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- PDB-2p0a: The crystal structure of human synapsin III (SYN3) in complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2p0a
タイトルThe crystal structure of human synapsin III (SYN3) in complex with AMPPNP
要素Synapsin-3
キーワードNEUROPEPTIDE / synapsin / neurotransmitter release / schizophrenia / vesicle transport / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


Serotonin Neurotransmitter Release Cycle / Dopamine Neurotransmitter Release Cycle / neurotransmitter secretion / regulation of synaptic transmission, GABAergic / synaptic vesicle membrane / synaptic vesicle / postsynaptic density / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Synapsin-2/3 / Synapsin / Synapsin, conserved site / Synapsin, phosphorylation site / Synapsin, pre-ATP-grasp domain / Synapsin, ATP-binding domain / Synapsin, N-terminal domain / Synapsin, ATP binding domain / Synapsin N-terminal / Synapsins signature 1. ...Synapsin-2/3 / Synapsin / Synapsin, conserved site / Synapsin, phosphorylation site / Synapsin, pre-ATP-grasp domain / Synapsin, ATP-binding domain / Synapsin, N-terminal domain / Synapsin, ATP binding domain / Synapsin N-terminal / Synapsins signature 1. / Synapsins signature 2. / Rossmann fold - #20 / ATP-grasp fold, A domain / ATP-grasp fold, B domain / ATP-grasp fold, subdomain 1 / Pre-ATP-grasp domain superfamily / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1 / Dna Ligase; domain 1 / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / Synapsin-3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Turnbull, A.P. / Phillips, C. / Pike, A.C.W. / Elkins, J.M. / Gileadi, C. / Salah, E. / Niesen, F.H. / Burgess, N. / Gileadi, O. / Gorrec, F. ...Turnbull, A.P. / Phillips, C. / Pike, A.C.W. / Elkins, J.M. / Gileadi, C. / Salah, E. / Niesen, F.H. / Burgess, N. / Gileadi, O. / Gorrec, F. / Umeano, C. / von Delft, F. / Weigelt, J. / Edwards, A. / Arrowsmith, C.H. / Sundstrom, M. / Doyle, D. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of human synapsin III (SYN3) in complex with AMPPNP
著者: Turnbull, A.P. / Phillips, C. / Pike, A.C.W. / Elkins, J.M. / Gileadi, C. / Salah, E. / Niesen, F.H. / Burgess, N. / Gileadi, O. / Gorrec, F. / Umeano, C. / von Delft, F. / Weigelt, J. / ...著者: Turnbull, A.P. / Phillips, C. / Pike, A.C.W. / Elkins, J.M. / Gileadi, C. / Salah, E. / Niesen, F.H. / Burgess, N. / Gileadi, O. / Gorrec, F. / Umeano, C. / von Delft, F. / Weigelt, J. / Edwards, A. / Arrowsmith, C.H. / Sundstrom, M. / Doyle, D.
履歴
登録2007年2月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Synapsin-3
B: Synapsin-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,99120
ポリマ－76,8352
非ポリマー2,15618
水8,035446
1
A: Synapsin-3
B: Synapsin-3
ヘテロ分子

A: Synapsin-3
B: Synapsin-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)157,98240
ポリマ－153,6694
非ポリマー4,31236
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area21130 Å2
ΔGint-279 kcal/mol
Surface area43300 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)130.796, 73.186, 78.398
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.74, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31A
41B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ARG / Beg label comp-ID: ARG / Refine code: 4

Dom-IDComponent-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLNGLNAA90 - 14417 - 71
21GLNGLNBB90 - 14417 - 71
32PROPROAA155 - 39782 - 324
42PROPROBB155 - 39782 - 324
詳細Tetramer composed of chains A and B plus the 2 symmetry related chains generated by symmetry operator -X,Y,-Z

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Synapsin-3 / Synapsin III


分子量: 38417.305 Da / 分子数: 2 / 断片: Actin-binding and synaptic-vesicle binding region / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 組織: Brain / 遺伝子: SYN3 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-R3/Rosetta / 参照: UniProt: O14994

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非ポリマー , 5種, 464分子

#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 446 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.7 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 1.26M (NH4)2SO4, 0.2M Li2SO4, Tris-HCl pH 8.5, 20 % Ethylene glycol added as cryoprotectant, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.99991 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月21日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99991 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→64.28 Å / Num. all: 56940 / Num. obs: 56940 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.132
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.477 / % possible all: 94.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MAR345CCDデータ収集
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Swissmodel based on PDB entries: 1I7L, 1I7N, 1PK8

1i7l

1i7n

1pk8


解像度: 1.9→47 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 6.354 / SU ML: 0.1 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.14 / ESU R Free: 0.132 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21804 2801 4.9 %RANDOM
Rwork0.18131 ---
all0.18311 54131 --
obs0.18311 54131 99.15 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.433 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.93 Å20 Å20.57 Å2
2--0.75 Å20 Å2
3---0.39 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4651 0 126 446 5223
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0224901
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023265
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3581.9736642
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8823.0017945
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.235602
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.63323.93201
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.09415817
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.8161520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.2732
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.025325
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02979
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1920.2842
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.190.23432
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1770.22268
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0850.22403
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1610.2339
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2370.218
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1830.233
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1590.212
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7411.53245
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1711.51209
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.0124807
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.70332140
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.4194.51830
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 3852 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
medium positional0.250.5
medium thermal0.472
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.33 210 -
Rwork0.264 3651 -
obs--90.83 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4631-0.0294-0.14420.74420.20630.6591-0.08750.1111-0.1427-0.01710.03770.01310.0904-0.06540.0498-0.0937-0.06230.0114-0.0826-0.0036-0.1232-9.8881-9.9166-19.6356
21.1816-0.10750.10510.7072-0.1880.7725-0.04190.04520.1248-0.02430.0213-0.0139-0.09840.05430.0206-0.106-0.04280.0054-0.1052-0.0137-0.114411.60411.2055-19.8296
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA90 - 14417 - 71
2X-RAY DIFFRACTION1AA155 - 39782 - 324
3X-RAY DIFFRACTION2BB90 - 14417 - 71
4X-RAY DIFFRACTION2BB155 - 39782 - 324

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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