PDB-2p10: CRYSTAL STRUCTURE OF A PUTATIVE PHOSPHONOPYRUVATE HYDROLASE (MLL9...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2p10

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF A PUTATIVE PHOSPHONOPYRUVATE HYDROLASE (MLL9387) FROM MESORHIZOBIUM LOTI MAFF303099 AT 2.15 A RESOLUTION

要素

Mll9387 protein

キーワード

HYDROLASE / PUTATIVE PHOSPHONOPYRUVATE HYDROLASE / STRUCTURAL GENOMICS / JOINT CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI-2

機能・相同性

機能・相同性情報

catalytic activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Mesorhizobium loti (根粒菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of hypothetical protein (NP_085906.1) from Mesorhizobium loti at 2.15 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

履歴

登録	2007年3月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年3月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.4	2023年1月25日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2024年11月20日	Group: Data collection / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

Remark 999

SEQUENCE THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2p10.cif.gz	329.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2p10.ent.gz	268.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2p10.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2p10_validation.pdf.gz	507.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2p10_full_validation.pdf.gz	524.4 KB	表示
XML形式データ	2p10_validation.xml.gz	63.4 KB	表示
CIF形式データ	2p10_validation.cif.gz	89.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p1/2p10 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p1/2p10	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5hvx-1 2q04-d 6yz0-1 5hvd-1 3dkq-1 6mwb-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 368116

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Mll9387 protein

B: Mll9387 protein

C: Mll9387 protein

D: Mll9387 protein

E: Mll9387 protein

F: Mll9387 protein

ヘテロ分子

188 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	180.269, 180.269, 185.514
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
5	1	E
6	1	F

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ARG / Beg label comp-ID: ARG / End auth comp-ID: GLN / End label comp-ID: GLN / Refine code: 5 / Auth seq-ID: 9 - 283 / Label seq-ID: 10 - 284

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B
3	C	C
4	D	D
5	E	E
6	F	F

#1: タンパク質	Mll9387 protein 分子量: 31143.910 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mesorhizobium loti (根粒菌) / 株: MAFF303099 / 遺伝子: NP_085906.1, mll9387 / プラスミド: speedET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q981G2
#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 712 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.36 %
結晶化	温度: 277 K / pH: 4 詳細: NANODROP, 3.0% PEG 4000, 23.3% Glycerol, 0.1M Sodium acetate pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K, pH 4.00

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL1-5 / 波長: 0.918381, 0.979354

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2007年1月29日
詳細: 1M LONG RH COATED BENT CYLINDRICAL MIRROR FOR HORIZONTAL AND VERTICAL FOCUSING

放射

モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.918381	1
2	0.979354	1

反射

解像度: 2.15→45.083 Å / Num. obs: 121425 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.31 % / B_iso Wilson estimate: 37.31 Å² / R_merge(I) obs: 0.093 / Net I/σ(I): 8.34

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Diffraction-ID	% possible all
2.15-2.23	3.28	0.764	1.6	41411	1	99.6
2.23-2.32		0.618	2	40111	1	99.6
2.32-2.42		0.485	2.5	38189	1	99.7
2.42-2.55		0.374	3.2	40952	1	99.6
2.55-2.71		0.288	4.2	40354	1	99.6
2.71-2.92		0.196	6	40561	1	99.5
2.92-3.21		0.124	8.9	40003	1	99.6
3.21-3.67		0.069	13.8	40334	1	99.4
3.67-4.61		0.044	19.4	40328	1	99.2
4.61-45.1		0.04	21.9	39992	1	97.5

-
位相決定

位相決定	手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MolProbity	3beta29	モデル構築
SHELX		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
XDS		データ削減
SHELXD		位相決定
autoSHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.15→45.08 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.971 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.953 / SU B: 9.716 / SU ML: 0.122 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.161 / ESU R Free: 0.15
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.204	6092	5 %	RANDOM
R_work	0.162	-	-	-
obs	0.165	121409	99.3 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 43.89 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.13 Å²	0.07 Å²	0 Å²
2-	-	0.13 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.2 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.15→45.08 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12016	0	82	712	12810

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	12412
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	8478
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.249	1.978	16760
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.888	3	20648
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.556	5	1639
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.708	23.448	522
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.134	15	2121
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.376	15	108
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.067	0.2	1901
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	14022
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2482
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.205	0.2	2787
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.189	0.2	9308
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.172	0.2	6218
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.086	0.2	6601
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.14	0.2	624
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.118	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.179	0.2	28
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.274	0.2	64
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.174	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.404	3	8290
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.468	3	3325
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.283	5	12819
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.789	8	4573
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.594	11	3920
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	1533	medium positional	0.19	0.5
2	B	1533	medium positional	0.18	0.5
3	C	1533	medium positional	0.21	0.5
4	D	1533	medium positional	0.18	0.5
5	E	1533	medium positional	0.2	0.5
6	F	1533	medium positional	0.3	0.5
1	A	1618	loose positional	0.43	5
2	B	1618	loose positional	0.46	5
3	C	1618	loose positional	0.58	5
4	D	1618	loose positional	0.45	5
5	E	1618	loose positional	0.5	5
6	F	1618	loose positional	0.56	5
1	A	1533	medium thermal	0.96	2
2	B	1533	medium thermal	0.77	2
3	C	1533	medium thermal	0.88	2
4	D	1533	medium thermal	0.73	2
5	E	1533	medium thermal	0.72	2
6	F	1533	medium thermal	0.63	2
1	A	1618	loose thermal	2.73	10
2	B	1618	loose thermal	2.3	10
3	C	1618	loose thermal	2.49	10
4	D	1618	loose thermal	2.23	10
5	E	1618	loose thermal	2.5	10
6	F	1618	loose thermal	2.43	10

LS精密化シェル

解像度: 2.15→2.21 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.331	433	-
R_work	0.283	8561	-
obs	-	-	99.38 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3124	0.2759	-0.1492	0.7175	-0.5422	0.8057	0.0548	0.078	0.0571	-0.0173	-0.0636	-0.0869	-0.0944	0.1429	0.0088	-0.0517	0.0159	0.0419	-0.0617	0.0411	-0.0988	17.223	39.344	8.379
2	0.5818	-0.446	-0.1297	1.0584	-0.0423	0.3261	-0.0937	-0.022	-0.1818	0.0024	0.0516	0.1637	0.1167	-0.026	0.0421	-0.0939	-0.0245	0.0203	-0.1033	0.0316	-0.0666	0.599	62.585	-19.634
3	0.7805	-0.0919	0.4729	1.6135	-0.7784	1.5872	0.0731	-0.0973	0.1289	0.4161	0.1712	0.6441	-0.1428	-0.291	-0.2444	0.0852	0.0294	0.269	-0.0616	0.1026	0.2871	-16.296	59.539	16.409

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	8 - 284	9 - 285
2	X-RAY DIFFRACTION	1	B	B	9 - 285	10 - 286
3	X-RAY DIFFRACTION	2	C	C	9 - 284	10 - 285
4	X-RAY DIFFRACTION	2	D	D	9 - 284	10 - 285
5	X-RAY DIFFRACTION	3	E	E	9 - 283	10 - 284
6	X-RAY DIFFRACTION	3	F	F	9 - 283	10 - 284

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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