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万見
- PDB-2oz3: Crystal structure of L-Rhamnonate dehydratase from Azotobacter vi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2oz3
タイトルCrystal structure of L-Rhamnonate dehydratase from Azotobacter vinelandii
要素Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme
キーワードLYASE / ENOLASE / STRUCTURAL GENOMICS / PSI / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / NEW YORK STRUCTURAL GENOMICS RESEARCH CONSORTIUM / NYSGRC / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC
機能・相同性
機能・相同性情報


L-rhamnonate dehydratase / L-rhamnonate dehydratase activity / amino acid catabolic process / carbohydrate catabolic process / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
L-rhamnonate dehydratase / : / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme family signature 1. / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, conserved site / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, C-terminal / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, C-terminal domain / Enolase C-terminal domain-like / Enolase C-terminal domain-like ...L-rhamnonate dehydratase / : / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme family signature 1. / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, conserved site / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, C-terminal / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, C-terminal domain / Enolase C-terminal domain-like / Enolase C-terminal domain-like / Enolase-like C-terminal domain / Enolase-like, N-terminal domain / Enolase-like, N-terminal / Enolase-like, C-terminal domain superfamily / Enolase-like; domain 1 / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
L-rhamnonate dehydratase / :
類似検索 - 構成要素
生物種Azotobacter vinelandii AvOP (窒素固定)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Patskovsky, Y. / Toro, R. / Sauder, J.M. / Freeman, J.C. / Bain, K. / Gheyi, T. / Wu, B. / Wasserman, S.R. / Smith, D. / Gerlt, J. ...Patskovsky, Y. / Toro, R. / Sauder, J.M. / Freeman, J.C. / Bain, K. / Gheyi, T. / Wu, B. / Wasserman, S.R. / Smith, D. / Gerlt, J. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of L-Rhamnonate dehydratase from azotobacter vinelandii
著者: Patskovsky, Y. / Toro, R. / Sauder, J.M. / Freeman, J.C. / Bain, K. / Wu, B. / Gheyi, T. / Wasserman, S.R. / Smith, D. / Gerlt, J. / Burley, S.K. / Almo, S.C.
履歴
登録2007年2月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software / Item: _software.name
改定 1.42018年11月14日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.identifier_ORCID
改定 1.52021年2月3日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62023年8月30日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id
改定 1.72023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme
B: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme
C: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme
D: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme
E: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme
F: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme
G: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme
H: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)372,25241
ポリマ－369,3518
非ポリマー2,90133
水26,5901476
1
A: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme
B: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme
C: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme
D: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme
ヘテロ分子

A: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme
B: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme
C: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme
D: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)373,67958
ポリマ－369,3518
非ポリマー4,32850
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area53200 Å2
ΔGint-161 kcal/mol
Surface area82610 Å2
手法PISA, PQS
2
E: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme
F: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme
G: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme
H: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)185,41212
ポリマ－184,6764
非ポリマー7378
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area44930 Å2
ΔGint-92 kcal/mol
Surface area84500 Å2
手法PISA
3
E: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme
F: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme
G: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme
H: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme
ヘテロ分子

E: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme
F: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme
G: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme
H: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)370,82524
ポリマ－369,3518
非ポリマー1,47416
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_454-x-1,y,-z-11
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)170.772, 115.397, 164.113
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.06, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-3135-

HOH

21D-3088-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A B C D E F G
12A B C D E F G H

NCSドメイン領域:

Dom-ID: 1 / Refine code: 1

Component-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ILEILEARGARGAA3 - 155 - 17
21ILEILEARGARGBB3 - 155 - 17
31ILEILEARGARGCC3 - 155 - 17
41ILEILEARGARGDD3 - 155 - 17
51ILEILEARGARGEE3 - 155 - 17
61ILEILEARGARGFF3 - 155 - 17
71ILEILEARGARGGG3 - 155 - 17
12HISHISGLUGLUAA33 - 39535 - 397
22HISHISGLUGLUBB33 - 39535 - 397
32HISHISGLYGLYCC33 - 39635 - 398
42HISHISHISHISDD33 - 39435 - 396
52HISHISGLUGLUEE33 - 39535 - 397
62HISHISGLUGLUFF33 - 39535 - 397
72HISHISHISHISGG33 - 39435 - 396
82HISHISHISHISHH33 - 39435 - 396

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質
Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme


分子量: 46168.875 Da / 分子数: 8 / 断片: Residues 238-630 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Azotobacter vinelandii AvOP (窒素固定)
生物種: Azotobacter vinelandii / 株: AVOP / 遺伝子: AVIN02004392, AvinDRAFT_6446 / プラスミド: BC-pSGX3(BC) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q4J3N3, UniProt: C1DMY1*PLUS, L-rhamnonate dehydratase
#2: 化合物...
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1476 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.46 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 60% Tacsimate, pH 7.0, 10% Glycerol, pH 7.00, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9796 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2006年2月12日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 412398 / Num. obs: 412398 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(I): -5 / 冗長度: 2.1 % / Biso Wilson estimate: 31.24 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Rsym value: 0.066 / Net I/σ(I): 3.7
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.67 / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / Num. unique all: 39577 / Rsym value: 0.56 / % possible all: 94

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOLREP位相決定
REFMAC5.3.0028精密化
MAR345CCDデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2GSH

2gsh


解像度: 2→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 5.962 / SU ML: 0.162 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.213 / ESU R Free: 0.191 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25702 6225 3 %RANDOM
Rwork0.19556 ---
all0.1974 200140 --
obs0.1974 200140 96.91 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 38.776 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.05 Å20 Å2-1.28 Å2
2--2.03 Å20 Å2
3----0.25 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数24735 0 188 1476 26399
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.02225753
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1951.95934917
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.86553186
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.20223.0011223
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.231154190
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.41315223
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1070.23653
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0219933
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.140.312442
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2980.516925
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1650.52799
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1690.52
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.0990.3325
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1840.5138
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.3312.515622
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.743.525081
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it9.139410606
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it11.20169806
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A90tight positional0.50.2
1B90tight positional0.390
1C90tight positional0.370
1D90tight positional0.390
1E90tight positional0.380
1F90tight positional0.420
1G90tight positional0.40
2A2776tight positional0.240.2
2B2776tight positional0.250
2C2776tight positional0.40
2D2776tight positional0.280
2E2776tight positional0.350
2F2776tight positional0.280
2G2776tight positional0.30
2H2776tight positional0.320
1A90tight thermal9.835
1B90tight thermal8.580.06
1C90tight thermal5.060
1D90tight thermal12.480
1E90tight thermal6.470
1F90tight thermal6.330
1G90tight thermal7.250
2A2776tight thermal10.455
2B2776tight thermal7.690
2C2776tight thermal8.610
2D2776tight thermal7.620
2E2776tight thermal9.60
2F2776tight thermal5.70
2G2776tight thermal8.270
2H2776tight thermal8.220
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Rfactor Rfree error: 0.026 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.389 426 -
Rwork0.301 13309 -
obs-13309 87.97 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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