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- PDB-2owy: The recombination-associated protein RdgC adopts a novel toroidal... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2owy
タイトルThe recombination-associated protein RdgC adopts a novel toroidal architecture for DNA binding
要素Recombination-associated protein rdgC
キーワードDNA BINDING PROTEIN / homologous recombination / Pseudomonas aeruginosa / RdgC / RecA / ring-shaped DNA binding proteins
機能・相同性Putative exonuclease, RdgC / Putative exonuclease, RdgC / bacterial nucleoid / regulation of DNA recombination / double-stranded DNA binding / DNA recombination / cytoplasm / Recombination-associated protein RdgC
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Suh, S.W.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2007
タイトル: The recombination-associated protein RdgC adopts a novel toroidal architecture for DNA binding
著者: Ha, J.Y. / Kim, H.K. / Kim, D.J. / Kim, K.H. / Oh, S.J. / Lee, H.H. / Yoon, H.J. / Song, H.K. / Suh, S.W.
履歴
登録2007年2月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Recombination-associated protein rdgC
B: Recombination-associated protein rdgC


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,1142
ポリマ－68,1142
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)87.494, 116.041, 76.028
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Recombination-associated protein rdgC


分子量: 34056.867 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: PAO1 / 遺伝子: rdgC / プラスミド: pET21a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41(DE3) / 参照: UniProt: Q9HYX7

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.57 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M sodium HEPES (pH 7.5), 1.0M tri-sodium citrate, 1%(w/v) Anapoe 35, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
31
1,21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンPhoton Factory AR-NW12A11.00000, 0.95000, 0.97913, 0.97897
シンクロトロンPAL/PLS 6B21.00000, 0.99188, 1.00875, 1.00842, 1.00637
検出器
タイプID検出器日付詳細
ADSC QUANTUM 2101CCD2005年11月23日mirrors
BRUKER PROTEUM 3002CCD2005年10月12日mirrors
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Numerical link type Si(111) double crystal monochromator, liquid nitrogen coolingMADMx-ray1
2Double Crystal MonochromatorMADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
20.951
30.979131
40.978971
50.991881
61.008751
71.008421
81.006371
Reflection

D res low: 30 Å

IDAv σ(I) over netI数Rmerge(I) obsΧ2D res high (Å)Num. obs% possible obs
116.41696160.0661.392.62442299.9
215.71679450.0721.52.62430499.9
314.31516880.0671.12.721864100
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squared
5.593099.310.0392.071
4.445.5910010.0471.918
3.884.4410010.0551.869
3.533.8810010.0671.682
3.283.5310010.081.458
3.083.2810010.1081.201
2.933.0810010.1471.028
2.82.9310010.1980.913
2.692.810010.280.926
2.62.6910010.3860.905
5.593099.320.0432.462
4.445.5910020.0512.189
3.884.4410020.0582.037
3.533.8810020.071.761
3.283.5310020.0841.538
3.083.2810020.1131.243
2.933.0810020.1551.05
2.82.9310020.2110.942
2.692.810020.2890.933
2.62.6910020.3990.889
5.83099.730.0351.557
4.615.810030.0471.456
4.034.6110030.0521.458
3.664.0310030.0651.216
3.43.6610030.0771.169
3.23.410030.1050.922
3.043.210030.1460.863
2.913.0410030.2060.777
2.82.9110030.2880.804
2.72.810030.4020.833
反射解像度: 2.5→30 Å / Num. obs: 27126 / % possible obs: 100 % / Rmerge(I) obs: 0.054 / Χ2: 1.575 / Net I/σ(I): 21.9
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / Rmerge(I) obs: 0.279 / Num. unique all: 2663 / Χ2: 0.868 / % possible all: 99.9

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位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散
Phasing set
ID
1
2
3
Phasing MADD res high: 2.7 Å / D res low: 30 Å / FOM : 0.49 / 反射: 21062
Phasing MAD set
Clust-IDExpt-IDSet-ID波長 (Å)F double prime refinedF prime refined
13 wavelength10.9794.48-7.52
13 wavelength20.97913.32-7.02
13 wavelength30.952.86-2.38
Phasing MAD set site
IDAtom type symbolB isoFract xFract yFract zOccupancy
1Se53.9760.3120.0710.030.999
2Se53.9760.7530.1790.4680.999
3Se40.8810.7060.2090.4330.999
4Se32.4380.7260.2040.4310.433
Phasing MAD shell
解像度 (Å)FOM 反射
9.52-300.761124
6.08-9.520.81828
4.77-6.080.782291
4.05-4.770.712644
3.59-4.050.573013
3.25-3.590.393221
2.99-3.250.243409
2.79-2.990.143532
Phasing dmFOM : 0.58 / FOM acentric: 0.58 / FOM centric: 0.6 / 反射: 21053 / Reflection acentric: 18545 / Reflection centric: 2508
Phasing dm shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
7.7-28.8990.930.950.89993699294
4.8-7.70.880.90.829532441512
3.9-4.80.840.850.7736253158467
3.4-3.90.680.690.5936153222393
2.9-3.40.390.40.3362005641559
2.7-2.90.190.20.1836673384283

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE2.03位相決定
RESOLVE2.03位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.5→20 Å / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.279 2637 9.6 %
Rwork0.234 --
obs-26545 96.9 %
溶媒の処理Bsol: 38.622 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 48.198 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.868 Å20 Å20 Å2
2--14.159 Å20 Å2
3----9.291 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4788 0 0 0 4788
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.4051.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.9922
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.3742
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.0432.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2water.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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