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- PDB-2ozz: Crystal structure of YhfZ from Shigella flexneri -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ozz
タイトルCrystal structure of YhfZ from Shigella flexneri
要素Hypothetical protein yhfZ
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / alpha-beta structure / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性Uncharacterised protein YhfZ, C-terminal domain / YhfZ C-terminal domain / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Uncharacterized protein YhfZ C-terminal domain-containing protein / YhfZ_C domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Shigella flexneri 2a (フレクスナー赤痢菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.298 Å
データ登録者Kim, Y. / Borovilos, M. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of YhfZ from Shigella flexneri
著者: Kim, Y. / Borovilos, M. / Clancy, S. / Joachimiak, A.
履歴
登録2007年2月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 300 BIOMOLECULE: 1, 2 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 ... BIOMOLECULE: 1, 2 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 CHAIN(S). AUTHORS STATE THAT THE BIOLOGICAL UNIT OF THIS PROTEIN IS UNKNOWN. THE BIOLOGICAL UNIT ASSEMBLY SHOWN IN REMARK 350 IS PREDICTED BY THE ANALYSIS OF PROTEIN INTERFACES BASED ON THIS CRYSTAL STRUCTURE.

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypothetical protein yhfZ
B: Hypothetical protein yhfZ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,4636
ポリマ－52,0792
非ポリマー3844
水2,990166
1
A: Hypothetical protein yhfZ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,3284
ポリマ－26,0391
非ポリマー2883
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Hypothetical protein yhfZ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,1352
ポリマ－26,0391
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)47.270, 62.550, 170.192
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Hypothetical protein yhfZ


分子量: 26039.414 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Shigella flexneri 2a (フレクスナー赤痢菌)
生物種: Shigella flexneri / 株: 2457T, 301 / 遺伝子: yhfZ, SF3401, S_4361 / プラスミド: MCSG19 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q83JA6, UniProt: A0A0H2V277*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 166 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.07 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M Sodium citrate, pH 5.6, 20 % PEG4000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97912 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年4月2日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97912 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.298→37.71 Å / Num. all: 23138 / Num. obs: 23138 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 14.3 % / Rmerge(I) obs: 0.108 / Net I/σ(I): 10.1
反射 シェル解像度: 2.298→2.38 Å / 冗長度: 8.2 % / Rmerge(I) obs: 0.601 / Mean I/σ(I) obs: 2.21 / Num. unique all: 2186 / % possible all: 95

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0000精密化
SBC-Collectデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
HKL-3000位相決定
SHELXCD位相決定
SHELXD位相決定
SHELXEモデル構築
MLPHARE位相決定
SOLVE位相決定
RESOLVE位相決定
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.298→37.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / SU B: 16.521 / SU ML: 0.209 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.441 / ESU R Free: 0.295
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: Program CNS 1.2 has also been used in refinement
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.288 2334 10.2 %RANDOM
Rwork0.222 ---
all0.229 20590 --
obs0.229 20590 98.45 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 64.017 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.34 Å20 Å20 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3---1.33 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.298→37.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3586 0 20 166 3772
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0223676
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.571.9675009
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6215464
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.47624.457184
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.24415616
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.7731527
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.2559
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022849
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2230.21779
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1980.2235
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1950.248
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2250.212
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9911.52352
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.45223682
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.17931500
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.1834.51327
LS精密化 シェル解像度: 2.298→2.358 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.332 128
Rwork0.247 1350
obs-1499

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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