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- PDB-2ox5: The SoxYZ complex of Paracoccus pantotrophus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ox5
タイトルThe SoxYZ complex of Paracoccus pantotrophus
要素
  • SoxY protein
  • SoxZ protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / IMMUNOGLOBULIN-LIKE BETA-SANDWICH FOLD
機能・相同性
機能・相同性情報


Sulphur oxidation protein SoxZ / Thiosulfate oxidation carrier complex protein SoxZ / Sulphur oxidation protein SoxZ / SoxY domain / Sulphur oxidation, SoxY / Ig-like SoxY domain / Ig-like SoxY domain superfamily / Sulfur oxidation protein SoxY / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulins ...Sulphur oxidation protein SoxZ / Thiosulfate oxidation carrier complex protein SoxZ / Sulphur oxidation protein SoxZ / SoxY domain / Sulphur oxidation, SoxY / Ig-like SoxY domain / Ig-like SoxY domain superfamily / Sulfur oxidation protein SoxY / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / SoxZ protein / SoxY protein
類似検索 - 構成要素
生物種Paracoccus denitrificans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.98 Å
データ登録者Bruno, S. / Sauve, V. / Berks, B.C. / Hemmings, A.M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: The SoxYZ Complex Carries Sulfur Cycle Intermediates on a Peptide Swinging Arm.
著者: Sauve, V. / Bruno, S. / Berks, B.C. / Hemmings, A.M.
履歴
登録2007年2月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
Z: SoxZ protein
Y: SoxY protein
A: SoxZ protein
B: SoxY protein
C: SoxZ protein
D: SoxY protein
E: SoxZ protein
F: SoxY protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,69320
ポリマ－92,8708
非ポリマー82312
水16,123895
1
Z: SoxZ protein
Y: SoxY protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,4325
ポリマ－23,2182
非ポリマー2143
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2740 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area10410 Å2
手法PISA
2
A: SoxZ protein
B: SoxY protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,7059
ポリマ－23,2182
非ポリマー4877
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3330 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area10210 Å2
手法PISA
3
C: SoxZ protein
D: SoxY protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,2182
ポリマ－23,2182
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2180 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area9910 Å2
手法PISA
4
E: SoxZ protein
F: SoxY protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,3394
ポリマ－23,2182
非ポリマー1212
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2270 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area9780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)206.605, 54.708, 77.884
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.58, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細The biological assembly is a SoxYZ heterodimer. The crystallographic asymmetric unit contains two copies of this biological assembly.

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要素

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タンパク質 , 2種, 8分子 ZACEYBDF

#1: タンパク質
SoxZ protein


分子量: 11781.041 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Paracoccus denitrificans (バクテリア)
株: LMD82.5T / 遺伝子: soxZ / プラスミド: pVS005 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 / 参照: UniProt: Q9LCU8
#2: タンパク質
SoxY protein


分子量: 11436.581 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Paracoccus denitrificans (バクテリア)
株: LMD82.5T / 遺伝子: soxY / プラスミド: pVS005 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 / 参照: UniProt: Q9LCU9

-
非ポリマー , 4種, 907分子

#3: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 895 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.48 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 2 microl of protein at 10 mg/ml in 10 mM Tris-HCl pH 8.0, 5 mM beta-mercaptoethanol and 200 mM NaCl mixed with 2 microl of 28-30 % (w/v) PEG 3350, 100 mM sodium acetate pH 4.75, 200 mM ...詳細: 2 microl of protein at 10 mg/ml in 10 mM Tris-HCl pH 8.0, 5 mM beta-mercaptoethanol and 200 mM NaCl mixed with 2 microl of 28-30 % (w/v) PEG 3350, 100 mM sodium acetate pH 4.75, 200 mM NH4SO4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.9793, 0.8731
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2003年4月3日
放射モノクロメーター: Si(111) monochromator / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97931
20.87311
反射解像度: 1.981→102.147 Å / Num. all: 59443 / Num. obs: 59443 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 19.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rsym value: 0.07 / Net I/σ(I): 8.6
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
1.98-2.0930.272.72348778760.2791.3
2.09-2.214.20.2083.63452082760.208100
2.21-2.374.20.1614.53253578140.161100
2.37-2.564.20.1285.73031072490.128100
2.56-2.84.20.0967.62808167000.096100
2.8-3.134.20.0710.22537660530.07100
3.13-3.614.20.04613.72252853520.046100
3.61-4.434.20.03915.21908345500.039100
4.43-6.264.10.03913.71465635670.039100
6.26-39.913.90.04411.5786820060.04499.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALAデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
HKL-2000データ収集
MOSFLMデータ削減
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.98→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 3.416 / SU ML: 0.099 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.181 / ESU R Free: 0.153 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.211 3006 5.1 %RANDOM
Rwork0.173 ---
all0.175 59443 --
obs0.175 59443 98.72 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.604 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.59 Å20 Å20.31 Å2
2--0.74 Å20 Å2
3----0.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.98→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6335 0 51 895 7281
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0226473
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3541.9728801
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3535866
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.3125.56241
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.18215997
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.8231527
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.21051
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.024853
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2040.23017
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2990.24386
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1620.2751
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1910.291
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1450.251
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8381.54459
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.3426958
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.22932228
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.5384.51840
LS精密化 シェル解像度: 1.981→2.032 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.285 210 -
Rwork0.203 3443 -
obs-3653 82.72 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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