PDB-2oxc: Human DEAD-box RNA helicase DDX20, DEAD domain in complex with ADP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2oxc

タイトル

Human DEAD-box RNA helicase DDX20, DEAD domain in complex with ADP

要素

Probable ATP-dependent RNA helicase DDX20

キーワード

HYDROLASE / RNA / HELICASE / DEAD / STRUCTURAL GENOMICS / STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM / SGC

機能・相同性

機能・相同性情報

Gemini of Cajal bodies / SMN complex / regulation of steroid biosynthetic process / RNA polymerase II transcription repressor complex / SMN-Sm protein complex / oogenesis / spliceosomal tri-snRNP complex assembly / spliceosomal snRNP assembly / RNA processing / histone deacetylase binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.3 Å

データ登録者

Karlberg, T. / Ogg, D. / Arrowsmith, C.H. / Berglund, H. / Busam, R.D. / Collins, R. / Dahlgren, L.G. / Edwards, A. / Flodin, S. / Flores, A. ...

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Human DEAD-box RNA helicase DDX20
著者: Karlberg, T. / Ogg, D. / H Arrowsmith, C. / Berglund, H. / Busam, R.D. / Collins, R. / Dahlgren, L.G. / Edwards, A. / Flodin, S. / Flores, A. / Graslund, S. / Hallberg, B.M. / Hammarstrom, M. ...

履歴

登録	2007年2月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年2月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.4	2018年1月24日	Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.5	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2oxc.cif.gz	200.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2oxc.ent.gz	158.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2oxc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ox/2oxc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ox/2oxc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1qvaS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5k7q-d 6c6w-d 3nej-2 6coa-d 4ekt-d 6srk-d 1vec-1 3n03-d 4jru-d 5lmh-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Probable ATP-dependent RNA helicase DDX20

B: Probable ATP-dependent RNA helicase DDX20

ヘテロ分子

51.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Probable ATP-dependent RNA helicase DDX20

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
25.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Probable ATP-dependent RNA helicase DDX20

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
25.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	63.800, 63.800, 214.300
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-398- HOH

詳細

The biological assembly is a monomer

#1: タンパク質	Probable ATP-dependent RNA helicase DDX20 / DEAD box protein 20 / DEAD box protein DP 103 / Component of gems 3 / Gemin-3 分子量: 25176.213 Da / 分子数: 2 / 断片: DEAD domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DDX20, DP103, GEMIN3 / プラスミド: pNIC-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)gold pRARE2 参照: UniProt: Q9UHI6, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用
#2: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 668 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.78 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.2 詳細: 12% PEG3350, 200 mM Sodium chloride, 100 mM Bis-Tris, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2006年9月18日 / 詳細: Toroidal mirror
放射	モノクロメーター: Diamond (111), Ge(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.3→40 Å / Num. all: 125192 / Num. obs: 125192 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10 % / R_merge(I) obs: 0.057 / R_sym value: 0.057 / Net I/σ(I): 23.5
反射シェル	解像度: 1.3→1.5 Å / 冗長度: 9.6 % / R_merge(I) obs: 0.458 / Mean I/σ(I) obs: 5.2 / Num. unique all: 43117 / R_sym value: 0.233 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.3.0021	精密化
MAR345	345DTB	データ収集
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1QVA

1qva

解像度: 1.3→38.46 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.96 / SU B: 1.262 / SU ML: 0.024 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.044 / ESU R Free: 0.042 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.17485	6264	5 %	RANDOM
R_work	0.15268	-	-	-
all	0.15378	119028	-	-
obs	0.15378	119028	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 9.989 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.1 Å²	0.05 Å²	0 Å²
2-	-	0.1 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.15 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.3→38.46 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3227	0	54	668	3949

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	3354
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2304
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.443	2.02	4574
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.926	3	5686
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.11	5	437
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	27.689	23.934	122
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.201	15	614
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.543	15	21
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.081	0.2	547
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	3632
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	633
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.209	0.2	696
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.186	0.2	2496
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.174	0.2	1630
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.084	0.2	1635
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.143	0.2	437
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.092	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.309	0.2	37
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.186	0.2	44
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.314	1.5	2768
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.414	1.5	841
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.537	2	3405
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.471	3	1432
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.206	4.5	1156
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	1.114	3	6899
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	5.597	3	668
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	2.469	3	5585

LS精密化シェル

解像度: 1.3→1.334 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.234	454	-
R_work	0.224	8619	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7876	-0.0759	-0.1681	0.4406	0.0635	0.4227	-0.005	-0.0995	0.0226	0.0445	0.0008	0.0201	0.0245	0.0402	0.0042	-0.0061	0.0052	0.0038	0	-0.0004	-0.0146	43.0315	5.4618	14.7053
2	0.2787	-0.2359	-0.1249	0.4873	-0.084	0.2588	-0.0047	-0.0311	0.0381	0.0054	0.017	-0.024	-0.0056	0.0249	-0.0123	-0.0155	0.0005	-0.0028	-0.0076	-0.0028	0.0042	52.7319	12.5931	3.1532
3	0.4297	0.13	-0.2726	0.2972	-0.1008	0.2155	-0.0179	0.024	0.0045	-0.026	0.0037	0.0118	0.0202	-0.0119	0.0142	-0.0112	-0.0004	-0.0025	-0.0108	-0.0011	-0.0043	42.2917	6.1539	-2.7264
4	1.1137	0.1337	0.1659	0.8329	-0.2621	0.2567	0.0914	0.1534	-0.0035	-0.1734	-0.099	0.0103	0.0621	0.061	0.0076	0.0637	0.0547	0.0065	-0.0011	0.0083	-0.0436	45.028	-16.5233	19.864
5	0.1243	-0.2524	0.1572	1.3674	-0.4748	0.5228	0.053	0.0217	0.0144	-0.1285	-0.0892	-0.0976	0.0711	0.0901	0.0362	0.0131	0.0379	0.0279	0.0026	0.0214	-0.0139	57.1405	-22.1624	29.9329
6	0.8957	-0.3657	0.3131	0.4043	-0.2193	0.3798	-0.0021	-0.0321	0.0196	0.0124	-0.0199	-0.0056	-0.0322	0.016	0.022	0.0136	0.0152	0.0103	-0.0219	0.0068	-0.0233	47.8641	-15.1621	37.0419

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	62 - 84	24 - 46
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	85 - 130	47 - 92
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	131 - 228	93 - 190
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	62 - 84	24 - 46
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	B	85 - 130	47 - 92
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	B	131 - 228	93 - 190

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