / PSI-2 / protein structure initiative / midwest center for structural genomics / MCSG

機能・相同性

機能・相同性情報

Uncharacterised conserved protein UCP012622 / FomD barrel-like fold / FomD-like / Domain of unknown function DUF402 / FomD-like superfamily / Protein of unknown function (DUF402) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Rhodococcus sp. (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.63 Å

データ登録者

Kim, Y. / Evdokimova, E. / Kudritska, M. / Edwards, A. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of the protein of uncharacterized function, DUF402 from Rhodococcus sp. RHA1
著者: Kim, Y. / Evdokimova, E. / Kudritska, M. / Edwards, A. / Savchenko, A. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2007年3月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年4月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.4	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2p12.cif.gz	98.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2p12.ent.gz	75.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2p12.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p1/2p12 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p1/2p12	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3ssc-d 5jjd-d 4e2t-d 5zjb-d 3pil-d 3gna-1 6tme-1 4tzd-d 6jkh-d 1vgz-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC7392

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#4 - 2000年4月コラーゲン (Collagen) 類似性 (1) #116 - 2009年8月硫酸転移酵素 (Sulfotransferases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Hypothetical protein DUF402

B: Hypothetical protein DUF402

ヘテロ分子

40.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	132.203, 38.980, 70.721
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 107.69, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-756- HOH

#1: タンパク質	Hypothetical protein DUF402 分子量: 20351.871 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhodococcus sp. (バクテリア) / 株: RHA1 / 遺伝子: RHA1_ro00977 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q0SI31
#2: 化合物	ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸分子量: 60.052 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₄O₂
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 528 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.3 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.2M Ammonium acetate, 0.1M Bis-Tris pH 5.5, 25% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97916 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月5日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97916 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.63→40.3 Å / Num. all: 40684 / Num. obs: 40684 / % possible obs: 93.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.9 % / R_merge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 14.6
反射シェル	解像度: 1.63→1.69 Å / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.349 / Mean I/σ(I) obs: 2.54 / Num. unique all: 2264 / % possible all: 52

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ収集
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定
SHELXCD		位相決定
SHELXD		位相決定
MLPHARE		位相決定
RESOLVE		位相決定
ARP/wARP		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.63→40.3 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.949 / SU B: 4.283 / SU ML: 0.075 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.116 / ESU R Free: 0.116
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.216	4020	9.9 %	RANDOM
R_work	0.171	-	-	-
all	0.175	36437	-	-
obs	0.175	36437	93.46 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.495 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.12 Å²	0 Å²	-0.15 Å²
2-	-	1.18 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.85 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.63→40.3 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2710	0	14	528	3252

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.021	3075
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.596	1.921	4221
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	9.531	5	380
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.861	22.982	171
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.934	15	469
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.625	15	27
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.119	0.2	430
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	2518
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.234	0.2	1516
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.309	0.2	2052
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.179	0.2	454
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.235	0.2	81
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.177	0.2	56
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.951	1.5	1861
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.536	2	2948
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.618	3	1394
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.879	4.5	1273
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.63→1.672 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.323	174	-
R_work	0.242	1413	-
obs	-	1587	50.25 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.531	-0.0328	1.2006	0.2425	0.2133	1.8404	0.0525	0.0012	-0.0523	0.007	-0.0263	-0.0035	0.0325	-0.1625	-0.0262	-0.0312	-0.0012	0.0063	-0.0305	0.001	-0.0863	6.9094	9.6763	14.9218
2	2.3298	0.2182	0.4613	1.1937	0.3736	0.2091	0.014	0.2703	-0.264	-0.0229	0.1002	-0.2374	-0.0545	0.065	-0.1142	-0.0441	0.0023	0.0131	-0.0518	-0.0625	-0.016	40.9543	8.1522	21.6795

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	8 - 173	10 - 175
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	9 - 173	11 - 175

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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