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- PDB-2p0b: Crystal structure of chemically-reduced E.coli nrfB -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2p0b
タイトルCrystal structure of chemically-reduced E.coli nrfB
要素Cytochrome c-type protein nrfB
キーワードELECTRON TRANSPORT / PENTAHEME C-TYPE CYTOCHROME
機能・相同性
機能・相同性情報


nitrite reductase (cytochrome, ammonia-forming) activity / anaerobic electron transport chain / outer membrane-bounded periplasmic space / electron transfer activity / oxidoreductase activity / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c nitrite reductase, pentahaem subunit / : / Cytochrome c-type protein NrfB-like / : / Multiheme cytochrome c family profile. / Multiheme cytochrome superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
HEME C / Cytochrome c-type protein NrfB
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.74 Å
データ登録者Clarke, T.A. / Richardson, D.J. / Hemmings, A.M.
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2007
タイトル: The crystal structure of the pentahaem c-type cytochrome NrfB and characterization of its solution-state interaction with the pentahaem nitrite reductase NrfA.
著者: Clarke, T.A. / Cole, J.A. / Richardson, D.J. / Hemmings, A.M.
履歴
登録2007年2月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年8月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome c-type protein nrfB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,2796
ポリマ－18,1861
非ポリマー3,0935
水3,315184
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)49.727, 59.433, 65.318
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細THE BIOLOGICAL ASSEMBLY CONSISTS OF A MONOMER OF NRFB. THE ASYMMETRIC UNIT CONTAINS A SINGLE COPY OF THE BIOLOGICAL ASSEMBLY

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要素

#1: タンパク質 Cytochrome c-type protein nrfB


分子量: 18186.461 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 26-188 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: nrfB / プラスミド: pNRFB6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: P0ABL1
#2: 化合物
ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 184 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.61 %
結晶化温度: 289 K / pH: 7.5
詳細: Purified NrfB was concentrated to 8 mg/ml before crystallization. Crystals were obtained by the vapour diffusion method under anaerobic conditions using 250 mM tri-sodium citrate, 10 mM ...詳細: Purified NrfB was concentrated to 8 mg/ml before crystallization. Crystals were obtained by the vapour diffusion method under anaerobic conditions using 250 mM tri-sodium citrate, 10 mM Na2S2O4 and 20 % (v/v) isopropanol in 100 mM sodium HEPES pH 7.5. Crystals were soaked in 100 mM Na2S2O4 prior to harvesting, temperature 289K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9762
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年5月5日
放射モノクロメーター: SILICON (111) CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.74→43.98 Å / Num. obs: 19070 / % possible obs: 94 % / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 8.46 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.131 / Rsym value: 0.131 / Net I/σ(I): 4.7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
1.74-1.8340.4331.51145828460.43397
1.83-1.954.20.3241.91108926530.32496.5
1.95-2.084.20.2282.91053025030.22895.9
2.08-2.254.30.1663.9987023150.16695.6
2.25-2.464.30.1315907021250.13194.4
2.46-2.754.30.0986.5820819090.09893.4
2.75-3.184.30.0897.3717816550.08991.5
3.18-3.894.30.0797.8599513980.07989.7
3.89-5.54.10.0589.9437010660.05888
5.5-65.374.40.05411.626206000.05484.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALAデータスケーリング
REFMAC5.2.0005精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
MOSFLMデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: OXIDISED STRUCTURE OF NRFB

解像度: 1.74→7.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 1.84 / SU ML: 0.061 / Isotropic thermal model: INDIVIDUAL ATOM ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.107 / ESU R Free: 0.104 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.192 957 5.1 %RANDOM
Rwork0.159 ---
all0.161 18843 --
obs0.161 18843 93.16 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 10.925 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.74→7.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1099 0 215 184 1498
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0221492
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5772.462126
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5235161
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.125.86258
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.66715206
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.656154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.2176
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.021205
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.3550.2827
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2950.2955
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1250.2161
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0840.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.180.260
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1270.214
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7721.5767
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.2521239
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.883881
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.884.5867
LS精密化 シェル解像度: 1.74→1.783 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3 90 -
Rwork0.204 1287 -
obs-1377 95.69 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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